Омега петля - Omega loop
Омега цикл является нерегулярными белками структурным мотива , состоящий из петли из шести или более аминокислотных остатков , и любой аминокислотной последовательности. Определяющей характеристикой является то, что остатки, составляющие начало и конец петли, расположены близко друг к другу в пространстве без промежуточных длин регулярных вторичных структурных мотивов. Он назван в честь своей формы, напоминающей заглавную греческую букву Омега (Ω) .
Состав
Петли Омега, будучи нерегулярными, неповторяющимися вторичными структурными единицами, имеют разнообразную трехмерную форму. Формы петель омега анализируются, чтобы определить повторяющиеся паттерны двугранных углов и общую форму петли, чтобы помочь определить потенциальную роль в сворачивании и функционировании белка.
Поскольку петли почти всегда находятся на поверхности белка, часто предполагается, что эти структуры гибкие; однако разные петли омега проявляют диапазон гибкости в разных временных масштабах движения белков и были идентифицированы как играющие роль в сворачивании некоторых белков, включая обратную транскриптазу ВИЧ-1 ; цитохром с ; и нуклеазы .
Функция
Петли омега могут способствовать функции белка . Например, петли омега могут помочь стабилизировать взаимодействия между белком и лигандом , например, в ферменте триозофосфат-изомеразе , и могут напрямую влиять на функцию белка в других ферментах. Наследственные расстройства свертывания крови вызвано одноузельной мутации в петле омега белка С .
Аналогичным образом, петли омега играют интересную роль в функции бета-лактамаз : мутации в «области петли омега» бета-лактамазы могут изменять ее специфическую функцию и профиль субстрата, возможно, из-за важной функциональной роли коррелированной динамики. региона.
Цитохром с
Петли Омега давно признаны также из-за их важности в функции и сворачивании белка цитохрома с , обеспечивая как ключевые функциональные остатки, так и важные динамические свойства. Многие исследователи изучали функцию и динамику омега-петли в конкретных белковых системах, используя так называемый подход «перестановки петель», при котором петли меняются местами между (обычно) гомологичными белками.
