Anello Omega - Omega loop
L' anello omega è un motivo strutturale proteico non regolare , costituito da un anello di sei o più residui di amminoacidi e qualsiasi sequenza di amminoacidi . La caratteristica distintiva è che i residui che compongono l'inizio e la fine del ciclo sono ravvicinati nello spazio senza lunghezze intermedie di motivi strutturali secondari regolari. Prende il nome dalla sua forma, che ricorda la lettera greca maiuscola Omega (Ω) .
Struttura
I loop Omega, essendo unità strutturali secondarie non regolari e non ripetitive, hanno una varietà di forme tridimensionali. Le forme ad anello Omega vengono analizzate per identificare modelli ricorrenti negli angoli diedri e la forma complessiva dell'anello per aiutare a identificare potenziali ruoli nel ripiegamento e nella funzione delle proteine.
Poiché i loop sono quasi sempre sulla superficie della proteina, si presume spesso che queste strutture siano flessibili; tuttavia, diversi loop omega mostrano intervalli di flessibilità su diverse scale temporali del movimento delle proteine e sono stati identificati come giocano un ruolo nel ripiegamento di alcune proteine, inclusa la trascrittasi inversa dell'HIV-1 ; citocromo c ; e nucleasi .
Funzione
I loop Omega possono contribuire alla funzione proteica . Ad esempio, i loop omega possono aiutare a stabilizzare le interazioni tra proteina e ligando , come nell'enzima trioso fosfato isomerasi , e possono influenzare direttamente la funzione proteica in altri enzimi. Una ereditabile disturbo della coagulazione è causata da un singolo sito di mutazione in un ciclo omega della proteina C .
Allo stesso modo, i loop omega svolgono un ruolo interessante nella funzione delle beta-lattamasi : mutazioni nella "regione del loop omega" di una beta-lattamasi possono modificarne la funzione specifica e il profilo del substrato, forse a causa di un importante ruolo funzionale delle dinamiche correlate della regione.
Citocromo c
I loop Omega sono stati a lungo riconosciuti anche per la loro importanza nella funzione e nel ripiegamento della proteina citocromo c , contribuendo sia con residui funzionali chiave che con importanti proprietà dinamiche. Molti ricercatori hanno studiato la funzione e la dinamica del loop omega in sistemi proteici specifici utilizzando un cosiddetto approccio "loop swap", in cui i loop vengono scambiati tra proteine (solitamente) omologhe .
