Omega -silmukka - Omega loop
Omega silmukka on ei-normaali -proteiinin rakenteellisen motiivin , joka koostuu silmukan kuuden tai useamman aminohapon tähteitä ja mikä tahansa aminohappo sekvenssin. Määrittelevä ominaisuus on, että silmukan alun ja lopun muodostavat tähteet ovat lähellä toisiaan avaruudessa ilman säännöllisiä toissijaisia rakenteellisia motiiveja. Se on nimetty sen muodon mukaan, joka muistuttaa suurta kreikkalaista kirjainta Omega (Ω) .
Rakenne
Omega-silmukoilla, jotka ovat epäsäännöllisiä ja toistumattomia toissijaisia rakenneyksiköitä, on erilaisia kolmiulotteisia muotoja. Omega -silmukan muotoja analysoidaan toistuvien kuvioiden tunnistamiseksi kaksikulmaisissa kulmissa ja silmukan yleisessä muodossa, jotta voidaan tunnistaa mahdolliset roolit proteiinin taittumisessa ja toiminnassa.
Koska silmukat ovat lähes aina proteiinin pinnalla, usein oletetaan, että nämä rakenteet ovat joustavia; erilaisilla omegasilmukoilla on kuitenkin joustavuutta eri proteiiniliikkeen eri aikaväleillä, ja niiden on tunnistettu vaikuttavan joidenkin proteiinien taittumiseen, mukaan lukien HIV-1- käänteiskopioijaentsyymi ; sytokromi c ; ja nukleaaseja .
Toiminto
Omega -silmukat voivat edistää proteiinitoimintaa . Esimerkiksi, omega silmukat voivat auttaa vakauttamaan vuorovaikutukset proteiinin ja ligandin , kuten on entsyymi trioosifosfaatti-isomeraasi , ja voi suoraan vaikuttaa proteiinin toimintaa in muita entsyymejä. Periytyviä hyytymishäiriö johtuu single-site- mutaatio on omega silmukan proteiini C .
Omega-silmukoilla on myös mielenkiintoinen rooli beetalaktamaasien toiminnassa : mutaatiot beetalaktamaasin "omegasilmukka-alueella" voivat muuttaa sen spesifistä toimintoa ja substraattiprofiilia, ehkä johtuen korreloidun dynamiikan tärkeästä toiminnallisesta roolista alueella.
Sytokromi c
Omega -silmukat on jo pitkään tunnustettu myös niiden merkityksestä sytokromi c -proteiinin toiminnassa ja taittumisessa , mikä edistää sekä keskeisiä toiminnallisia tähteitä että tärkeitä dynaamisia ominaisuuksia. Monet tutkijat ovat tutkineet omega-silmukan toimintaa ja dynamiikkaa tietyissä proteiinijärjestelmissä käyttämällä ns. "Silmukanvaihtomenetelmää", jossa silmukat vaihdetaan (yleensä) homologisten proteiinien välillä.
