Bucle omega - Omega loop
El bucle omega es un motivo estructural de proteína no regular , que consta de un bucle de seis o más residuos de aminoácidos y cualquier secuencia de aminoácidos . La característica definitoria es que los residuos que forman el principio y el final del bucle están muy juntos en el espacio sin tramos intermedios de motivos estructurales secundarios regulares. Lleva el nombre de su forma, que se asemeja a la letra griega mayúscula Omega (Ω) .
Estructura
Los bucles Omega, que son unidades estructurales secundarias no regulares y no repetidas, tienen una variedad de formas tridimensionales. Las formas de bucle omega se analizan para identificar patrones recurrentes en ángulos diedros y la forma general de bucle para ayudar a identificar roles potenciales en el plegamiento y función de las proteínas.
Dado que los bucles casi siempre se encuentran en la superficie de la proteína, a menudo se supone que estas estructuras son flexibles; sin embargo, diferentes bucles omega exhiben rangos de flexibilidad en diferentes escalas de tiempo de movimiento de proteínas y se ha identificado que desempeñan un papel en el plegamiento de algunas proteínas, incluida la transcriptasa inversa del VIH-1 ; citocromo c ; y nucleasas .
Función
Los bucles omega pueden contribuir a la función de las proteínas . Por ejemplo, los bucles omega pueden ayudar a estabilizar las interacciones entre la proteína y el ligando , como en la enzima triosa fosfato isomerasa , y pueden afectar directamente la función de la proteína en otras enzimas. A heredable trastorno de la coagulación es causada por un solo sitio de mutación en un bucle omega de la proteína C .
Asimismo, los bucles omega juegan un papel interesante en la función de las betalactamasas : las mutaciones en la "región del bucle omega" de una betalactamasa pueden cambiar su función específica y perfil de sustrato, quizás debido a un papel funcional importante de la dinámica correlacionada. de la región.
Citocromo c
Los bucles omega han sido reconocidos desde hace mucho tiempo también por su importancia en la función y el plegamiento de la proteína citocromo c , contribuyendo tanto con residuos funcionales clave como con importantes propiedades dinámicas. Muchos investigadores han estudiado la función y la dinámica de los bucles omega en sistemas de proteínas específicos utilizando un enfoque llamado "intercambio de bucles", en el que los bucles se intercambian entre proteínas (generalmente) homólogas .
