Pętla Omega - Omega loop
Omega pętla jest nieregularna białko motyw strukturalny , składający się z pętli sześciu lub więcej aminokwasowych reszt oraz wszelkich aminokwasowej sekwencji. Cechą definiującą jest to, że reszty tworzące początek i koniec pętli są blisko siebie w przestrzeni, bez pośredniczących długości regularnych drugorzędowych motywów strukturalnych. Jego nazwa pochodzi od kształtu, który przypomina wielką grecką literę Omega (Ω) .
Struktura
Pętle Omega, będące nieregularnymi, nie powtarzającymi się drugorzędowymi jednostkami strukturalnymi, mają różnorodne trójwymiarowe kształty. Kształty pętli Omega są analizowane w celu zidentyfikowania powtarzających się wzorów w kątach dwuściennych i ogólnego kształtu pętli, aby pomóc zidentyfikować potencjalne role w fałdowaniu i funkcji białek.
Ponieważ pętle prawie zawsze znajdują się na powierzchni białka, często zakłada się, że struktury te są elastyczne; jednak różne pętle omega wykazują zakresy elastyczności w różnych skalach czasowych ruchu białek i zostały zidentyfikowane jako odgrywające rolę w fałdowaniu niektórych białek, w tym odwrotnej transkryptazy HIV-1 ; cytochrom c ; i nukleazy .
Funkcjonować
Pętle omega mogą przyczyniać się do funkcji białek . Na przykład pętle omega mogą pomóc w stabilizacji interakcji między białkiem a ligandem , tak jak w enzymie izomeraza fosforanu triozy , i mogą bezpośrednio wpływać na funkcję białka w innych enzymach. Dziedzicznym zaburzeniem krzepnięcia krwi jest spowodowany przez jednym miejscem mutacji w pętli omega białka C .
Podobnie pętle omega odgrywają interesującą rolę w funkcjonowaniu beta-laktamaz : mutacje w „obszarze pętli omega” beta-laktamazy mogą zmienić jej specyficzną funkcję i profil substratu, być może ze względu na ważną rolę funkcjonalną skorelowanej dynamiki regionu.
Cytochrom c
Pętle omega od dawna są znane również ze względu na ich znaczenie w funkcji i fałdowaniu białka cytochromu c , przyczyniając się zarówno do kluczowych reszt funkcjonalnych, jak i ważnych właściwości dynamicznych. Wielu badaczy badało funkcję i dynamikę pętli omega w określonych układach białkowych przy użyciu tak zwanego podejścia „zamieniania pętli”, w którym pętle są zamieniane między (zwykle) homologicznymi białkami.
