Loop Omega - Omega loop
A alça ômega é um motivo estrutural de proteína não regular , consistindo em uma alça de seis ou mais resíduos de aminoácidos e qualquer sequência de aminoácidos . A característica definidora é que os resíduos que constituem o início e o fim do loop estão próximos no espaço, sem comprimentos intermediários de motivos estruturais secundários regulares. Seu nome deriva de sua forma, que se assemelha à letra grega maiúscula Omega (Ω) .
Estrutura
Os loops ômega, sendo unidades estruturais secundárias não regulares e não repetitivas, têm uma variedade de formas tridimensionais. As formas de loop Omega são analisadas para identificar padrões recorrentes em ângulos diédricos e o formato de loop geral para ajudar a identificar papéis potenciais no dobramento e função de proteínas.
Uma vez que os loops estão quase sempre na superfície da proteína, é freqüentemente assumido que essas estruturas são flexíveis; no entanto, diferentes loops ômega exibem faixas de flexibilidade em diferentes escalas de tempo do movimento da proteína e foram identificados como desempenhando um papel no dobramento de algumas proteínas, incluindo a transcriptase reversa do HIV-1 ; citocromo c ; e nucleases .
Função
Os loops ômega podem contribuir para a função da proteína . Por exemplo, os loops ômega podem ajudar a estabilizar as interações entre a proteína e o ligante , como na enzima triose fosfato isomerase , e podem afetar diretamente a função da proteína em outras enzimas. Um hereditárias distúrbio de coagulação é causada por um local único de mutação num ciclo ómega da proteína C .
Da mesma forma, os loops ômega desempenham um papel interessante na função das beta-lactamases : mutações na "região do loop ômega" de uma beta-lactamase podem alterar sua função específica e perfil de substrato, talvez devido a um importante papel funcional da dinâmica correlacionada da região.
Citocromo c
Os loops ômega são reconhecidos também por sua importância na função e no enovelamento da proteína citocromo c , contribuindo tanto com resíduos funcionais essenciais quanto com propriedades dinâmicas importantes. Muitos pesquisadores estudaram a função e a dinâmica do loop ômega em sistemas específicos de proteínas usando uma abordagem chamada "loop swap", em que os loops são trocados entre (geralmente) proteínas homólogas .
