Bucla Omega - Omega loop
Bucla omega este un non-regulat de proteine motiv structural , constând dintr - o buclă de șase sau mai mulți aminoacizi resturile și orice aminoacid secvență. Caracteristica definitorie este că reziduurile care alcătuiesc începutul și sfârșitul buclei sunt apropiate între ele în spațiu, fără lungimi de motive structurale secundare regulate. Este numit după forma sa, care seamănă cu litera greacă majusculă Omega (Ω) .
Structura
Buclele Omega, fiind unități structurale secundare neregulate, care nu se repetă, au o varietate de forme tridimensionale. Formele de bucle Omega sunt analizate pentru a identifica modele recurente în unghiuri diedrice și forma generală a buclei pentru a ajuta la identificarea rolurilor potențiale în plierea și funcționarea proteinelor.
Deoarece buclele sunt aproape întotdeauna la suprafața proteinei, se presupune adesea că aceste structuri sunt flexibile; cu toate acestea, diferite bucle omega prezintă game de flexibilitate pe diferite scale de timp ale mișcării proteinelor și au fost identificate ca jucând un rol în plierea unor proteine, inclusiv transcriptaza inversă HIV-1 ; citocrom c ; și nucleaze .
Funcţie
Buclele Omega pot contribui la funcționarea proteinelor . De exemplu, buclele omega pot ajuta la stabilizarea interacțiunilor dintre proteine și ligand , cum ar fi în enzima trioză fosfat izomerază și pot afecta direct funcția proteinelor în alte enzime. O ereditara tulburare de coagulare este cauzata de un singur situs de mutație într - o buclă omega de proteină C .
La fel, buclele omega joacă un rol interesant în funcția beta-lactamazelor : mutațiile din „regiunea buclei omega” a unei beta-lactamaze pot schimba funcția sa specifică și profilul substratului, probabil datorită unui rol funcțional important al dinamicii corelate a regiunii.
Citocrom c
Buclele Omega au fost recunoscute mult timp și pentru importanța lor în funcția și plierea proteinei citocrom c , contribuind atât la reziduuri funcționale cheie, cât și la proprietăți dinamice importante. Mulți cercetători au studiat funcția și dinamica buclei omega în sisteme de proteine specifice folosind așa-numita abordare „loop swap”, în care buclele sunt schimbate între (de obicei) proteine omoloage .
