InterPro
InterPro , bilinen proteinlerde bulunan tanımlanabilir özelliklerin yeni protein dizilerine uygulanabileceği protein aileleri , etki alanları ve fonksiyonel sitelerin veritabanlarına erişimi olan bir platformdur .
1999 yılında Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü'ndeki Swiss-Prot grubu ve İsviçre Biyoinformatik Enstitüsü ve Pfam , PRINTS , PROSITE ve ProDom veritabanlarının kurucu üyeleri arasında InterPro Konsorsiyumu'nun kurulmasının ardından kuruldu . Şu anda PROSITE, Pfam, PRINTS, ProDom, SMART, TIGRFAMs, PIRSF, SUPERFAMILY, GENE3D ve PANTHER veritabanlarından gelen bilgileri entegre etmektedir.
Veritabanı, bir web hizmeti aracılığıyla metin ve akış tabanlı aramalar ve anonim FTP yüklemeleri için kullanılabilir . Sonuçlarınızı analiz etmeyi kolaylaştırmak için metin tabloları, XML belgeleri ve grafikler gibi çeşitli çıktı biçimleri içerir . Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü'nün diğer veritabanları gibi, kamu malıdır .
Referanslar
- Mulder NJ, Apweiler R, Attwood TK, Bairoch A, Bateman A, Binns D, Bradley P, Bork P, Bucher P, Cerutti L, Copley R, Courcelle E, Das U, Durbin R, Fleischmann W, Gough J, Haft D , Harte N, Hulo N, Kahn D, Kanapin A, Krestyaninova M, Lonsdale D, Lopez R, Letunic I, Madera M, Maslen J, McDowall J, Mitchell A, Nikolskaya AN, Orchard S, Pagni M, Ponting CP, Quevillon E, Selengut J, Sigrist CJ, Silventoinen V, Studholme DJ, Vaughan R, Wu CH (2005). «InterPro, ilerleme ve 2005'teki durum». Nucleic Acids Res.33 (Veritabanı sorunu): D201-5. PMID 15608177 . doi : 10.1093/nar/gki106 .
- Quevillon E, Silventoinen V, Pillai S, Harte N, Mulder N, Apweiler R, Lopez R (2005). «InterProScan: protein alan tanımlayıcısı». Nucleic Acids Res.33 (Web Sunucusu sorunu): W116-20. PMID 15980438 . doi : 10.1093/nar/gki442 .
