InterPro
InterPro este o platformă cu acces la baze de date de familii de proteine , domenii și site-uri funcționale în care caracteristicile identificabile găsite în proteinele cunoscute pot fi aplicate la secvențe noi de proteine.
A fost creat în 1999 în urma formării Consorțiului InterPro între grupul Swiss-Prot de la Institutul European de Bioinformatică și Institutul Elvețian de Bioinformatică și membrii fondatori ai bazelor de date Pfam , PRINTS , PROSITE și ProDom . În prezent, integrează informații din bazele de date PROSITE, Pfam, PRINTS, ProDom, SMART, TIGRFAMs, PIRSF, SUPERFAMILY, GENE3D și PANTHER.
Baza de date este disponibilă pentru căutări bazate pe text și flux prin intermediul unui serviciu web și pentru descărcări anonime FTP . Include diverse formate de ieșire, cum ar fi tabele de text, documente XML și grafice, pentru a facilita analiza rezultatelor. La fel ca și celelalte baze de date ale Institutului European de Bioinformatică, este în domeniul public .
Referințe
- Mulder NJ, Apweiler R, Attwood TK, Bairoch A, Bateman A, Binns D, Bradley P, Bork P, Bucher P, Cerutti L, Copley R, Courcelle E, Das U, Durbin R, Fleischmann W, Gough J, Haft D , Harte N, Hulo N, Kahn D, Kanapin A, Krestyaninova M, Lonsdale D, Lopez R, Letunic I, Madera M, Maslen J, McDowall J, Mitchell A, Nikolskaya AN, Orchard S, Pagni M, Ponting CP, Quevillon E, Selengut J, Sigrist CJ, Silventoinen V, Studholme DJ, Vaughan R, Wu CH (2005). „InterPro, progres și statut în 2005”. Nucleic Acids Res. 33 (Problema bazei de date): D201-5. PMID 15608177 . doi : 10.1093/nar/gki106 .
- Quevillon E, Silventoinen V, Pillai S, Harte N, Mulder N, Apweiler R, Lopez R (2005). „InterProScan: identificator de domenii proteice”. Nucleic Acids Res. 33 (număr server Web): W116-20. PMID 15980438 . doi : 10.1093/nar/gki442 .
