InterPro
InterPro to platforma z dostępem do baz danych rodzin białek , domen i miejsc funkcjonalnych, gdzie możliwe do zidentyfikowania cechy znalezione w znanych białkach można zastosować do nowych sekwencji białkowych.
Powstała w 1999 roku po utworzeniu konsorcjum InterPro pomiędzy grupą Swiss-Prot przy Europejskim Instytucie Bioinformatyki i Szwajcarskim Instytutem Bioinformatyki oraz członkami założycielami baz danych Pfam , PRINTS , PROSITE i ProDom . Obecnie integruje informacje z baz danych PROSITE, Pfam, PRINTS, ProDom, SMART, TIGRFAMs, PIRSF, SUPERFAMILY, GENE3D i PANTHER.
Baza danych jest dostępna do wyszukiwania tekstowego i strumieniowego za pośrednictwem usługi sieciowej oraz do anonimowego pobierania plików FTP . Zawiera różne formaty wyjściowe, takie jak tabele tekstowe, dokumenty XML i wykresy, aby ułatwić analizę wyników. Podobnie jak inne bazy danych Europejskiego Instytutu Bioinformatyki, jest ona własnością publiczną .
Referencje
- Mulder NJ, Apweiler R, Attwood TK, Bairoch A, Bateman A, Binns D, Bradley P, Bork P, Bucher P, Cerutti L, Copley R, Courcelle E, Das U, Durbin R, Fleischmann W, Gough J, Haft D , Harte N, Hulo N, Kahn D, Kanapin A, Krestyaninova M, Lonsdale D, Lopez R, Letunic I, Madera M, Maslen J, McDowall J, Mitchell A, Nikolskaya AN, Orchard S, Pagni M, Ponting CP, Quevillon E, Selengut J, Sigrist CJ, Silventoinen V, Studholme DJ, Vaughan R, Wu CH (2005). «InterPro, postęp i status w 2005 roku». Kwasy nukleinowe Res. 33 (Wydanie bazy danych): D201-5. PMID 15608177 . doi : 10.1093/nar/gki106 .
- Quevillon E, Silventoinen V, Pillai S, Harte N, Mulder N, Apweiler R, Lopez R (2005). «InterProScan: identyfikator domen białkowych». Nucleic Acids Res. 33 (problem z serwerem internetowym): W116-20. PMID 15980438 . doi : 10.1093/nar/gki442 .
