InterPro
InterPro ist eine Plattform mit Zugang zu Datenbanken von Proteinfamilien , Domänen und funktionellen Stellen, wo identifizierbare Merkmale bekannter Proteine auf neue Proteinsequenzen angewendet werden können.
Es wurde 1999 nach der Bildung des InterPro-Konsortiums zwischen der Swiss-Prot- Gruppe am Europäischen Bioinformatik- Institut und dem Schweizerischen Institut für Bioinformatik und den Gründungsmitgliedern der Datenbanken Pfam , PRINTS , PROSITE und ProDom gegründet . Es integriert derzeit Informationen aus den Datenbanken PROSITE, Pfam, PRINTS, ProDom, SMART, TIGRFAMs, PIRSF, SUPERFAMILY, GENE3D und PANTHER.
Die Datenbank steht für text - und streambasierte Suchen über einen Webdienst sowie für anonyme FTP - Downloads zur Verfügung . Es enthält verschiedene Ausgabeformate wie Texttabellen, XML -Dokumente und Diagramme, um die Analyse Ihrer Ergebnisse zu vereinfachen. Wie die anderen Datenbanken des European Bioinformatics Institute ist sie gemeinfrei .
Referenzen
- Mulder NJ, Apweiler R., Attwood TK, Bairoch A., Bateman A., Binns D., Bradley P., Bork P., Bucher P., Cerutti L., Copley R., Courcelle E., Das U., Durbin R., Fleischmann W., Gough J., Haft D , N. Harte, N. Hulo, D. Kahn, A. Kanapin, M. Krestyaninova, D. Lonsdale, R. Lopez, I. Letunic, M. Madera, J. Maslen, J. McDowall, A. Mitchell, AN. Nikolskaya, S. Orchard, M. Pagni, CP Ponting, Quevillon E., J. Selengut, C.J. Sigrist, V. Silventoinen, DJ Studholme, R. Vaughan, CH Wu (2005). «InterPro, Fortschritt und Status 2005». Nucleic Acids Res. 33 (Datenbankausgabe): D201-5. PMID 15608177 . doi : 10.1093/nar/gki106 .
- Quevillon E., Silventoinen V., Pillai S., Harte N., Mulder N., Apweiler R., Lopez R. (2005). «InterProScan: Identifizierung von Proteindomänen». Nucleic Acids Res. 33 (Webserver-Problem): W116-20. PMID 15980438 . doi : 10.1093/nar/gki442 .
