InterPro
InterPro är en plattform med tillgång till databaser med proteinfamiljer , domäner och funktionella platser där identifierbara egenskaper som finns i kända proteiner kan appliceras på nya proteinsekvenser.
Det skapades 1999 efter bildandet av InterPro-konsortiet mellan Swiss-Prot- gruppen vid European Bioinformatics Institute och Swiss Institute for Bioinformatics och grundarna av databaserna Pfam , PRINTS , PROSITE och ProDom . Den integrerar för närvarande information från databaserna PROSITE, Pfam, PRINTS, ProDom, SMART, TIGRFAMs, PIRSF, SUPERFAMILY, GENE3D och PANTHER.
Databasen är tillgänglig för text- och streambaserade sökningar via en webbtjänst och för anonyma FTP -nedladdningar . Den innehåller olika utdataformat som texttabeller, XML- dokument och grafer för att göra det enkelt att analysera dina resultat. Liksom de andra databaserna från European Bioinformatics Institute är den allmän egendom .
Referenser
- Mulder NJ, Apweiler R, Attwood TK, Bairoch A, Bateman A, Binns D, Bradley P, Bork P, Bucher P, Cerutti L, Copley R, Courcelle E, Das U, Durbin R, Fleischmann W, Gough J, Haft D , Harte N, Hulo N, Kahn D, Kanapin A, Krestyaninova M, Lonsdale D, Lopez R, Letunic I, Madera M, Maslen J, McDowall J, Mitchell A, Nikolskaya AN, Orchard S, Pagni M, Ponting CP, Quevillon E, Selengut J, Sigrist CJ, Silventoinen V, Studholme DJ, Vaughan R, Wu CH (2005). "InterPro, framsteg och status 2005". Nucleic Acids Res. 33 (Databasutgåva): D201-5. PMID 15608177 . doi : 10.1093/nar/gki106 .
- Quevillon E, Silventoinen V, Pillai S, Harte N, Mulder N, Apweiler R, Lopez R (2005). «InterProScan: proteindomänidentifierare». Nucleic Acids Res. 33 (webbserverproblem): W116-20. PMID 15980438 . doi : 10.1093/nar/gki442 .
