InterPro
InterPro on alusta, jolla on pääsy proteiiniperheiden , domeenien ja toiminnallisten paikkojen tietokantoihin , joissa tunnetuista proteiineista löydettyjä tunnistettavia ominaisuuksia voidaan soveltaa uusiin proteiinisekvensseihin.
Se luotiin vuonna 1999 sen jälkeen, kun Euroopan bioinformatiikkainstituutin Swiss-Prot- ryhmä ja Sveitsin bioinformatiikkainstituutti sekä Pfam- , PRINTS- , PROSITE- ja ProDom-tietokantojen perustajajäsenet perustivat InterPro-konsortion . Tällä hetkellä se integroi tiedot PROSITE-, Pfam-, PRINTS-, ProDom-, SMART-, TIGRFAM-, PIRSF-, SUPERFAMILY-, GENE3D- ja PANTHER-tietokannoista.
Tietokanta on käytettävissä teksti- ja stream-pohjaisiin hakuihin verkkopalvelun kautta sekä anonyymeihin FTP -latauksiin . Se sisältää erilaisia tulostusmuotoja, kuten tekstitaulukoita, XML -dokumentteja ja kaavioita, jotta tulosten analysointi on helppoa. Kuten muutkin Euroopan bioinformatiikkainstituutin tietokannat, se on julkisessa käytössä .
Viitteet
- Mulder NJ, Apweiler R, Attwood TK, Bairoch A, Bateman A, Binns D, Bradley P, Bork P, Bucher P, Cerutti L, Copley R, Courcelle E, Das U, Durbin R, Fleischmann W, Gough J, Haft D , Harte N, Hulo N, Kahn D, Kanapin A, Krestyaninova M, Lonsdale D, Lopez R, Letunic I, Madera M, Maslen J, McDowall J, Mitchell A, Nikolskaya AN, Orchard S, Pagni M, Ponting CP, Quevillon E, Selengut J, Sigrist CJ, Silventoinen V, Studholme DJ, Vaughan R, Wu CH (2005). "InterPro, edistyminen ja tila vuonna 2005". Nucleic Acids Res. 33 (tietokantajulkaisu): D201-5. PMID 15608177 . doi : 10.1093/nar/gki106 .
- Quevillon E, Silventoinen V, Pillai S, Harte N, Mulder N, Apweiler R, Lopez R (2005). "InterProScan: proteiinidomeenien tunniste". Nucleic Acids Res. 33 (verkkopalvelinongelma): W116-20. PMID 15980438 . doi : 10.1093/nar/gki442 .
