Microarray adatbázisok - Microarray databases

A microarray adatbázis egy adattár, amely microarray gén expressziós adatokat tartalmaz. A mikrotáblák adatbázisának fő felhasználási területe a mérési adatok tárolása, a kereshető indexek kezelése és az adatok rendelkezésre bocsátása más alkalmazások számára elemzés és értelmezés céljából (akár közvetlenül, akár a felhasználói letöltések révén).

A microarray adatbázisok két különálló osztályba sorolhatók:

  1. Olyan, egymástól felülvizsgált nyilvános adattár, amely megfelel az akadémiai vagy ipari szabványoknak, és amelyet sok elemző alkalmazás és csoport felhasználására terveztek. Jó példa erre az NCBI által nyújtott Gén Expression Omnibus (GEO) vagy az EBI ArrayExpress .
  2. Elsősorban egy adott entitás (laboratórium, vállalat, egyetem, konzorcium, csoport) márkájához kapcsolódó speciális lerakat, alkalmazáskészlet, téma vagy elemzési módszer, függetlenül attól, hogy kereskedelmi, non-profit vagy tudományos jellegű-e. Ezeknek az adatbázisoknak az alábbi jellemzők közül egyet vagy többet tartalmazhatnak:
    • Előfordulhat, hogy teljes hozzáféréshez előfizetésre vagy licencre van szükség,
    • A tartalom elsősorban egy meghatározott csoportból származhat (pl. SMD vagy UPSC-BASE), az Immunológiai Genom Projekt
    • Előfordulhat, hogy korlátozások vannak arra, hogy ki használhatja az adatokat, vagy milyen célokra lehet felhasználni az adatokat,
    • Új adatok benyújtásához külön engedélyre lehet szükség, vagy lehet, hogy egyáltalán nem létezik nyilvánvaló folyamat,
    • Csak bizonyos alkalmazások képesek az adatok felhasználására, gyakran ugyanahhoz az entitáshoz társítva is (például a caArray az NCI-ben a caBIG-re szakosodott ),
    • Az adatok további feldolgozására vagy újraformázására szükség lehet a szokásos alkalmazásokhoz vagy elemzésekhez,
    • Azt állítják, hogy foglalkoznak a „sürgős szükséglettel” egy szabványos, központosított tárolónak a mikrotávú adatok számára. (Lásd például a YMD, legutóbb 2003-ban frissített),
    • Állítólag fokozatosan javul az egyik nyilvános adattár,
    • Metaanalízis alkalmazás , amely egy vagy több nyilvános adatbázisból származó tanulmányokat foglal magában (pl. A Gemma elsősorban GEO tanulmányokat; a NextBio különféle forrásokat használ)

Néhány a legismertebb nyilvános, kurátus mikroarray- adatbázisok közül:


adatbázis terület Microarray kísérleti készletek Minta profilok Dátum szerint
ArrayTrack Az ArrayTrack integrált elemző eszközökkel köz- és magáninformációkat is tartalmaz, beleértve a MAQC referenciaértékeit is 1622 50093 2012. február
NCI mAdb Az NCI-adatokat tárolja az integrált elemzési és statisztikai eszközökkel ? 105000 2012. március
ImmGen adatbázis Nyílt hozzáférés az összes immunrendszer-sejtben expressziós adatok, differenciált kifejezés, magszabályozott klaszterek, szabályozás 267 1059 2012. január
Genevestigator Génexpressziós keresőmotor manuálisan kidolgozott, jól megjelölt nyilvános és szabadalmaztatott mikroarray és RNA-seq adatkészletek alapján 3228 232855 2016. október
Gene Expression Omnibus - NCBI bármilyen kurált MIAME- kompatibilis molekulatömeg-vizsgálat 25859 641770 2011. október 28
ArrayExpress az EBI-nél Bármely kurált MIAME vagy MINSEQE kompatibilis transzkriptikai adat 24838 708914 2011. október 28
Stanford Microarray adatbázis magán és közzétett mikrotáblák és molekulák bőségének adatbázisa (már nem működik) 82542 ? 2011. október 23
A rákgenom atlasz (TCGA) expressziós adatok gyűjtése különböző rákok esetén 21229 ? 2013. augusztus 30
GeneNetwork rendszer Nyílt hozzáférésű standard tömbök, exon tömbök és RNS-seq adatok genetikai elemzéshez (eQTL vizsgálatok) az elemzőcsomaggal ~ 100 ~ 10000 2010. július
UNC modENCODE Microarray adatbázis Nimblegen vevő 2,1 millió tömb ~ 6 180 2009. július 17
UPSC-BASE az Umeå Plant Science Center (UPSC) mikroarray elemzésével generált adatok. ~ 100 ? 2007. november 15
UPenn RAD adatbázis A MIAME-nek megfelelő ArrayExpress-hez kapcsolódó állami és magánjellegű tanulmányok ~ 100 ~ 2500 2007. szeptember 1
UNC Microarray adatbázis szolgáltatást nyújt a mikrotáblás adatok tárolására, lekérésére, elemzésére és megjelenítésére ~ 31 2093 2007. április 1
MUSC adatbázis Az adatbázis a MUSC nyomozói, valamint a globális kutatóközösség kutatói által generált DNS mikrotáblázat-adatok tárolója. ~ 45 555 2007. április 1
caArray az NCI-nél Daganatok a rákról, a caBIG elemzésére készítettek 41 1741 2006. november 15

Lásd még

Külső linkek