ArrayTrack - ArrayTrack
 | |
| Fejlesztő (k) | USA Élelmezési és Gyógyszerügynökség |
|---|---|
| Stabil kiadás | 3.5.0 / 2010. március 3
|
| Operációs rendszer | Linux , Mac OS X , Windows |
| Felület | Jáva |
| típus | Bioinformatikai adatkezelés, elemzés és értelmezés |
| Weboldal | [1] |
ArrayTrack egy többcélú bioinformatikai eszköz elsősorban használt microarray adatok kezelése, elemzése és értelmezése. Az ArrayTrack-et úgy fejlesztették ki, hogy támogassa a házon belüli szűrőrendszer-kutatásokat az Egyesült Államok Élelmezési és Gyógyszerügyi Igazgatósága számára 2001-ben, és 2003-ban szabadon elérhetővé tette a nyilvánosság számára a mikroarray-k integrált kutatási eszközeként. Azóta az ArrayTrack évente átlagosan 5000 felhasználót használ. Ezt a Nemzeti Toxikológiai Kutatási Központ rendszeresen frissíti .
Jellemzők
Az ArrayTrack három fő összetevőből áll: Tanulmányi adatbázis, Eszközök és Könyvtárak, amelyek elsősorban az adatkezelést, elemzést és értelmezést végzik. Ezen komponensek mindegyikéhez közvetlenül hozzáférhet a másik kettőből, pl. Az elemző eszközök közvetlenül használhatók a tanulmányi adatbázisban tárolt kísérleti adatokra, és az eredményekből felfedezett jelentős géneket lekérdezhetjük a könyvtárakban, hogy megnézhessük a kiegészítő megjegyzéseket és a kapcsolódó fehérjéket. , útvonalak, gén-onológiai fogalmak stb.
- Tanulmányi adatbázis: A Tanulmányi adatbázis a felhasználók által importált kísérleti adatokat tartalmazza, beleértve a nyers adatokat és a kommentárok adatait is. Elsősorban a mikrotípus adatainak kezelésére szolgál, de támogatja a proteomikai és metabolomikai adatokat is. Az importált adatok kezdetben privát jellegűek a tulajdonos számára, de más felhasználók számára is elérhetők. A Tanulmányi adatbázis jelentős génlistákat is tárol, amelyeket közvetlenül az ArrayTrack adatelemzési eredményeiből lehet létrehozni.
- Eszközök: Az ArrayTrack elemző és megjelenítő eszközök széles skálája érhető el, ideértve, de nem kizárólag: statisztikai elemző eszközöket, beleértve a T-teszt , az ANOVA és a SAM-teszt ; nem felügyelt mintázatfelfedező eszközök, beleértve a hierarchikus klaszterelemzést és az alapelem elemzését ; és modell-előrejelző eszközök, beleértve a K-Legközelebbi Szomszédok és a Lineáris diszkrimináns elemzést . Noha az ArrayTrack eszközeit az importált adatok befogadására tervezték, a külső adatokkal is kompatibilisek.
- Könyvtárak: Az ArrayTrack olyan könyvtárak gyűjteményét tárolja, amelyek meghatározott annotációs adatokat tárolnak, dinamikus táblázatos formátumban megtekinthetők. Van egy könyvtár, amely kifejezetten a génekre , fehérjékre , útvonalakra, gén ontológiai kifejezésekre, kémiai vegyületekre , SNP-kre , QTL-re , chip-típusokra és még sok másra vonatkozik. Minden könyvtár támogatja a többbemenetű keresést, szortírozást, szűrést, másolás-beillesztést és exportálást. A könyvtárak közvetlenül lekérdezhetők a tárolt génlisták, elemzési eredmények és egyéb könyvtárak kívánt tartalmát illetően. Bármely könyvtár konkrét bejegyzését össze lehet kapcsolni sok népszerű nyilvános tudásbázis megfelelő tételével, ideértve az eredeti adatforrásokat is.
Az ArrayTrack közvetlenül integrálva van számos más bioinformatikai szoftverrel, például a GeneGo MetaCore út elemző eszközökkel és az Ingenuity Pathway Analysis szoftverrel.
Megközelíthetőség
Az ArrayTrack szabadon elérhető a nyilvánosság számára, és online elérhető. A kliens számítógépen futtatja egy Java alapú felületen, amely csatlakozik az FDA által üzemeltetett Oracle adatbázishoz . Java-alapú alkalmazásként az ArrayTrack kompatibilis a Windows , Mac és Linux gépekkel.
