Baze de date Microarray - Microarray databases

O bază de date microarray este un depozit care conține date de exprimare a genelor microarray . Utilizările cheie ale unei baze de date microarray sunt stocarea datelor de măsurare, gestionarea unui indice de căutare și punerea la dispoziție a altor aplicații pentru analiză și interpretare (fie direct, fie prin descărcări de utilizatori).

Bazele de date Microarray se pot încadra în două clase distincte:

  1. Un depozit public, revizuit de la egal la egal, care respectă standardele academice sau industriale și este proiectat să fie utilizat de multe aplicații și grupuri de analiză. Un bun exemplu în acest sens este Omnibus de expresie genică (GEO) de la NCBI sau ArrayExpress de la EBI .
  2. Un depozit specializat asociat în principal cu marca unei anumite entități (laborator, companie, universitate, consorțiu, grup), o suită de aplicații, un subiect sau o metodă de analiză, indiferent dacă este comercial, fără scop lucrativ sau academic. Aceste baze de date pot avea una sau mai multe dintre următoarele caracteristici:
    • Este posibil să fie nevoie de un abonament sau licență pentru a obține acces complet,
    • Conținutul poate proveni în principal dintr-un grup specific (de exemplu SMD, sau UPSC-BASE), Proiectul imunologic al genomului
    • Pot exista restricții cu privire la cine poate utiliza datele sau în ce scop pot fi utilizate datele,
    • Este posibil să fie necesară o permisiune specială pentru a trimite date noi sau nu poate exista deloc un proces evident,
    • Doar anumite aplicații pot fi echipate pentru a utiliza datele, adesea, de asemenea, asociate cu aceeași entitate (de exemplu, caArray la NCI este specializat pentru caBIG ),
    • Procesarea suplimentară sau reformatarea datelor poate fi necesară pentru aplicații sau analize standard,
    • Aceștia pretind să abordeze „nevoia urgentă” de a avea un depozit standardizat centralizat pentru datele de tip microarray. (Vezi YMD, ultima actualizare în 2003, de exemplu),
    • Există o cerere de îmbunătățire incrementală față de unul dintre depozitele publice,
    • O aplicație de meta-analiză , care încorporează studii dintr-una sau mai multe baze de date publice (de exemplu, Gemma folosește în principal studii GEO ; NextBio folosește diverse surse)

Unele dintre cele mai cunoscute baze de date cu microarraie publică, curate, sunt:


Bază de date domeniu Seturi de experiment Microarray Profiluri de probe Începând cu data de
ArrayTrack ArrayTrack găzduiește atât date publice cât și private, inclusiv date de referință MAQC, cu instrumente de analiză integrate 1622 50093 Feb 2012
NCI mAdb Gazduieste date NCI cu instrumente de analiza si statistica integrate ? 105000 Mar 2012
Baza de date ImmGen Acces deschis pe toate celulele sistemului imunitar; date de expresie, expresie diferențială, grupuri coregulate, reglare 267 1059 Ianuarie 2012
Genevestigator Motorul de căutare a expresiei genice bazat pe microarraje și seturi de date publicitare bine propuse, bine adnotate și seturi de date RNA-seq 3228 232855 Octombrie 2016
Omnibus de expresie genică - NCBI orice studiu curat MIAME privind abundența moleculară 25859 641770 28 octombrie 2011
ArrayExpress la EBI Orice curator MIAME sau MINSEQE date transcriptomics conforme 24838 708914 28 octombrie 2011
Baza de date Stanford Microarray Baza de date privată și publicată a microarraiei și a abundenței moleculelor (acum defunctă) 82542 ? 23 octombrie 2011
Atlasul genomului cancerului (TCGA) colectarea datelor de expresie pentru diferite tipuri de cancer 21229 ? 30 august 2013
Sistem GeneNetwork Matricile standard de acces deschis, matricile exons și datele ARN-seq pentru analize genetice (studii eQTL) cu suita de analiză ~ 100 ~ 10000 Iulie 2010
Baza de date UNC modENCODE Microarray Clienta Nimblegen 2,1 milioane de clienți ~ 6 180 17 iulie 2009
UPSC-BASE date generate de analiza microarray în cadrul Umeå Plant Science Center (UPSC). ~ 100 ? 15 noiembrie 2007
Baza de date UPenn RAD Studii publice și private conforme MIAME , asociate cu ArrayExpress ~ 100 ~ 2500 1 septembrie 2007
Baza de date UNC Microarray oferă serviciul pentru stocarea, extragerea, analiza și vizualizarea datelor microarray ~ 31 2093 1 aprilie 2007
Baza de date MUSC Baza de date este un depozit pentru datele de microrahie ADN generate de investigatorii MUSC, precum și de cercetătorii din comunitatea globală de cercetare. ~ 45 555 1 aprilie 2007
caArray la NCI Date despre cancer, pregătite pentru analiză pe caBIG 41 1741 15 noiembrie 2006

Vezi si

linkuri externe