Microarray-tietokannat - Microarray databases

Mikrosiru tietokanta on säilytyspaikka microarray -geenin ilmentymistä tiedot. Mikrotietokannan avainkäytöt ovat mittaustietojen tallentaminen, haettavan hakemiston hallinta ja tietojen antaminen muille sovelluksille analysointia ja tulkintaa varten (joko suoraan tai käyttäjän lataamalla).

Microarray-tietokannat voivat jakaa kahteen erilliseen luokkaan:

  1. Vertaisarvioitu julkinen arkisto, joka noudattaa akateemisia tai teollisuusstandardeja ja on suunniteltu käytettäväksi monissa analyysisovelluksissa ja -ryhmissä. Hyvä esimerkki tästä on NCBI: n Gene Expression Omnibus (GEO) tai EBI: n ArrayExpress .
  2. Erityinen arkisto, joka liittyy ensisijaisesti tietyn yksikön (laboratorio, yritys, yliopisto, konsortio, ryhmä) tuotemerkkiin, sovelluspakettiin, aiheeseen tai analyysimenetelmään, olipa se sitten kaupallinen, voittoa tavoittelematon tai akateeminen. Näillä tietokannoilla voi olla yksi tai useampi seuraavista ominaisuuksista:
    • Tilaus tai lisenssi voidaan tarvita täydellisen käyttöoikeuden saamiseksi,
    • Sisältö voi tulla pääasiassa tietystä ryhmästä (esim. SMD tai UPSC-BASE), immunologisen geeniprojektin kanssa.
    • Kuka voi käyttää tietoja tai mihin tarkoitukseen tietoja voidaan käyttää, voi olla rajoituksia,
    • Uusien tietojen lähettämiseen voidaan tarvita erityislupa, tai prosessia ei välttämättä ole ollenkaan,
    • Vain tietyt sovellukset voidaan varustaa tietojen käyttämiseen, usein myös samaan kokonaisuuteen liitetyllä tavalla (esimerkiksi caArray NCI: ssä on erikoistunut caBIG: lle ),
    • Tietojen jatkokäsittelyä tai uudelleenmuotoilua voidaan tarvita tavallisiin sovelluksiin tai analyyseihin,
    • He väittävät vastaavansa "kiireelliseen tarpeeseen" olla vakio, keskitetty arkisto mikromatriisitiedoille. (Katso YMD, viimeksi päivitetty esimerkiksi vuonna 2003),
    • Vaaditaan asteittaista parannusta verrattuna yhteen julkisista arkistoista,
    • Meta-analyysi sovellus , joka sisältää tutkimukset yhdestä tai useammasta julkisia tietokantoja (esim Gemma käyttää ensisijaisesti GEO tutkimukset; NextBio käyttää eri lähteistä)

Jotkut kaikkein tunnetuimpia julkisia, kuratoinut mikrosirujen tietokannat ovat:


Tietokanta laajuus Microarray-koesarjat Näyteprofiilit Päivämäärästä lukien
ArrayTrack ArrayTrack isännöi sekä julkista että yksityistä tietoa, mukaan lukien MAQC-vertailutiedot, integroiduilla analyysityökaluilla 1622 50093 Helmikuuta 2012
NCI mAdb Isännöi NCI-tietoja integroiduilla analyysi- ja tilastotyökaluilla ? 105000 Maaliskuu 2012
ImmGen-tietokanta Avoin pääsy kaikille immuunijärjestelmän soluille; ekspressiotiedot, differentiaalinen ekspressio, ydinasetelmat klusterit, säätely 267 1059 Tammikuuta 2012
Genevestigator Geeniekspressiohakukone, joka perustuu manuaalisesti kuratoituihin, hyvin merkittyihin julkisiin ja omistusosiin kuuluviin mikromatriiseihin ja RNA-seq-tietokokonaisuuksiin 3228 232855 Lokakuu 2016
Gene Expression Omnibus - NCBI mikä tahansa kuratoitu MIAME- yhteensopiva molekyylipitoisuuden tutkimus 25859 641770 28. lokakuuta 2011
ArrayExpress EBI: llä Kaikki kuratoitu MIAME tai MINSEQE yhteensopiva transkriptomiikka tiedot 24838 708914 28. lokakuuta 2011
Stanford Microarray-tietokanta yksityinen ja julkaistu mikromatriisin ja molekyylien runsaustietokanta (nyt käytöstä poistettu) 82542 ? 23. lokakuuta 2011
Syöpägenomis Atlas (TCGA) erilaisten syöpien ilmentymätietojen keruu 21229 ? 30. elokuuta 2013
GeneNetwork-järjestelmä Avoimen pääsyn standardimatriisit, eksonimatriisit ja RNA-seq-tiedot geneettiseen analyysiin (eQTL-tutkimukset) analyysisarjan avulla ~ 100 ~ 10000 Heinäkuu 2010
UNC modENCODE Microarray-tietokanta Nimblegen-asiakas 2,1 miljoonan asiakasryhmän ~ 6 180 17. heinäkuuta 2009
UPSC-BASE tiedot, jotka on tuotettu mikrotason analyysillä Uumajan kasvitieteellisessä keskuksessa (UPSC). ~ 100 ? 15. marraskuuta 2007
UPenn RAD-tietokanta MIAME- yhteensopivat julkiset ja yksityiset tutkimukset, jotka liittyvät ArrayExpressiin ~ 100 ~ 2500 1. syyskuuta 2007
UNC Microarray-tietokanta tarjoaa palvelun mikrotietojen tallennukseen, hakuun, analysointiin ja visualisointiin ~ 31 2093 1. huhtikuuta 2007
MUSC-tietokanta Tietokanta on arkisto MUSC-tutkijoiden sekä globaalin tutkimusyhteisön tutkijoiden tuottamalle DNA-mikromatriisitiedolle. ~ 45 555 1. huhtikuuta 2007
caArray NCI: llä Syöpätiedot , valmisteltu caBIG- analyysiä varten 41 1741 15. marraskuuta 2006

Katso myös

Ulkoiset linkit