Bases de datos de microarrays - Microarray databases

Una base de datos de microarrays es un depósito que contiene datos de expresión génica de microarrays . Los usos clave de una base de datos de microarrays son almacenar los datos de medición, administrar un índice de búsqueda y hacer que los datos estén disponibles para otras aplicaciones para su análisis e interpretación (ya sea directamente o mediante descargas del usuario).

Las bases de datos de microarrays pueden clasificarse en dos clases distintas:

  1. Un repositorio público revisado por pares que se adhiere a los estándares académicos o de la industria y está diseñado para ser utilizado por muchas aplicaciones y grupos de análisis. Un buen ejemplo de esto es el Gene Expression Omnibus (GEO) de NCBI o ArrayExpress de EBI .
  2. Un repositorio especializado asociado principalmente con la marca de una entidad en particular (laboratorio, empresa, universidad, consorcio, grupo), un conjunto de aplicaciones, un tema o un método de análisis, ya sea comercial, sin fines de lucro o académico. Estas bases de datos pueden tener una o más de las siguientes características:
    • Es posible que se necesite una suscripción o licencia para obtener acceso completo,
    • El contenido puede provenir principalmente de un grupo específico (por ejemplo, SMD o UPSC-BASE), el Immunological Genome Project
    • Puede haber restricciones sobre quién puede usar los datos o con qué propósito se pueden usar los datos,
    • Es posible que se requiera un permiso especial para enviar nuevos datos, o puede que no haya ningún proceso obvio en absoluto,
    • Solo ciertas aplicaciones pueden estar equipadas para usar los datos, a menudo también asociadas con la misma entidad (por ejemplo, caArray en NCI está especializado para caBIG ),
    • Es posible que se requiera procesamiento adicional o reformateo de los datos para aplicaciones estándar o análisis,
    • Afirman abordar la 'necesidad urgente' de tener un repositorio centralizado estándar para datos de microarrays. (Ver YMD, actualizado por última vez en 2003, por ejemplo),
    • Existe un reclamo de una mejora incremental sobre uno de los repositorios públicos,
    • Una aplicación de metanálisis , que incorpora estudios de una o más bases de datos públicas (por ejemplo, Gemma usa principalmente estudios GEO ; NextBio usa varias fuentes)

Algunas de las bases de datos de microarrays seleccionadas y públicas más conocidas son:


Base de datos Alcance Conjuntos de experimentos de microarrays Perfiles de muestra A partir de la fecha
ArrayTrack ArrayTrack aloja datos tanto públicos como privados, incluidos los datos de referencia MAQC, con herramientas de análisis integradas 1622 50,093 Febrero de 2012
MAdb NCI Aloja datos del NCI con herramientas integradas de análisis y estadísticas ? 105.000 Mar. De 2012
Base de datos ImmGen Acceso abierto a todas las células del sistema inmunológico; datos de expresión, expresión diferencial, agrupaciones correguladas, regulación 267 1059 Ene. De 2012
Genevestigador Motor de búsqueda de expresión génica basado en conjuntos de datos de RNA-seq y microarrays públicos y patentados seleccionados manualmente y bien anotados 3228 232,855 Octubre de 2016
Ómnibus de expresión genética - NCBI cualquier estudio curado de abundancia molecular compatible con MIAME 25859 641770 28 de octubre de 2011
ArrayExpress en EBI Cualquier dato de transcriptómica curado compatible con MIAME o MINSEQE 24838 708914 28 de octubre de 2011
Base de datos de microarrays de Stanford microarrays privados y publicados y base de datos de abundancia de moléculas (ahora desaparecida) 82542 ? 23 de octubre de 2011
Atlas del genoma del cáncer (TCGA) recopilación de datos de expresión para diferentes cánceres 21229 ? 30 de agosto de 2013
Sistema GeneNetwork Matrices estándar de acceso abierto, matrices de exones y datos de RNA-seq para análisis genético (estudios eQTL) con suite de análisis ~ 100 ~ 10000 Julio de 2010
Base de datos de microarrays UNC modENCODE Cliente de Nimblegen 2,1 millones de arreglos ~ 6 180 17 de julio de 2009
UPSC-BASE datos generados por análisis de microarrays dentro del Centro de Ciencias Vegetales de Umeå (UPSC). ~ 100 ? 15 de noviembre de 2007
Base de datos UPenn RAD Estudios públicos y privados compatibles con MIAME , asociados con ArrayExpress ~ 100 ~ 2500 1 de septiembre de 2007
Base de datos de microarrays UNC proporciona el servicio de almacenamiento, recuperación, análisis y visualización de datos de microarrays ~ 31 2093 1 de abril de 2007
Base de datos MUSC La base de datos es un depósito de datos de microarrays de ADN generados por investigadores de MUSC, así como por investigadores de la comunidad de investigación global. ~ 45 555 1 de abril de 2007
caArray en NCI Datos sobre el cáncer, preparados para su análisis en caBIG 41 1741 15 de noviembre de 2006

Ver también

enlaces externos