Microarray-databaser - Microarray databases

En mikroarray-databas är ett förvar som innehåller mikroarray- genuttrycksdata . Den viktigaste användningen av en mikroarray-databas är att lagra mätdata, hantera ett sökbart index och göra data tillgängliga för andra applikationer för analys och tolkning (antingen direkt eller via användarnedladdningar).

Microarray-databaser kan delas in i två olika klasser:

  1. Ett peer review, offentligt arkiv som följer akademiska standarder eller branschstandarder och är utformat för att användas av många analysapplikationer och grupper. Ett bra exempel på detta är Gene Expression Omnibus (GEO) från NCBI eller ArrayExpress från EBI .
  2. Ett specialiserat arkiv associerat främst med varumärket för en viss enhet (labb, företag, universitet, konsortium, grupp), en applikationssvit, ett ämne eller en analysmetod, oavsett om det är kommersiellt, ideellt eller akademiskt. Dessa databaser kan ha en eller flera av följande egenskaper:
    • En prenumeration eller licens kan behövas för att få full tillgång,
    • Innehållet kan huvudsakligen komma från en specifik grupp (t.ex. SMD eller UPSC-BASE), det immunologiska genomprojektet
    • Det kan finnas begränsningar för vem som kan använda uppgifterna eller för vilket syfte data kan användas,
    • Särskilt tillstånd kan krävas för att lämna in nya uppgifter, eller det kan inte finnas någon uppenbar process alls,
    • Endast vissa applikationer kan vara utrustade för att använda data, ofta också associerade med samma enhet (till exempel caArray på NCI är specialiserat för caBIG ),
    • Ytterligare bearbetning eller omformatering av data kan krävas för standardapplikationer eller analys,
    • De påstår att hantera det "brådskande behovet" att ha ett standardiserat, centraliserat arkiv för mikroarray-data. (Se till exempel YMD, senast uppdaterad 2003),
    • Det finns krav på en stegvis förbättring jämfört med ett av de offentliga förvaren,
    • En meta-analys ansökan , som omfattar studier från en eller flera allmänna databaser (t.ex. Gemma använder primärt GEO studier; NextBio använder olika källor)

Några av de mest kända offentliga, kuraterade mikroarray- databaserna är:


Databas Omfattning Microarray-experimentuppsättningar Provprofiler Från och med dagen
ArrayTrack ArrayTrack är värd för både offentliga och privata data, inklusive MAQC-referensdata, med integrerade analysverktyg 1622 50.093 Februari 2012
NCI mAdb Värdar NCI-data med integrerade analys- och statistikverktyg ? 105 tusen Mar 2012
ImmGen-databas Öppen åtkomst över alla immunsystemceller; uttrycksdata, differentiellt uttryck, korrigerade kluster, reglering 267 1059 Jan 2012
Genevestigator Genuttryckssökmotor baserad på manuellt kuraterade, väl annoterade offentliga och proprietära mikroarray- och RNA-seq-datasätt 3228 232.855 Oktober 2016
Genuttryck Omnibus - NCBI varje kurerad MIAME- kompatibel molekylär överflödestudie 25859 641.770 28 oktober 2011
ArrayExpress på EBI Alla kuraterade MIAME- eller MINSEQE- kompatibla transkriptomikdata 24838 708.914 28 oktober 2011
Stanford Microarray-databas privat och publicerad databas över mikrovågs- ​​och molekylöverskridande (nu avstängd) 82.542 ? 23 oktober 2011
Cancer Genome Atlas (TCGA) insamling av uttrycksdata för olika cancerformer 21229 ? 30 augusti 2013
GeneNetwork-system Standarduppsättningar med öppen åtkomst, exons-matriser och RNA-seq-data för genetisk analys (eQTL-studier) med analyssvit ~ 100 ~ 10 tusen Juli 2010
UNC modENCODE Microarray-databas Nimblegen kund 2,1 miljoner array ~ 6 180 17 juli 2009
UPSC-BASE data genererade genom mikroarrayanalys inom Umeå Plant Science Center (UPSC). ~ 100 ? 15 november 2007
UPenn RAD-databas MIAME- kompatibla offentliga och privata studier, associerade med ArrayExpress ~ 100 ~ 2500 1 september 2007
UNC Microarray-databas tillhandahåller tjänsten för datalagring, hämtning, analys och visualisering av mikroarray ~ 31 2093 1 april 2007
MUSC-databas Databasen är ett förvar för DNA-mikroarray-data genererade av MUSC-utredare såväl som forskare i det globala forskarsamhället. ~ 45 555 1 april 2007
caArray på NCI Cancerdata, förberedda för analys på caBIG 41 1741 15 november 2006

Se även

externa länkar