UniProt
| UniProt | ||
|---|---|---|
 | ||
| yaratıcı | Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü | |
| İnsan | biyolojik veritabanı , çevrimiçi veritabanı , veri deposu , grafik odaklı veritabanı ve ELIXIR Çekirdek Veri Kaynağı | |
| İnternet sitesi | www.uniprot.org ve www.uniprot.org | |
UniProt ( evrensel proteinden ), protein verilerinin ücretsiz bir merkezi deposudur . Bu, onu protein bilgi depolaması için dünyanın önde gelen kaynağı haline getirdi. Çoğu giriş , genom dizileme projelerinden gelir ve bilimsel dergilerde bulunur.
UniProt konsorsiyumu
UniProt konsorsiyumu, Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü (EBI), İsviçre Biyoinformatik Enstitüsü (SIB) ve Protein Bilgi Kaynağından (PIR) oluşur. EBI , İngiltere, Hinxton'daki Wellcome Trust Genome Kampüsü'nde yer almaktadır . Geniş bir veri tabanı ve biyoinformatik hizmetleri kaynağına sahiptir. SIB Cenevre'de (İsviçre) yer almaktadır. Proteomik araçları ve veritabanları için merkezi bir kaynak olan ExPASy (Uzman Protein Analiz Sistemi) sunucularının bakımını yapar. PIR, Washington D.C.'de (Amerika Birleşik Devletleri) Georgetown Üniversite Hastanesi'nde bulunan Ulusal Biyomedikal Araştırma Vakfı'nda (NBRF) yer almaktadır. PIR, 1965 yılında Margaret Dayhoff tarafından yayınlanan Protein Dizileri ve Yapısı Atlası olan en eski protein dizileri veritabanının mirasçısıdır . [ 1 ] 2002'de EBI, SIB ve PIR, UniProt konsorsiyumunda güçlerini birleştirdi. [ 2 ]
UniProt veritabanlarının kökleri
Konsorsiyumun her üyesi, protein veri tabanının bakımı ve açıklamasına yoğun bir şekilde dahil olur. Yakın zamana kadar, EBI ve SIB, Swiss-Prot ve TrEMBL veritabanlarını ortaklaşa üretirken, PIR, protein dizisi veri tabanını (PIR-PSD) üretti. [ 3 ] [ 4 ] Bu veri tabanları, farklı açıklama öncelikleri ve protein dizilerinin kapsamı ile bir arada var oldu.
Swiss-Prot, 1986 yılında Amos Bairoch tarafından doktorası sırasında oluşturuldu ve İsviçre Biyoinformatik Enstitüsü tarafından geliştirildi ve daha sonra Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü'nde Rolf Apweiler tarafından geliştirildi . [ 5 ] Swiss-Prot, yüksek düzeyde açıklama (bir proteinin işlevini, etki alanı yapısını, çeviri sonrası modifikasyonları, varyantları vb. tanımlamak gibi), minimum düzeyde fazlalık ve yüksek düzeyde açıklama ile ilişkili güvenilir protein dizileri sağlamayı amaçladı. diğer veritabanları ile entegrasyon. Dizi verilerinin Swiss-Prot'un devam etme yeteneğini aşan bir hızda üretildiğini kabul ederek, Swiss-Prot'ta olmayan proteinler için otomatik açıklamalar sağlamak üzere TrEMBL (Çevrilmiş EMBL Nükleotid Dizisi Veri Kitaplığı) oluşturuldu. Bu arada, PIR, protein dizileri ve seçilen ailelerin bir veri tabanı olan iProClass dahil olmak üzere PIR-PSD'yi ve ilgili veritabanlarını sürdürdü.
Konsorsiyum üyeleri, örtüşen kaynaklarını ve uzmanlıklarını bir araya getirdiler ve Aralık 2003'te UniProt'u başlattılar. [ 6 ]
Referanslar
- ↑ Dayhoff, Margaret O. (1965). Ulusal Biyomedikal Araştırma Vakfı, ed. Protein dizisi ve yapısı Atlası . Gümüş Bahar, MD.
- ^ "2002 Sürümü: NHGRI Fonları Küresel Protein Veritabanı" . Ulusal İnsan Genomu Araştırma Enstitüsü (NHGRI) . 24 Eylül 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi . 14 Nisan 2018'de alındı .
- ↑ Nükklek Asitler Araştırması, ed. (1 Ocak 2003). "Protein Bilgi Kaynağı " . Erişim tarihi: 3 Mayıs 2021 .
- ↑ Boeckmann, Brigitte; Bairoch, Amos; Apweiler, Rolf; Blatter, Marie-Claude; Estreicher, Anne; Gasteiger, Elisabeth; Martin, Maria J.; Michoud, Karine ve ark. (1 Ocak 2003). "SWISS-PROT protein bilgi tabanı ve 2003 yılında eki TrEMBL" . Nükleik Asitler Araştırma 31 (1): 365-370. ISSN 0305-1048 . PMID 12520024 . Erişim tarihi: 3 Mayıs 2021 .
- ↑ Bairoch, A; Apweiler, R (1 Ocak 1996). "SWISS-PROT protein dizisi veri bankası ve yeni eki TREMBL." . Nükleik Asitler Araştırması 24 (1): 21-25. ISSN 0305-1048 . PMID 8594581 . Erişim tarihi: 3 Mayıs 2021 .
- ^ "Protein dizisi veritabanları" . Kimyasal Biyolojide Güncel Görüş 8 ( 1):76-80. 1 Şubat 2004. ISSN 1367-5931 . doi : 10.1016/j.cbpa.2003.12.004 . Erişim tarihi: 3 Mayıs 2021 .
