UniProt
| UniProt | ||
|---|---|---|
 | ||
| Twórca | Europejski Instytut Bioinformatyki | |
| Facet | baza danych biologicznych , baza danych online , repozytorium danych , baza danych zorientowana na wykresy i podstawowe źródło danych ELIXIR | |
| Stronie internetowej | www.uniprot.org i www.uniprot.org | |
UniProt (od universal prot ein ) to bezpłatne centralne repozytorium danych białkowych . To sprawiło, że jest to wiodący na świecie zasób do przechowywania informacji o białkach. Większość wpisów pochodzi z projektów sekwencjonowania genomu i znajduje się w czasopismach naukowych.
Konsorcjum UniProt
Konsorcjum UniProt obejmuje Europejski Instytut Bioinformatyki (EBI), Szwajcarski Instytut Bioinformatyki (SIB) oraz Protein Information Resource (PIR). EBI znajduje się w Wellcome Trust Genome Campus w Hinxton w Wielkiej Brytanii. Posiada duże źródło baz danych i usług bioinformatycznych. SIB ma siedzibę w Genewie (Szwajcaria). Utrzymuje serwery ExPASy (Expert Protein Analysis System), które są centralnym źródłem narzędzi proteomicznych oraz baz danych. PIR znajduje się w National Biomedical Research Foundation (NBRF), znajdującej się w Georgetown University Hospital w Waszyngtonie (Stany Zjednoczone). PIR jest spadkobiercą najstarszej bazy danych sekwencji białek, Atlas of Protein Sequence and Structure, opublikowanej w 1965 przez Margaret Dayhoff . [ 1 ] W 2002 roku EBI, SIB i PIR połączyły siły w konsorcjum UniProt. [ 2 ]
Korzenie baz danych UniProt
Każdy członek konsorcjum jest mocno zaangażowany w utrzymanie i adnotację bazy danych białek. Do niedawna EBI i SIB wspólnie tworzyły bazy danych Swiss-Prot i TrEMBL, podczas gdy PIR stworzyło bazę danych sekwencji białek (PIR-PSD). [ 3 ] [ 4 ] Te bazy danych współistniały z różnymi priorytetami adnotacji i pokryciem sekwencji białkowych.
Swiss-Prot został stworzony w 1986 roku przez Amosa Bairocha w trakcie jego doktoratu i rozwijany przez Szwajcarski Instytut Bioinformatyki i dalej rozwijany przez Rolfa Apweilera w Europejskim Instytucie Bioinformatyki . [ 5 ] Celem Swiss-Prot było dostarczenie wiarygodnych sekwencji białkowych związanych z wysokim poziomem adnotacji (takich jak opis funkcji białka, jego struktury domenowej, modyfikacji potranslacyjnych, wariantów itp.), minimalnym poziomem redundancji i wysokim poziomem integracji z innymi bazami danych. Uznając, że dane sekwencyjne były generowane w tempie przekraczającym zdolność Swiss-Prot do nadążania za nimi, stworzono TrEMBL (Translated EMBL Nucleotide Sequence Data Library) w celu zapewnienia automatycznych adnotacji dla tych białek, których nie ma w Swiss-Prot. W międzyczasie PIR utrzymywał PIR-PSD i powiązane bazy danych, w tym iProClass, bazę danych sekwencji białek i wybranych rodzin.
Członkowie konsorcjum połączyli swoje nakładające się zasoby i wiedzę fachową i uruchomili UniProt w grudniu 2003 r. [ 6 ]
Referencje
- ↑ Dayhoff, Margaret O. (1965). Narodowa Fundacja Badań Biomedycznych, wyd. Atlas sekwencji i struktury białek . Srebrna Wiosna, MD.
- ^ "2002 Release: NHGRI Funds Global Protein Database" . Narodowy Instytut Badań nad Genomem Człowieka (NHGRI) . Zarchiwizowane z oryginału w dniu 24 września 2015 r . Źródło 14 kwietnia 2018 .
- ↑ Badania kwasów nukleinowych, wyd. (1 stycznia 2003). „Zasób informacji o białkach ” . Źródło 3 maja 2021 .
- ↑ Boeckmann, Brigitte; Bairoch, Amos; Apweiler, Rolf; Blatter, Marie-Claude; Estreichera, Annę; Gasteiger, Elisabeth; Marcin, Maria J.; Michoud, Karine i in. (1 stycznia 2003). "Baza wiedzy o białkach SWISS-PROT i jej suplement TrEMBL w 2003 roku" . Badania nad kwasami nukleinowymi 31 (1): 365-370. ISSN 0305-1048 . PMID 12520024 . Źródło 3 maja 2021 .
- ↑ Bairoch, A; Apweiler, R (1 stycznia 1996). "Bank danych sekwencji białek SWISS-PROT i jego nowy suplement TREMBL." . Badania kwasów nukleinowych 24 (1): 21-25. ISSN 0305-1048 . PMID 8594581 . Źródło 3 maja 2021 .
- ^ „Bazy danych sekwencji białek” . Aktualna opinia w biologii chemicznej 8 ( 1):76-80. 1 lutego 2004. ISSN 1367-5931 . doi : 10.1016/j.cbpa.2003.12.004 . Źródło 3 maja 2021 .
