UniProt
| UniProt | ||
|---|---|---|
 | ||
| Schepper | Europees Instituut voor Bio-informatica | |
| Jongen | biologische database , online database , gegevensopslagplaats , grafiekgeoriënteerde database en ELIXIR Core Data Resource | |
| Website | www.uniprot.org en www.uniprot.org | |
UniProt (van universeel eiwit ) is een gratis centrale opslagplaats van eiwitgegevens . Dit heeft het tot 's werelds toonaangevende bron voor de opslag van eiwitinformatie gemaakt. De meeste inzendingen zijn afkomstig van projecten voor genoomsequencing en zijn te vinden in wetenschappelijke tijdschriften.
UniProt
Het UniProt-consortium bestaat uit het European Bioinformatics Institute (EBI), het Swiss Institute for Bioinformatics (SIB) en de Protein Information Resource (PIR). EBI is gevestigd op de Wellcome Trust Genome Campus in Hinxton, VK. Het heeft een grote bron van databases en bio-informaticadiensten. SIB is gevestigd in Genève (Zwitserland). Het onderhoudt de ExPASy-servers (Expert Protein Analysis System), die een centrale bron zijn voor proteomics-tools, evenals databases. PIR is gevestigd bij de National Biomedical Research Foundation (NBRF), gevestigd in het Georgetown University Hospital, in Washington D.C. (Verenigde Staten). PIR is de erfgenaam van de oudste database van eiwitsequenties, de Atlas of Protein Sequence and Structure, gepubliceerd in 1965 door Margaret Dayhoff . [ 1 ] In 2002 bundelden EBI, SIB en PIR hun krachten in het UniProt-consortium. [ 2 ]
De wortels van de UniProt-databases
Elk lid van het consortium is nauw betrokken bij het onderhoud en de annotatie van de eiwitdatabase. Tot voor kort produceerden EBI en SIB gezamenlijk de Swiss-Prot- en TrEMBL-databases, terwijl PIR de eiwitsequentiedatabase (PIR-PSD) produceerde. [ 3 ] [ 4 ] Deze databases bestonden naast verschillende annotatieprioriteiten en dekking van eiwitsequenties.
Swiss-Prot werd in 1986 gecreëerd door Amos Bairoch tijdens zijn doctoraat en ontwikkeld door het Zwitserse Instituut voor Bioinformatica en verder ontwikkeld door Rolf Apweiler aan het European Bioinformatics Institute . [ 5 ] Swiss-Prot streefde ernaar om betrouwbare eiwitsequenties te bieden die geassocieerd zijn met een hoog niveau van annotatie (zoals het beschrijven van de functie van een eiwit, zijn domeinstructuur, post-translationele modificaties, varianten, enz.), een minimaal niveau van redundantie en een hoog niveau van integratie met andere databases. Erkennend dat sequentiegegevens werden gegenereerd met een snelheid die het vermogen van Swiss-Prot om bij te houden overschreed, werd TrEMBL (Translated EMBL Nucleotide Sequence Data Library) gemaakt om geautomatiseerde annotaties te bieden voor die eiwitten die niet in Swiss-Prot voorkomen. Ondertussen handhaafde PIR de PIR-PSD en gerelateerde databases, waaronder iProClass, een database van eiwitsequenties en geselecteerde families.
De consortiumleden combineerden hun overlappende middelen en expertise en lanceerden UniProt in december 2003. [ 6 ]
Referenties
- ^ Dayhoff, Margaret O. (1965). Nationale Stichting voor Biomedisch Onderzoek, uitg. Atlas van eiwitsequentie en structuur . Silver Spring, MD.
- ^ "2002 Release: NHGRI Funds Global Protein Database" . Nationaal instituut voor menselijk genoomonderzoek (NHGRI) . Gearchiveerd van het origineel op 24 september 2015 . Ontvangen 14 april 2018 .
- ↑ Nucclec Acids Research, ed. (1 januari 2003). "De eiwitinformatiebron " . Ontvangen op 3 mei 2021 .
- ↑ Boeckmann, Brigitte; Bairoch, Amos; Apweiler, Rolf; Blatter, Marie-Claude; Estreicher, Anne; Gasteiger, Elisabeth; Martin, Maria J.; Michoud, Karine et al. (1 januari 2003). "De SWISS-PROT eiwit kennisbank en het supplement TrEMBL in 2003" . Onderzoek naar nucleïnezuren 31 (1): 365-370. ISSN 0305-1048 . PMID 12520024 . Ontvangen op 3 mei 2021 .
- Bairoch , A; Apweiler, R (1 januari 1996). "De SWISS-PROT eiwitsequentie databank en het nieuwe supplement TREMBL." . Onderzoek naar nucleïnezuren 24 (1): 21-25. ISSN 0305-1048 . PMID 8594581 . Ontvangen op 3 mei 2021 .
- ^ "Eiwitsequentiedatabases" . Huidige opinie in chemische biologie 8 ( 1): 76-80. 1 februari 2004. ISSN 1367-5931 . doi : 10.1016/j.cbpa.2003.12.004 . Ontvangen op 3 mei 2021 .
