İç döngü - Internal loop
RNA'daki iç döngüler (iç döngüler olarak da adlandırılır) , nükleotidler arasında Watson-Crick-Franklin baz eşleşmesinden dolayı çift sarmallı RNA'nın ayrıldığı yerde bulunur . İç döngüler , çift sarmallı RNA uzantısının ortasında meydana geldiklerinden Kök döngülerden farklılık gösterir . Kanonik olmayan kalıntılar, çift sarmalın çözülme, istifin çözülmesi ve bükülme nedeniyle bozulmasına neden olur.
İç döngüler, şişkinlikler olarak da bilinen bazı asimetrik iç döngülerle simetrik veya asimetrik olarak sınıflandırılabilir. Birçok önemli yapısal motif, C-ilmek, yanaşma-dirsek, bükülme-dönüşler (k-dönüş), dik-açı, sarkin / risin ilmekleri (aynı zamanda şişkin-G motifleri olarak da adlandırılır) gibi iç ilmeklerden oluşur. bükülü motif ve UAA / GAN iç döngü motifi.
