Intern sløjfe - Internal loop
Interne sløjfer (også betegnet indre sløjfer) i RNA findes, hvor det dobbeltstrengede RNA adskiller sig på grund af ingen Watson-Crick-Franklin baseparring mellem nukleotiderne . Interne sløjfer adskiller sig fra stamme-sløjfer, da de forekommer midt i en strækning af dobbeltstrenget RNA. De ikke-kanoniske rester resulterer i, at den dobbelte helix bliver forvrænget på grund af afvikling, afstapling og knæk.
Interne sløjfer kan klassificeres som enten symmetriske eller asymmetriske, med nogle asymmetriske indre sløjfer, også kendt som buler. Mange vigtige strukturelle motiver er sammensat af interne sløjfer såsom C-sløjfe, docking-albue, kink-sving (k-drejning), retvinklen, sarcin / ricin-løkker (også kaldet bulede-G-motiver), twist-up motiv og UAA / GAN intern loop-motiv.
