Pachet helix - Helix bundle
Un pachet de spirală este un mic pliu proteic compus din mai multe spirale alfa, care sunt de obicei aproape paralele sau antiparalele între ele.
Pachete cu trei spirale
Pachetele cu trei spirale sunt printre cele mai mici și mai rapide domenii structurale care se pliază în cooperare. Pachetul cu trei helice din domeniul cascăi de villină are o lungime de numai 36 de aminoacizi și este un subiect obișnuit de studiu în simulări de dinamică moleculară , deoarece timpul său de pliere la scară de microsecundă este în limitele de timp accesibile simulării. Proteina accesorie HIV cu 40 de reziduuri are un aspect foarte similar și a fost, de asemenea, subiectul unui studiu amplu. Nu există niciun motiv general al secvenței asociat cu pachete cu trei spirale, deci nu pot fi prezise în mod necesar doar din secvență. Pachetele cu trei spirale apar adesea în proteinele care leagă actina și în proteinele care leagă ADN-ul .
Pachete cu patru spirale
Patru-helix mănunchiuri constau de obicei din patru helices ambalate într - o buclă încolăcită aranjament cu steric close-ambalate miez hidrofob în centru. Perechile de spirale adiacente sunt adesea stabilizate suplimentar prin punți de sare între aminoacizii încărcați. Axele elicoidale sunt orientate în mod obișnuit la aproximativ 20 de grade față de helicile vecine, o înclinație mult mai mică decât în structura elicoidală mai mare a pliului globinei .
Topologia specifică a helicilor este dependentă de proteină - helicile care sunt adiacente în secvență sunt adesea antiparalele , deși este, de asemenea, posibil să se aranjeze legături antiparalele între două perechi de spirale paralele. Deoarece bobinele spiralate dimerice sunt ele însele relativ stabile, fasciculele cu patru spirale pot fi dimeri ai perechilor spiralate, ca și în proteina Rop . Pachetul cu patru spirale poate avea stabilitate termică mai mare de 100 ° C. Alte exemple de pachete cu patru spirale includ citocrom , feritină , hormon de creștere uman , citokină și C-terminal represor Lac . Faldul cu patru helice a dovedit o țintă atractivă pentru proiectarea proteinelor de novo , numeroase proteine de novo cu patru helix fiind proiectate cu succes prin metode raționale și combinatorii. Deși secvența nu este păstrată printre pachete cu patru spirale, modelele de secvență tind să le reflecte pe cele ale structurilor spiralate în care fiecare al patrulea și al șaptelea reziduu sunt hidrofobe.
