Vizualizarea datelor biologice - Biological data visualization

Vizualizarea datelor de biologie este o ramură a bioinformaticii care se ocupă cu aplicarea graficii computerizate , vizualizarea științifică și vizualizarea informațiilor în diferite domenii ale științelor vieții . Aceasta include vizualizarea secvențelor , genomilor , alinierilor , filogeniilor , structurilor macromoleculare , biologia sistemelor , microscopia și datele de imagistică prin rezonanță magnetică . Instrumentele software utilizate pentru vizualizarea datelor biologice variază de la programe simple, independente la sisteme complexe și integrate.

Stadiul tehnicii și perspective

Astăzi experimentăm o creștere rapidă a volumului și diversității datelor biologice , prezentând o provocare în creștere pentru biologi. Un pas cheie în înțelegerea și învățarea din aceste date este vizualizarea. Astfel, a existat o creștere corespunzătoare a numărului și diversității sistemelor de vizualizare a datelor biologice.

O tendință emergentă este estomparea granițelor dintre vizualizarea structurilor 3D la rezoluția atomică, vizualizarea complexelor mai mari prin microscopie crio-electronică și vizualizarea locației proteinelor și complexelor în celulele și țesuturile întregi.

O a doua tendință emergentă este creșterea disponibilității și importanței datelor rezolvate în timp din biologia sistemelor , microscopia electronică și imagistica celulară și tisulară. În schimb, vizualizarea traiectoriilor a fost mult timp o parte importantă a dinamicii moleculare .

În cele din urmă, pe măsură ce seturile de date cresc în dimensiune, complexitate și interconectare, sistemele de vizualizare biologică se îmbunătățesc în ceea ce privește gradul de utilizare , integrarea și standardizarea datelor .

Lista software-urilor de vizualizare

Multe sisteme software sunt disponibile pentru vizualizarea datelor biologice. Lista de mai jos leagă unele software-uri utilizate în mod popular și sisteme grupate pe zone de aplicație.

  • Medusa - Un instrument simplu pentru analiza graficului de interacțiune. Este o aplicație bazată pe Java și disponibilă ca applet.
  • Cytoscape - Un software open source pentru integrarea rețelelor de interacțiune bio-moleculară cu date de expresie de mare viteză și alte stări moleculare.
  • Proviz - ProViz este o aplicație autonomă open source sub licența GPL.
  • PATIKA - Este un instrument cu mediu vizual integrat pentru construcția colaborativă și analiza căilor celulare.

Referințe

linkuri externe

Conferințe conexe