Biologisk datavisualisering - Biological data visualization

Biologisk datavisualisering är en gren av bioinformatik som sysslar med tillämpning av datorgrafik , vetenskaplig visualisering och informationsvisualisering på olika områden inom biovetenskapen . Detta inkluderar visualisering av sekvenser , genomer , anpassningar , fylogenier , makromolekylära strukturer , systembiologi , mikroskopi och magnetisk resonansavbildningsdata . Programvaruverktyg som används för att visualisera biologiska data sträcker sig från enkla, fristående program till komplexa, integrerade system.

Toppmodern och perspektiv

Idag upplever vi en snabb tillväxt i volym och mångfald av biologiska data , vilket utgör en ökande utmaning för biologer. Ett viktigt steg för att förstå och lära av dessa data är visualisering. Således har det skett en motsvarande ökning av antalet och mångfalden av system för visualisering av biologiska data.

En framväxande trend är suddiga gränser mellan visualisering av 3D-strukturer vid atomupplösning, visualisering av större komplex med kryo-elektronmikroskopi och visualisering av lokalisering av proteiner och komplex inom hela celler och vävnader.

En andra trend är en ökning av tillgängligheten och betydelsen av tidsupplösta data från systembiologi , elektronmikroskopi och cell- och vävnadsavbildning. Däremot har visualisering av banor länge varit en framträdande del av molekylär dynamik .

Slutligen, när datamängder ökar i storlek, komplexitet och sammankoppling, förbättras biologiska visualiseringssystem i användbarhet , dataintegration och standardisering .

Lista över visualiseringsprogram

Många mjukvarusystem är tillgängliga för visualisering av biologiska data. Listan nedan länkar några populära programvara och system grupperade efter applikationsområden.

  • Medusa - Ett enkelt verktyg för analys av interaktionsgraf. Det är ett Java -baserat program och tillgängligt som en applet.
  • Cytoscape-En öppen källkodsprogramvara för integrering av biomolekylära interaktionsnätverk med expressionsdata med hög genomströmning och andra molekylära tillstånd.
  • Proviz - ProViz är en fristående applikation med öppen källkod under GPL -licensen.
  • PATIKA - Det är ett verktyg med integrerad visuell miljö för gemensam konstruktion och analys av mobilvägar.

Referenser

externa länkar

Relaterade konferenser