Lista software-ului de vizualizare a alinierii - List of alignment visualization software
Această pagină este o subsecțiune a listei software-ului de aliniere a secvențelor .
Instrumentele de vizualizare a aliniilor multiple îndeplinesc de obicei patru scopuri:
- Ajutați la înțelegerea generală a alinierii ADN sau proteine pe scară largă
- Vizualizați aliniamentele pentru figuri și publicații
- Editați manual și selectați aliniamentele generate automat
- Analiza în profunzime
Restul acestui articol se concentrează doar asupra mai multor alinieri globale ale proteinelor omoloage. Primele două sunt o consecință naturală a majorității reprezentărilor alinierilor și adnotarea lor fiind ilizibilă de om și prezentată cel mai bine în formatul de rânduri de secvențe și coloane de aliniere familiare, dintre care exemple sunt răspândite în literatura de specialitate. Al treilea este necesar, deoarece algoritmii atât pentru alinierea secvenței multiple, cât și pentru alinierea structurală utilizează euristici care nu funcționează întotdeauna perfect. Al patrulea este un exemplu excelent al modului în care instrumentele grafice interactive permit unui lucrător implicat în analiza secvenței să execute în mod convenabil o varietate dacă diferite instrumente de calcul pentru a explora implicațiile filogenetice ale unei aliniere; sau, pentru a prezice structura și proprietățile funcționale ale unei secvențe specifice, de exemplu, modelarea comparativă.
Aliniați spectatorii, editorii
| Nume | Instrumente de predicție a structurii integrate | Poate alinia secvențe | Poate calcula copaci filogenetici | Alte caracteristici | Suport pentru formatare | Licență | Poate rula pe browser | Platforme de operare | Legătură |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Alan | Nu | Nu | Nu | Permite vizualizarea rapidă și directă a aliniamentelor de secvență într-un terminal Linux fără redirecționare X. | FASTA , Clustal | Gratuit, GPL 3 | Nu | Terminal Linux | Site oficial |
| Ale ( plugin emacs ) | Nu | da | Nu | Nu | GenBank, EMBL, FASTA , PHYLIP | Gratuit, GPL | Nu | GNU Emacs | Site oficial |
| AliView 2021 | Nu | MUSCLE integrat; pot fi definite alte programe precum MAFFT | Programele externe precum FastTree pot fi apelate din interior | Navigare rapidă și ușoară prin funcția de zoom in-out a roții mouse-ului. Manevrează alinieri nelimitate cu dimensiunea fișierului. Design de grund degenerat. | FASTA , FASTQ , PHYLIP , Nexus , MSF, Clustal | Gratuit, GPL 3 | ? | Cross-platform -Mac OS,
Linux, Windows |
Site oficial |
| alv | Nu | Nu | Nu | Bazat pe consolă (fără GUI), dar cu culori. ADN-ul codificator este colorat de codon. | FASTA , PHYLIP , Nexus , Clustal , Stockholm | Gratuit, GPL 3 | Nu | Cross-platform | Site-ul oficial , consultați șialvpeGitHub |
| arb | structură editabilă, prezintă legătura în regiunile secvenței helix, vizualizator de molecule 2D | MUSCLE, MAFFT, ClustalW, ProbCons, FastAligner (region-align + auto-reference) | arb-parsimony & -NJ, RAxML, PHYML, Phylip, FastTree2, MrBayes | Editează aliniamente și copaci uriași. Suportă NUC + AA. Afișează codoni sub ADN. Evidențierea coloanelor personalizate (de exemplu, prin profiluri de conservare). Proiectează, asortează și vizualizează sonde . | FASTA , GenBank , EMBL , Newick | Proprietate , freeware , licență arb , sursă deschisă modificabilă | Nu | Linux, Mac OS (homebrew) | Site oficial |
| Bază de bază | Nu | MUŞCHI | UPGMA, NJ , legături complete și simple, WPMGA | Rezumat vizual, tabele de identitate procentuale, câteva instrumente integrate de analiză avansată | Genbank, FASTA , EMBEL, Clustal , fișiere bazate pe bază | Proprietatea , freeware , trebuie să se înregistreze | ? | ? | Site oficial |
| BioEdit | Nu | Clustal W | Rudimentar, poate citi PHYLIP | Desen plasmidic, cromatograme ABI, | Genbank, FASTA , PHYLIP 3.2 și 4, NBRF-PIR | Proprietate , freeware | Nu | Windows (95/98 / NT / 2000 / XP) | Site oficial |
| BioNumerics | Nu | da | da | ? | Genbank, FASTA | Proprietate , comercială | ? | ? | Site oficial |
| bioSyntax | Nu | Nu | Nu | Sintaxă nativă care evidențiază suport pentru Vim , less , gedit și Sublime | FASTA , FASTQ , Clustal , SAM , VCF și multe altele | Gratuit, GPL 3 | Nu | Vim, Less, GEdit și Sublime | Site oficial |
| BoxShade | Nu | Nu | Nu | În special pentru alinieri multiple | Format MSF scris de PILEUP, READSEQ sau SEQIO (fmtseq); Format ALN scris de Clustal W | Domeniu public gratuit | Nu | MSDOS, VMS | Site oficial |
| CINEMA | Nu, dar poate citi-afișa adnotări de structură 2D | Clustal W | Nu | Dotplot, traducere cu 6 cadre, Blast | Nexus , MSF, Clustal , FASTA , PHYLIP , PIR , tipărituri | Proprietate , freeware | Nu | Cross-platform -Mac OS, Linux, Windows | Site oficial |
| CLC viewer (versiune gratuită) | Numai versiune comercială | Clustal , MUSCLE, T-Coffee, MAFFT, Kalign, diverse | UPGMA, NJ | Fluxuri de lucru, căutare explozie-genbank | mulți | Proprietate , freeware . Mai multe opțiuni disponibile în versiunile comerciale. | Nu | ? | Site oficial |
| Vizualizator Clustal X | Nu | Clustal W | NJ | Analiza calității alinierii | Nexus , MSF, Clustal , FASTA , PHYLIP | Proprietate , software gratuit pentru uz academic | Nu | Linie de comanda | Site oficial |
| Aplicație de aliniere cilindrică | Nu | Nu | Nu | 3D, animație, drilldown, selecție legendă | BLAST XML, XML proprietar, GFF3, Clustal W, INSDSet, extensibil de utilizator cu XSLT | Gratuit, CDDL 1. Disponibil pentru licențiere dublă. | ? | Cross-platform -Mac OS, Linux, Windows | Site oficial |
| Vizualizator BLAST cilindric | Nu | Nu | Nu | 3D, animație, drilldown, selecție legendă | BLAST XML, XML proprietar, GFF3, Clustal W, INSDSet, extensibil de utilizator cu XSLT | Gratuit, GPL | ? | ? | Site oficial |
| DESCIFRA | da | da | UPGMA, NJ , ML | Designul Primer-Probe, descoperirea chimerei | FASTA, FASTQ, GenBank | Gratuit, GPL | Nu | Mac OS, Windows | Site oficial |
| Studio Discovery | da | Align123, Clustal W, S-ALIGN | UPGMA, NJ , cu bootstrap și cel mai bun copac | Visualizer acceptă structura și secvența 2D și 3D; versiunea completă are funcționalitate cuprinzătoare pentru proteine, nucleotide și altele | BSML, EMBL, GB, HELM, Clustal , FASTA , GDE, PDB , SEQ, SPT, ... | Privat , comercial , Viewer este Freeware | ? | Linux, Windows | Site oficial |
| DnaSP | ? | ? | ? | Poate calcula mai multe statistici de genetică a populației, reconstrui haplotipuri cu FASE | FASTA , Nexus , MEGA, PHYLIP | Proprietate , comercial , freeware pentru utilizare necomercială | ? | Cross-platform -Mac OS, Linux, Windows | Site oficial |
| DNASTAR Lasergene Biologie Moleculara Suite | da | da | da | Aliniați ADN, ARN, proteine sau ADN + secvențe proteice printr-o varietate de algoritmi de aliniere a perechii și a altor secvențe multiple, generați arbori filogenetici pentru a prezice relațiile evolutive, explorați piste de secvență pentru a vizualiza conținutul GC, fracțiunea gap, logo-urile secvenței, traducerea | ABI, DNA Multi-Seq, FASTA , GCG Pileup, GenBank, Phred | Brevetate , comerciale licențe, academice disponibile | ? | Mac OS, Windows | Site oficial |
| emacs - biomod | ? | ? | ? | ? | ? | Gratuit, GPL | ? | ? | Site oficial |
| FLAK | Nu | Poate efectua alinierea neclară a întregului genom | Nu | Vizualizarea foarte rapidă, foarte personalizabilă este WYSIWYG cu opțiuni de filtrare și neclaritate | FASTA | Proprietate , comercială , gratuită pentru uz necomercial | ? | ? | Site oficial |
| Genedoc | Nu, dar poate citi-afișa adnotări | În perechi | Nu, dar poate citi-afișa adnotări | simulare gel, statistici, vizualizări multiple, simplu | mulți | Proprietate , freeware | ? | ? | Tabelul de caracteristici al site-ului oficial |
| Genios | Da - alimentat de instrumentele EMBOSS | Clustal , MUSCLE, MAUVE, profil, traducere | UPGMA, NJ , PhyML, plugin MrBayes, plugin PAUP * | Asamblarea întregului genom, analiza restricției, clonarea, proiectarea primerului, dotplot, multe altele | > 40 de formate de fișiere importate și exportate | Proprietate , comercială ; personal, plutitor | ? | Cross-platform - Mac, Windows, Linux | Site oficial |
| Browser integrat de genom (IGB) | Nu | Nu | Nu | Secvențe și caracteristici din fișiere, adrese URL și servere arbitrare DAS și QuickLoad | BAM, FASTA , PSL | Gratuit, CPL | ? | Cross-platform - Mac, Windows, Linux | Site oficial |
| Arborele interactiv al vieții (iTOL) | Nu | Nu | ? | Instrument filogenetic pentru vizualizarea arborelui - instrument de adnotare care poate vizualiza aliniamentele direct pe copac. Pe lângă aliniere pot fi afișate diverse alte tipuri de seturi de date. | FASTA | Utilizare proprietară , gratuită | da | Browser | Site oficial |
| IVisTMSA | Nu | Clustal Omega, ClustalW2, MAFFT, MUSCLE, BioJava sunt integrate pentru a construi alinierea | Instrumentul de calcul al arborelui calculează arborele filogenetic utilizând API-ul BioJava și permite utilizatorului să deseneze copaci folosind Archeopteryx | Software-ul este un pachet de 7 instrumente vizuale interactive pentru alinieri de secvențe multiple. Accentul major este manipularea alinierilor mari. Include MSApad, comparator MSA, instrument de reconstrucție MSA, generator FASTA și calculator matrice MSA ID | Clustal W, MSF, PHYLIP , PIR , GDE, Nexus | Proprietate , freeware | ? | ? | www.ivistmsa.com |
| Jalview | Predicția structurii secundare prin JNET | Clustal , MUSCLE, MAFFT, Probcons, TCoffee prin servicii web | UPGMA, NJ | Secvențe și caracteristici de pe serverele DAS arbitrare și înregistrate public , PFAM, PDB, EMBL, recuperarea accesului Uniprot. | FASTA , PFAM , MSF, Clustal , BLC , PIR , Stockholm | Gratuit, GPL | Applet | Cross-platform -Mac OS, Linux,
Windows |
Site oficial |
| Jevtrace | Integrat cu vizualizatorul de structuri WebMol | Nu | Nu | Un browser multivalent pentru alinierea secvenței, filogenie și structură. Efectuează o analiză interactivă a evoluției evolutive și a altor filogenii. | FASTA , MSF, Clustal , PHYLIP , Newick , PDB | Proprietate , comercial , freeware pentru utilizare academică | ? | Cross-platform -Mac OS, Linux,
Windows |
Manualul site-ului oficial |
| JSAV | Nu | Nu | Nu | O componentă JavaScript care permite integrarea unui vizualizator de aliniere în paginile web | O serie de obiecte JavaScript | Gratuit, GPL 2 | da | Browser | Site oficial |
| Lucid Align | Nu | Nu | Nu | Vizualizator nativ de aliniere a desktopului, utilizează gesturi trackpad / mouse. Permite transmiterea în flux a datelor de la distanță | BAM, FASTQ, FASTA | Proprietate , comercial , freeware pentru utilizare academică | Nu | Mac OS | Site oficial |
| Maestru | da | Clustal X | da | Cartografiere de la secvență la structură 3D, structură-secvență editare-modelare | Clustal , FASTA PDB | Proprietate , software gratuit pentru uz academic | ? | ? | Site oficial |
| MEGA | Nu | Nativ Clustal W | UPGMA, NJ , ME, MP, cu bootstrap și test de încredere | Suport extins pentru analiza filogenetică | FASTA, Clustal , Nexus, MEGA etc. | Proprietatea , freeware , trebuie să se înregistreze | ? | ? | Site oficial |
| Mediu de operare molecular (MOE) | da | da | da | O parte dintr-o colecție extinsă de aplicații pentru secvența de structurare, inclusiv modelarea omologică; Vizualizare 3D etc. | Clustal , FASTA , PDB , EMBL, GCG, GCG_MSF, Genbank, PHYLIP , PIR , raw_seq | Proprietate | ? | ? | Site oficial |
| MSAReveal.org | Nu | Nu | Nu | Colorare opțională. Atingând AA se afișează codul din 3 litere și numărul de ordine. Atingerea consensului arată frecvențele AA în acea coloană. Număruri și procente de aromatice, încărcate, lacune. | FASTA | Recunoaștere gratuită, Creative Commons necomercială , la fel | ? | ? | Site oficial |
| Multiseq ( plugin VMD ) | Nu, dar poate afișa și alinia structuri 3D | Clustal W, MAFFT, Stamp (Structural) | Identitate procentuală, Clustal , MAFFT, Structural | Scripting prin Tcl , mapare de la secvență la structura 3D | FASTA, PDB, ALN, PHYLIP , NEXUS | Proprietate , freeware , dar VMD este gratuit numai pentru uz necomercial | ? | ? | Site oficial |
| MView | Nu | Nu | Nu | Alinieri stivuite din suitele blast și fasta, diverse conversii în format MSA, markup HTML, modele de consens | Căutare BLAST, căutare FASTA , Clustal , HSSP, FASTA , PIR , MSF | Gratuit, GPL | Nu | Cross-platform - Mac OS, Linux, Windows | Site oficial |
| PFAAT | Nu, dar poate afișa structuri 3D | Clustal W | NJ | Adnotare manuală, scoruri de conservare | Nexus , MSF, Clustal , FASTA , PFAAT | Proprietate , freeware | ? | ? | Site oficial |
| Ralee (plugin emacs pentru editare ARN al.) | ? | Structura ARN | ? | ? | Stockholm | Gratuit, GPL | ? | ? | Site oficial |
| Editor S2S RNA | Structura 2D | Rnalign | Nu | Interacțiuni bază-bază, vizualizator 2D-3D | FASTA , RnaML | Proprietate , freeware | ? | ? | Site oficial |
| Vedere spre mare | Nu | local MUSCLE- Clustal W | Parsimonie, metode la distanță, PhyML | Dot-plot, chei de editare de tip vim | Nexus , MSF, Clustal , FASTA , PHYLIP , MASE | Proprietate , freeware | ? | ? | Site oficial |
| Seqotron | Nu | MUSCLE , MAFFT | UPGMA , NJ , ML (Physher) | Alinierea manuală, vizualizarea arborelui | Nexus , Clustal , FASTA , PHYLIP , MEGA , Stockholm , NBRF / PIR , GDE plat | Gratuit, GPL | ? | Mac OS X | Publicarea site-ului oficial |
| Sequilab | da | da | Nu | Conectați rezultatele alinierii la instrumentele de analiză (proiectare primer, mobilitate gel și hărți, Plasmapper, design siRNA predicție epitop), salvați jurnalele de cercetare, creați bare de instrumente personalizate | Numărul de acces, numărul GI, ID-ul PDB, FASTA , glisați-plasați de la adresa URL externă din interfața cu utilizatorul | Proprietate , freeware | ? | ? | Site oficial |
| SeqPup | Nu | ? | ? | ? | ? | Proprietate , freeware | ? | ? | Site oficial |
| Sequlator | Nu | Aliniere pereche | Nu | editare ușoară a alinierii | MSF | Proprietate , freeware | ? | ? | Site oficial |
| SnipViz | Nu | Nu | Nu (dar le poate afișa) | Javascript pur și HTML; adecvat pentru integrare în site-uri web | FASTA, newick | Gratuit, Apache 2.0 | da | Browsere | Site oficial ,publicație |
| Curea | Jnet, NNPREDICT, bobină spirală, 16 helice TM diferite | 15 metode diferite | NJ | Dot-plot, structură-vecini, 3D-suprapunere, Blast-căutare, mutație-SNP analiză, caracteristici de secvență, interfață BioJava | MSF, Stockholm , Clustal W, Nexus , FASTA , PDB , Embl, GenBank , hssp , Pfam | Gratuit, GPL | ? | ? | Site oficial |
| Comprimat | Nu | Nu | Nu | Vizualizator grafic de înaltă performanță pentru vizualizarea ansamblurilor și alinierilor de secvențe de generația următoare. | ACE , AFG, MAQ, SOAP2, SAM , BAM , FASTA , FASTQ , GFF3 | Gratuit, 2-clauză BSD | ? | ? | Site oficial |
| UGENE | da | MUSCLE , Kalign, Clustal W, ClustalO, ClustalX, MAFFT , T-Coffee , algoritm Smith-Waterman | da | Mulți | FASTA , FASTQ , GenBank , EMBL , ABIF, SCF, Clustal W, Stockholm , Newick, PDB , MSF, GFF | Gratuit, GPL | ? | ? | Site oficial |
| Vizualizator de structură de secvență VISSA | Structura secundară DSSP | Clustal X | Nu | Cartografierea de la secvență la structura 3D | Clustal , FASTA | Proprietate , freeware | ? | ? | Site oficial |
| DNApy | Nu | MUŞCHI | Nu | Editarea fișierelor GenBank, desenarea plasmidei, cromatograme ABI, | FASTA , FASTQ , GenBank | Gratuit, GPL 3 | ? | ? | Site oficial |
| Adnotator de aliniere | da | Prin secvență sau secvență și structură mixte | Include Archaeopteryx | Adnotări DAS și definite de utilizator. Scriptabil. Exportați în HTML, Word, Jalview . | Mulți | Gratuit, GPL | da | iOS, Android, MS-Mobile,
Browsere |
Site oficial |
