Contig
Przylegania (. Z angielskiego kontigu uous = sąsiedztwie, nieciągły) jest zestawem pokrywających DNA - lub białko -pieces ( odczytuje ), które pochodzą z tego samego źródła genetyczne. Taki kontig można wykorzystać do wyprowadzenia oryginalnej sekwencji DNA z tego źródła genetycznego (np. Sekwencji chromosomu ).
Karta kontigów przedstawia względną kolejność powiązanej biblioteki kontigów. B. reprezentują cały chromosom .
Podobnie określenie to m etagenome- ssembled g enome MAG .
Sekwencjonowanie
W sekwencjonowaniu DNA, a zwłaszcza w sekwencjonowaniu shotgun, sekwencję DNA lub sekwencjonowanie peptydów de novo sekwencję aminokwasów należy określić przez zestawienie różnych kontigów. W przypadku sekwencjonowania genomu genomowy DNA jest często fragmentowany podczas przygotowywania, a następnie fragmenty kopiowane. Poszczególne nici DNA mają wtedy różne, częściowo zachodzące na siebie sekwencje, które po zestawieniu tworzą kompletną sekwencję.
Kontig powstaje przy założeniu, że powiązane odczyty są poprawne. Jednak we wszystkich dotychczas stosowanych metodach sekwencjonowania występują słabe punkty, które są często znane i których wpływ producenci starają się minimalizować. Kontig może również składać się z pojedynczego odczytu, ale każdy nakładający się odczyt (najlepiej z różnych kierunków lub nawet przy użyciu innej metody sekwencjonowania) zwiększa prawdopodobieństwo, że można tu zobaczyć rzeczywistość.
Indywidualne dowody
- ↑ A. Guthals, KR Clauser, N. Bandeira: Sekwencjonowanie białek shotgun z montażem meta-kontig. W: Proteomika molekularna i komórkowa: MCP. Tom 11, numer 10, październik 2012, ISSN 1535-9484 , s. 1084-1096, doi : 10.1074 / mcp.M111.015768 , PMID 22798278 , PMC 3494147 (pełny tekst dowolny).
-
↑
Ibrahim F. Farag, Rui Zhao, Jennifer F. Biddle: „Sifarchaeota”, a Novel Asgard Phylum from Costa Rican Sediment Capable of Polisaccharide Degradation and Anaerobic Methylotrophy , w: ASM Appl Environ Microbiol 87: e02584-20, Epub 13 kwietnia 2021 , doi: 10.1128 / AEM.02584-20 , PMID 33608286 . Wydruk wstępny
: „Sifarchaeota” a nowatorski rodzaj Asgardu zdolny do degradacji polisacharydów i beztlenowej metylotrofii , na: CSH bioRxiv z 14 października 2020 r., Doi: 10.1101 / 2020.10.14.339440 , ResearchGate . - ^ Rodger Staden: Strategia sekwencjonowania DNA z wykorzystaniem programów komputerowych . W: Nucleic Acids Research . 7, 1979, s. 2601-2610. PMC 327874 (pełny tekst).
- ↑ SH Lin, YC Liao: CISA: integrator kontigów do składania sekwencji genomów bakterii. W: PloS one. Tom 8, nr 3, 2013, ISSN 1932-6203 , str E60843,. Doi : 10.1371 / journal.pone.0060843 , PMID 23556006 , PMC 3610655 (bez pełnego tekstu).
- ↑ Z. Frenkel, E. Paux, D. Mester, C. Feuillet, A. Korol: LTC: nowatorski algorytm poprawiający wydajność składania kontigów do fizycznego mapowania w złożonych genomach. W: BMC Bioinformatics. Tom 11, 2010, ISSN 1471-2105 , s. 584, doi : 10.1186 / 1471-2105-11-584 , PMID 21118513 , PMC 3098104 (pełny tekst dowolny).
