Contig
En kontig (. Fra engelsk contig uous = tilstødende, sammenhængende) er et sæt overlappende DNA - eller proteinstykker ( læser ), der stammer fra den samme genetiske kilde. En sådan contig kan bruges til at udlede den originale DNA-sekvens af denne genetiske kilde (fx sekvensen af et kromosom ).
Et contig-kort viser den relative rækkefølge for et relateret contig-bibliotek. B. repræsenterer et komplet kromosom .
Et lignende udtryk er m etagenom - en samlet g enom, MAG .
Sekventering
I DNA-sekventering og især i shotgun-sekventering skal DNA-sekvensen eller i de novo-peptidsekventering aminosyresekvensen bestemmes ved at linie de forskellige contigs. Til genom-sekventering fragmenteres det genomiske DNA ofte under forberedelse, og fragmenterne kopieres derefter. De enkelte DNA-tråde har derefter forskellige, delvist overlappende sekvenser, som, når de er opstillet, producerer den komplette sekvens.
En contig opstår under den antagelse, at de tilknyttede læsninger er korrekte. Der er dog svagheder i alle de hidtil anvendte sekvenseringsmetoder, som ofte er kendt, og hvis indflydelse producenterne prøver at minimere. En contig kan også bestå af en enkelt læsning, men hver overlappende læsning (ideelt set fra forskellige retninger eller endda ved en anden sekventeringsmetode) øger sandsynligheden for, at virkeligheden kan ses her.
Individuelle beviser
- ↑ A. Guthals, KR Clauser, N. Bandeira: Shotgun proteinsekventering med meta-contig montage. I: Molekylær og cellulær proteomik: MCP. Bind 11, nummer 10, oktober 2012, ISSN 1535-9484 , s. 1084-1096, doi : 10.1074 / mcp.M111.015768 , PMID 22798278 , PMC 3494147 (fri fuldtekst).
-
Rah
Ibrahim F. Farag, Rui Zhao, Jennifer F. Biddle: “Sifarchaeota,” en roman Asgard Phylum fra Costa Rican Sediment, der er i stand til nedbrydning af polysaccharid og anaerob methylotrofi , i: ASM Appl Environ Microbiol 87: e02584-20, Epub 13. april 2021 , doi: 10.1128 / AEM.02584-20 , PMID 33608286 . Fortryk
: “Sifarchaeota” en roman Asgard-phylum, der er i stand til nedbrydning af polysaccharid og anaerob methylotrofi , om: CSH bioRxiv af 14. oktober 2020, doi: 10.1101 / 2020.10.14.339440 , ResearchGate . - ^ Rodger Staden: En strategi for DNA-sekventering ved hjælp af computerprogrammer . I: Nucleic Acids Research . 7, 1979, s. 2601-2610. PMC 327874 (fri fuldtekst).
- ↑ SH Lin, YC Liao: CISA: contig-integrator til sekvenssamling af bakterielle genomer. I: PloS en. Bind 8, nummer 3, 2013, ISSN 1932-6203 , s. E60843, doi : 10.1371 / journal.pone.0060843 , PMID 23556006 , PMC 3610655 (fri fuldtekst).
- ↑ Z. Frenkel, E. Paux, D. Mester, C. Feuillet, A. Korol: LTC: en hidtil ukendt algoritme for at forbedre effektiviteten af contig konstruktion til fysisk kortlægning i komplekse genomer. I: BMC Bioinformatics. Bind 11, 2010, ISSN 1471-2105 , s. 584, doi : 10.1186 / 1471-2105-11-584 , PMID 21118513 , PMC 3098104 (fri fuldtekst).
