Contig
Un contig (. Del Inglés contig uous = adyacente, contiguo) es un conjunto de ADN - o proteínas - piezas ( lecturas ) superpuestas que se originan de la misma fuente genética. Dicho contig puede usarse para derivar la secuencia de ADN original de esta fuente genética (por ejemplo, la secuencia de un cromosoma ).
Una tarjeta de contig muestra el orden relativo de una biblioteca de contig relacionada. B. representan un cromosoma completo .
Un término similar es m etagenome- un ssembled g enome, MAG .
Secuenciación
En la secuenciación de ADN y especialmente en la secuenciación de escopeta , la secuencia de ADN o en la secuenciación de péptidos de novo la secuencia de aminoácidos debe determinarse alineando los diversos contigs. Para la secuenciación del genoma, el ADN genómico a menudo se fragmenta en la preparación y luego se copian los fragmentos. Las hebras individuales de ADN tienen diferentes secuencias parcialmente superpuestas que, cuando se alinean, producen la secuencia completa.
Un contig surge bajo el supuesto de que las lecturas asociadas son correctas. Sin embargo, existen debilidades en todos los métodos de secuenciación utilizados hasta ahora, que a menudo se conocen y cuya influencia los fabricantes tratan de minimizar. Un contig también puede consistir en una sola lectura, pero cada lectura superpuesta (idealmente desde diferentes direcciones o incluso mediante un método de secuencia diferente) aumenta la probabilidad de que la realidad pueda verse aquí.
Evidencia individual
- ↑ A. Guthals, KR Clauser, N. Bandeira: Secuenciación de proteínas Shotgun con ensamblaje meta-contig. En: Proteómica molecular y celular: MCP. Volumen 11, número 10, octubre de 2012, ISSN 1535-9484 , págs. 1084-1096, doi : 10.1074 / mcp.M111.015768 , PMID 22798278 , PMC 3494147 (texto completo libre).
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↑
Ibrahim F. Farag, Rui Zhao, Jennifer F. Biddle: "Sifarchaeota", un nuevo filo Asgard de sedimento costarricense capaz de degradación de polisacáridos y metilotrofia anaeróbica , en: ASM Appl Environ Microbiol 87: e02584-20, publicación electrónica 13 de abril de 2021 , doi: 10.1128 / AEM.02584-20 , PMID 33608286 .
Preimpresión: “Sifarchaeota”, un nuevo filo de Asgard capaz de degradación de polisacáridos y metilotrofia anaeróbica , en: CSH bioRxiv del 14 de octubre de 2020, doi: 10.1101 / 2020.10.14.339440 , ResearchGate . - ^ Rodger Staden: una estrategia de secuenciación de ADN que emplea programas informáticos . En: Investigación de ácidos nucleicos . 7, 1979, págs. 2601-2610. PMC 327874 (texto completo gratuito).
- ↑ SH Lin, YC Liao: CISA: integrador de contig para el ensamblaje de secuencias de genomas bacterianos. En: PloS one. Volumen 8, número 3, 2013, ISSN 1932-6203 , p. E60843, doi : 10.1371 / journal.pone.0060843 , PMID 23556006 , PMC 3610655 (texto completo libre).
- ↑ Z. Frenkel, E. Paux, D. Mester, C. Feuillet, A. Korol: LTC: un algoritmo novedoso para mejorar la eficiencia del ensamblaje de contig para el mapeo físico en genomas complejos. En: BMC Bioinformatics. Volumen 11, 2010, ISSN 1471-2105 , p. 584, doi : 10.1186 / 1471-2105-11-584 , PMID 21118513 , PMC 3098104 (texto completo libre).
