Biologisk database - Biological database

Image
Hjemmeside for en biologisk database kaldet STRING, der karakteriserer funktionelle forbindelser mellem proteiner.

Biologiske databaser er biblioteker inden for biologiske videnskaber, indsamlet fra videnskabelige eksperimenter, offentliggjort litteratur, eksperimentsteknologi med høj kapacitet og beregningsanalyse. De indeholder information fra forskningsområder, herunder genomik , proteomik , metabolomik , mikroarray -genekspression og fylogenetik . Information indeholdt i biologiske databaser inkluderer genfunktion, struktur, lokalisering (både cellulær og kromosomal), kliniske effekter af mutationer såvel som ligheder mellem biologiske sekvenser og strukturer.

Biologiske databaser kan bredt klassificeres i sekvens-, struktur- og funktionelle databaser. Nukleinsyre- og proteinsekvenser lagres i sekvensdatabaser og strukturdatabaser lagrer løste strukturer af RNA og proteiner. Funktionelle databaser giver information om genprodukters fysiologiske rolle, for eksempel enzymaktiviteter, mutante fænotyper eller biologiske veje. Modelorganismedatabaser er funktionelle databaser, der leverer artsspecifikke data. Databaser er vigtige redskaber i at hjælpe forskere til at analysere og forklare en række biologiske fænomener fra strukturen af biomolekyler og deres interaktion, til hele stofskifte af organismer og til at forstå udviklingen af arter . Denne viden hjælper med at lette kampen mod sygdomme, hjælper med at udvikle medicin , forudsiger visse genetiske sygdomme og til at opdage grundlæggende sammenhænge mellem arter i livets historie .

Biologisk viden er fordelt på mange forskellige generelle og specialiserede databaser. Dette gør det undertiden vanskeligt at sikre konsistensen af ​​information. Integrativ bioinformatik er et felt, der forsøger at tackle dette problem ved at give samlet adgang. En løsning er, hvordan biologiske databaser krydsrefererer til andre databaser med tiltrædelsesnumre for at forbinde deres relaterede viden sammen.

Relationelle databasekoncepter inden for datalogi og informationsindhentningskoncepter i digitale biblioteker er vigtige for at forstå biologiske databaser. Biologisk databasedesign, udvikling og langsigtet styring er et kerneområde inden for bioinformatik . Dataindholdet inkluderer gensekvenser, tekstbeskrivelser, attributter og ontologiklassifikationer , citater og tabeldata. Disse beskrives ofte som semistrukturerede data og kan repræsenteres som tabeller, nøgleafgrænsede poster og XML-strukturer.

Database om nukleinsyrer

En vigtig ressource til at finde biologiske databaser er et særligt årligt nummer af tidsskriftet Nucleic Acids Research (NAR). Databaseudgaven af ​​NAR er frit tilgængelig og kategoriserer mange af de offentligt tilgængelige online-databaser relateret til biologi og bioinformatik . En ledsagerdatabase til udgaven kaldet Online Molecular Biology Database Collection viser 1.380 online databaser. Der findes andre databasesamlinger, såsom MetaBase og Bioinformatics Links Collection.

Adgang

De fleste biologiske databaser er tilgængelige via websteder, der organiserer data, så brugerne kan gennemse dataene online. Derudover er de underliggende data normalt tilgængelige til download i en række forskellige formater. Biologiske data findes i mange formater. Disse formater inkluderer tekst, sekvensdata, proteinstruktur og links. Hver af disse kan findes fra bestemte kilder, for eksempel:

  • Tekstformater leveres af PubMed og OMIM .
  • Sekvensdata leveres af GenBank med hensyn til DNA og UniProt med hensyn til protein.
  • Proteinstrukturer leveres af PDB , SCOP og CATH .

Artspecifikke databaser

Artspecifikke databaser er tilgængelige for nogle arter, hovedsageligt dem, der ofte bruges i forskning ( modelorganismer ). For eksempel er EcoCyc en E. coli- database. Andre populære model organisme databaser omfatter musegenomet Informatics for laboratoriemus , Mus musculus , den Rat Genome Database for Rattus , ZFIN for Danio rerio (zebrafisk), PomBase for fission gær Schizosaccharomyces pombe , FlyBase for Drosophila , WormBase for nematoderne Caenorhabditis elegans og Caenorhabditis briggsae og Xenbase for Xenopus tropicalis og Xenopus laevis frøer.

Se også

Referencer

eksterne links