PomBase - PomBase
 | |
|---|---|
| Indhold | |
| Beskrivelse | Den videnskabelige ressource for Schizosaccharomyces pombe |
| Datatyper fanget |
Molekylær funktion, biologisk proces, cellulær komponent, fænotype, genotype, allel, proteinmodifikation, genekspression, proteinekspression, nukleotidsekvens, RNA -sekvens, proteinsekvens, Genomics, Human Ortologer, Saccharomyces cerevisiae Ortlogs, komplementation, sygdomsforeninger, proteingenskaber, Fysiske interaktioner, genetiske interaktioner |
| Organismer | Schizosaccharomyces pombe |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | University of Cambridge og University College London |
| Forfattere | Antonia Lock, Midori A Harris, Kim Rutherford, Jürg Bähler , Steve Oliver , Valerie Wood |
| Primær henvisning | Lock, et al (2018) |
| Udgivelses dato | 2011 |
| Adgang | |
| Internet side | PomBase.org |
| Download URL | Downloads |
| Web service URL | Genom browser |
| Diverse | |
| Licens | Public domain |
| Kurationspolitik | Professionelt og fællesskabskurateret |
| Bogmærkbare enheder |
Ja |
PomBase er en modelorganismedatabase, der giver online adgang til fissions gær Schizosaccharomyces pombe genom- sekvens og kommenterede funktioner, sammen med en bred vifte af manuelt kuraterede funktionelle genspecifikke data. PomBase-webstedet blev genudviklet i 2016 for at give brugerne en mere fuldt integreret og bedre ydelse (beskrevet i).
Datakurering og kvalitetskontrol
PomBase -medarbejdere kuraterer manuelt en lang række datatyper ved hjælp af både primær litteratur og bioinformatik -kilder, og talrige mekanismer bruges til at sikre både syntaktisk og biologisk indholdsgyldighed.
Typer af kuraterede data omfatter:
- Genomsekvens og funktioner (f.eks. Fysisk placering af gener i genomet)
- Protein- og ncRNA -funktioner, de cellulære processer, de deltager i, og hvor de lokaliseres
- Fænotyper forbundet med forskellige alleler og genotyper
- Specifikke proteinmodifikationssteder, og når de forekommer
- Menneskelige og spirende gærortologer af S. pombe -gener (manuelt kurateret datasæt)
- Metadata for datasæt indlæst i genombrowseren
- Sygdomsforeninger, når den menneskelige ortolog vides at forårsage sygdom
- Data om, hvornår specifikke gener udtrykkes
- Komplementeringsdata for, hvor der er funktionel komplementering mellem et fissions gærgen og et gen fra en anden organisme
- Underenhedssammensætning af komplekser
Dataorganisation
Genanmærkning kan ses enten på et genspecifikt niveau (på gensiderne) eller på et udtryksspecifikt niveau (på ontologisidssiderne). Dette gør det muligt at enten:
- Se alle annotationer, der er oprettet for et gen, for eksempel pat1
- Se alle gener annoteret et udtryk, for eksempel cytokinesis
- Se alle kommentarer, der er oprettet ud fra en specifik reference, f.eks. Chica et al. 2016
Genom-datasæt (inklusive proteinsæt, alle annotationer, manuelt kuraterede ortologlister osv.) Kan tilgås fra datasættets side. Datasæt, der er egnede til visning i en genombrowser, og som er indlæst, kan tilgås via PomBase JBrowse -forekomsten .
PomBase bruger flere biologiske ontologier til at fange genspecifikke oplysninger, herunder:
- Gene Ontology (GO) - bruges til at beskrive de enzymatiske funktioner, biologiske roller og cellulære placeringer af genprodukter
- Fission Yeast Phenotype Ontology (FYPO), bruges til at forbinde fænotyper med alleler af gener i sammenligning med fænotypen af referencestammen
- Sequence Ontology - bruges til at beskrive DNA- eller proteinegenskaber
- Proteinændringer - ved hjælp af PSI -MOD
Genkarakteriseringsstatus
The GO slanke side giver et overblik over den "biologiske rolle" af alle "kendte" fission gærgener - disse er proteiner, som enten er eksperimentelt kendetegnet ved fission gær, eller i en anden art og overført af orthology.
Bemærkelsesværdigt nok er næsten 20% af eukaryote proteomer, fra gær til mennesker, ukarakteriserede med hensyn til de veje og processer, som disse proteiner deltager i, hvilket gør det til et af de store uløste problemer inden for biologi . Den rolle, som disse proteiner spiller i biologien, er endnu ikke blevet opdaget hos nogen art. For at hjælpe med at undersøge disse ukendte proteiner opbevarer PomBase en opgørelse over ikke -karakteriserede fission gærproteiner . Listen over prioriterede ikke -studerede gener repræsenterer delsættet af ukarakteriserede fission gærgener, der bevares for mennesker, hvilket gør det til et særligt højt prioriteret forskningsmål.
Fællesskabssamarbejde
For at supplere arbejdet i det lille team af professionelle PomBase -kuratorer bidrager fissionsgærforskere med annotationer direkte til PomBase via en innovativ community curation -ordning, hvortil der er udviklet et online kurateringsværktøj, Canto. Fællesskabskuratering gennemgås af PomBase-personale, og dette resulterer i meget præcise, effektivt ko-kuraterede annotationer.
PomBase opretholder en annotationsstatistikside .
Opdateringer af vidensbase
- Nyheder opdaterer på PomBase hjemmeside
- Indlæg til forskerfællesskabets mailingliste
- NAR ([Nucleic Acids Research]) databaseopdateringer
- Tweets ( @PomBase )
- Facebook gruppe
- Linkedin gruppe
Dokumentation
Pombase giver både dokumentation og en FAQ .
Anvendelse af PomBase som forskningsværktøj undersøges i kapitlet "Eukaryotic Genomic Databases" (Methods and Protocols). Udviklinger og opdateringer er beskrevet i NAR Database Issue papers.
For a detailed overview of using S. pombe as a model organism see the genetics primer
