APAF1 - APAF1

APAF1
Tillgängliga strukturer
PDB	Ortologisökning: PDBe RCSB
Lista över PDB -ID -koder
	1C15 , 1CWW , 1CY5 , 1Z6T , 2P1H , 2YGS , 3J2T , 3YGS , 4RHW , 3JBT
Identifierare
Alias	APAF1 , APAF-1, CED4, apoptotisk peptidasaktiverande faktor 1
Externa ID: n	OMIM : 602233 MGI : 1306796 HomoloGene : 7626 GenKort : APAF1
Genläge ( mänskligt )
Chr.	Kromosom 12 (människa)
Slutet	98 735 433 bp
Genläge ( mus )
Chr.	Kromosom 10 (mus)
Slutet	91 082 770 bp
RNA -uttrycksmönster
	; ; ; ;
	Mer referensuttrycksdata
Genontologi
Molekylär funktion	• värmechockproteinbindning ; • ADP-bindning ; • GO: 0001948 proteinbindning ; • identisk proteinbindning ; • ATP-bindning ; • nukleotidbindning ; • endopeptidasaktivatoraktivitet av cystein-typ involverad i apoptotisk process;
Cellulär komponent	• cytoplasma ; • cytosol ; • extracellulär exosom ; • kärna ; • apoptosom ; • extracellulär region ; • sekretorisk granullumen ; • ficolin-1-rik granullumen ; • proteininnehållande komplex;
Biologisk process	• cellulärt svar på transformerande tillväxtfaktor beta -stimulans ; • neuronapoptotisk process ; • reglering av apoptotisk process ; • celldifferentiering ; • svar på hypoxi ; • svar på näringsämne ; • svar på G1 DNA -skada kontrollpunktsignalering ; • åldrande ; • positiv reglering av apoptotisk signalväg ; • glialcells apoptotiska process ; • utveckling nervsystemet ; • multicellulär organism utveckling ; • hjärtmuskelcell apoptotiska processen ; • intrinsic apoptotisk signalväg ; • intrinsic apoptotisk signalväg som svar på endoplasmatiskt retikulum påkänning ; • neuralröret stängning ; • hjärnans utveckling ; • positiv reglering av apoptotiska processen ; • apoptotisk signalväg ; • framhjärnan utveckling ; • reglering av apoptotisk DNA-fragmentering ; • proteinhomooligomerisering ; • aktivering av cystein-typ endopeptidasaktivitet involverad i apoptotisk process ; • aktivering av cystein-typ endopeptidasaktivitet involverad i apoptotisk process av cytokrom c ; • apoptotisk process ; • neutrofil degranul ation ; • negativ reglering av G0 till G1 övergång ; • njure utveckling;
	Källor: Amigo / QuickGO
Ortologer
	317
	11783
	ENSG00000120868
	ENSMUSG00000019979
	O14727
	O88879
	NM_001160 ; NM_013229 ; NM_181861 ; NM_181868 ; NM_181869
	NM_001042558 ; NM_001282947 ; NM_009684
	NP_001151 ; NP_037361 ; NP_863651 ; NP_863658 ; NP_863659
	NP_001036023 ; NP_001269876 ; NP_033814
	Wikidata
Visa/redigera människa	Visa/redigera mus

Apoptotisk proteasaktiverande faktor 1 , även känd som APAF1 , är en human homolog av C. elegans CED-4-genen.

Fungera

Denna gen kodar för ett cytoplasmatiskt protein som bildar ett av de centrala naven i apoptosregleringsnätverket . Detta protein innehåller (från N-terminalen) en caspase-rekryteringsdomän ( CARD ), en ATPase- domän (NB-ARC), några korta spiralformade domäner och sedan flera kopior av WD40-repetitionsdomänen . Vid bindning av cytokrom c och dATP bildar detta protein en oligomer apoptosom . Apoptosomen binder och klyver Procaspase-9- protein och släpper ut sin mogna, aktiverade form. Den exakta mekanismen för denna reaktion diskuteras fortfarande, även om arbete publicerat av Guy Salvesen tyder på att apoptosomen kan framkalla caspase-9 dimerisering och efterföljande autokatalys . Aktiverat caspase-9 stimulerar den efterföljande caspas-kaskaden som förbinder cellen till apoptos.

Alternativ splitsning resulterar i flera transkriptvarianter som kodar olika isoformer.

Strukturera

APAF1 innehåller en CARD-domän med ett grekiskt nyckelmotiv bestående av sex spiraler, en Rossman-viknukleotidbindande domän, ett kort spiralmotiv och en vingad helixdomän.

Interaktioner

APAF1 har visat sig interagera med:

Referenser

externa länkar

Plats för mänsklig APAF1 -genom och APAF1 -geninformation i UCSC -genomsökaren .
Översikt över all strukturinformation som finns tillgänglig i PDB för UniProt : O14727 ( apoptotisk proteasaktiverande faktor 1) vid PDBe-KB .

Vidare läsning

Smith TF, Gaitatzes C, Saxena K, Neer EJ (maj 1999). "WD repeat: en gemensam arkitektur för olika funktioner". Trender inom biokemiska vetenskaper . 24 (5): 181–5. doi : 10.1016/S0968-0004 (99) 01384-5 . PMID 10322433 .
van Oirschot JT (aug 1999). "Diva -vacciner som minskar virusöverföring". Journal of Biotechnology . 73 (2–3): 195–205. doi : 10.1016/S0168-1656 (99) 00121-2 . PMID 10486928 .
Nakajima D, Okazaki N, Yamakawa H, Kikuno R, Ohara O, Nagase T (juni 2002). "Konstruktion av expressionsklara cDNA-kloner för KIAA-gener: manuell härdning av 330 KIAA-cDNA-kloner". DNA -forskning . 9 (3): 99–106. CiteSeerX 10.1.1.500.923 . doi : 10.1093/dnares/9.3.99 . PMID 12168954 .
Campioni M, Santini D, Tonini G, Murace R, Dragonetti E, Spugnini EP, Baldi A (nov 2005). "Apaf-1: s roll, en nyckelregulator för apoptos, vid progression och kemoresistens av melanom". Experimentell dermatologi . 14 (11): 811–8. doi : 10.1111/j.1600-0625.2005.00360.x . PMID 16232302 . S2CID 45588573 .
Zou H, Henzel WJ, Liu X, Lutschg A, Wang X (aug 1997). "Apaf-1, ett humant protein som är homologt med C. elegans CED-4, deltar i cytokrom c-beroende aktivering av caspas-3" . Cell . 90 (3): 405–13. doi : 10.1016/S0092-8674 (00) 80501-2 . PMID 9267021 . S2CID 18105320 .
Li P, Nijhawan D, Budihardjo I, Srinivasula SM, Ahmad M, Alnemri ES, Wang X (nov 1997). "Cytokrom c och dATP-beroende bildning av Apaf-1/caspase-9-komplex initierar en apoptotisk proteaskaskad" . Cell . 91 (4): 479–89. doi : 10.1016/S0092-8674 (00) 80434-1 . PMID 9390557 . S2CID 14321446 .
Ishikawa K, Nagase T, Nakajima D, Seki N, Ohira M, Miyajima N, Tanaka A, Kotani H, Nomura N, Ohara O (okt 1997). "Förutsägelse av de kodande sekvenserna för oidentifierade mänskliga gener. VIII. 78 nya cDNA -kloner från hjärnan som kodar för stora proteiner in vitro" . DNA -forskning . 4 (5): 307–13. doi : 10.1093/dnares/4.5.307 . PMID 9455477 .
Pan G, O'Rourke K, Dixit VM (mar 1998). "Caspase-9, Bcl-XL och Apaf-1 bildar ett ternärt komplex" . Journal of Biological Chemistry . 273 (10): 5841–5. doi : 10.1074/jbc.273.10.5841 . PMID 9488720 .
Hu Y, Benedict MA, Wu D, Inohara N, Núñez G (apr 1998). "Bcl-XL interagerar med Apaf-1 och hämmar Apaf-1-beroende caspase-9-aktivering" . Förfaranden vid National Academy of Sciences i USA . 95 (8): 4386–91. doi : 10.1073/pnas.95.8.4386 . PMC 22498 . PMID 9539746 .
Srinivasula SM, Ahmad M, Fernandes-Alnemri T, Alnemri ES (juni 1998). "Autoaktivering av procaspase-9 genom Apaf-1-medierad oligomerisering" . Molekylär cell . 1 (7): 949–57. doi : 10.1016/S1097-2765 (00) 80095-7 . PMID 9651578 .
Cecconi F, Alvarez-Bolado G, Meyer BI, Roth KA, Gruss P (sep 1998). "Apaf1 (CED-4-homolog) reglerar programmerad celldöd vid utveckling av däggdjur" . Cell . 94 (6): 727–37. doi : 10.1016/S0092-8674 (00) 81732-8 . PMID 9753320 .
Inohara N, Gourley TS, Carrio R, Muñiz M, Merino J, Garcia I, Koseki T, Hu Y, Chen S, Núñez G (dec 1998). "Diva, en Bcl-2-homolog som binder direkt till Apaf-1 och inducerar BH3-oberoende celldöd" . Journal of Biological Chemistry . 273 (49): 32479–86. doi : 10.1074/jbc.273.49.32479 . PMID 9829980 .
Hu Y, Ding L, Spencer DM, Núñez G (dec 1998). "WD-40 upprepningsregion reglerar Apaf-1 självassociering och procaspase-9 aktivering" . Journal of Biological Chemistry . 273 (50): 33489–94. doi : 10.1074/jbc.273.50.33489 . PMID 9837928 .
Song Q, Kuang Y, Dixit VM, Vincenz C (jan 1999). "Boo, en ny negativ regulator av celldöd, interagerar med Apaf-1" . EMBO Journal . 18 (1): 167–78. doi : 10.1093/emboj/18.1.167 . PMC 1171112 . PMID 9878060 .
Slee EA, Harte MT, Kluck RM, Wolf BB, Casiano CA, Newmeyer DD, Wang HG, Reed JC, Nicholson DW, Alnemri ES, Green DR, Martin SJ (jan 1999). "Beställa den cytokrom c -initierade caspas -kaskaden: hierarkisk aktivering av caspases -2, -3, -6, -7, -8 och -10 på ett caspase -9 -beroende sätt" . Journal of Cell Biology . 144 (2): 281–92. doi : 10.1083/jcb.144.2.281 . PMC 2132895 . PMID 9922454 .
Zou H, Li Y, Liu X, Wang X (apr 1999). "Ett APAF-1.cytokrom c multimeriskt komplex är en funktionell apoptosom som aktiverar procaspase-9" . Journal of Biological Chemistry . 274 (17): 11549–56. doi : 10.1074/jbc.274.17.11549 . PMID 10206961 .
Saleh A, Srinivasula SM, Acharya S, Fishel R, Alnemri ES (juni 1999). "Cytokrom c och dATP-medierad oligomerisering av Apaf-1 är en förutsättning för aktivering av procaspase-9" . Journal of Biological Chemistry . 274 (25): 17941–5. doi : 10.1074/jbc.274.25.17941 . PMID 10364241 .
Qin H, Srinivasula SM, Wu G, Fernandes-Alnemri T, Alnemri ES, Shi Y (juni 1999). "Strukturell grund för procaspase-9-rekrytering av den apoptotiska proteasaktiverande faktorn 1". Natur . 399 (6736): 549–57. doi : 10.1038/21124 . PMID 10376594 . S2CID 4403525 .
Drosopoulos NE, Walsh FS, Doherty P (juni 1999). "En löslig version av det receptorliknande proteinet tyrosinfosfatas kappa stimulerar neuritutväxt via en Grb2/MEK1-beroende signalkaskad". Molekylär och cellulär neurovetenskap . 13 (6): 441–9. doi : 10.1006/mcne.1999.0758 . PMID 10383829 . S2CID 35458154 .

Languages

In other projects