close

Pliabil @ acasă

Salt la navigare Salt la căutare
Software de pliere @ acasă
Siglă
Exemplu de captură de ecran
GenCalcul distribuit
DezvoltatorLaboratorul Pande, Sony, Nvidia, ATI, Cauldron Development LLC
Data primei versiuni1 octombrie 2000
Ultima versiune7.5.1 (1 iunie 2018)
Sistem de operareMicrosoft Windows
macOS
Linux
LicențăParțial GPL , parțial proprietar [1]
( licență non-free )
Site-ul webfoldingathome.org/

Folding @ home (uneori abreviat ca FAH sau F @ h ) este un proiect care utilizează calcularea distribuită pentru a simula și studia diferite fenomene, cum ar fi plierea proteinelor , proiectarea medicamentelor și alte tipuri de dinamică moleculară . Proiectul folosește puterea de calcul nefolosită a miilor de PC-uri deținute de voluntari, care au decis să instaleze și să ruleze software special pe computerul lor. Scopul său principal este de a determina mecanismele de pliere a proteinelor, care este procesul prin care proteinele ajung la structura lor tridimensională finală și de a examina cauzele care duc la plierea incorectă a acestora.

Acest din urmă fenomen prezintă un interes considerabil în cercetarea medicală, deoarece are implicații directe pentru multe boli precum boala Alzheimer, boala Huntington și multe forme de cancer , precum și alte boli. Într-o măsură mai mică Folding @ home încearcă și să prezică structura finală a unei proteine ​​și să determine modul în care alte molecule interacționează cu aceasta, activitate foarte utilă pentru cercetarea farmacologică. Folding @ home este dezvoltat și gestionat de laboratorul Pande de la Universitatea Stanford , sub conducerea profesorului Vijay Pande , și este împărtășit de diverse instituții științifice și laboratoare de cercetare din întreaga lume. [2]

Proiectul a fost pionier în utilizarea plăcilor video și a consolelor de jocuri în calcularea distribuită , mai precis PlayStation 3 . Metodologia de simulare utilizată, bazată pe statistici, reprezintă o schimbare de paradigmă în comparație cu abordările computaționale tradiționale. [3] Software-ul care rulează pe computerele voluntarilor se conectează la un server de proiect , primește un mic fragment ( unitatea de lucru ) dintr-o simulare completă, efectuează calculele necesare pe acel fragment și returnează rezultatul la server, unde sunt unitățile de lucru. asamblate în simularea completă.

Voluntarii își pot urmări contribuțiile pe site-ul Folding @ home sub forma unui scor bazat pe munca totală depusă, ceea ce face participarea voluntarilor competitivă și încurajează angajamentul pe termen lung.

Folding @ home este unul dintre cele mai rapide sisteme de calcul din lume, cu o viteză de peste 100 de petaFLOPS , [4] sau mai puternică decât toate proiectele care rulează pe platforma de calcul distribuită BOINC reunite (în special datorită utilizării gpu ) . Proiectul a fost, de asemenea, cel mai puternic simulator de dinamică moleculară din lume până la jumătatea anului 2011. Aceste caracteristici au făcut posibilă realizarea de simulări mult mai complexe și mai lungi decât s-au realizat anterior cu structurile computerizate tradiționale. De la lansarea sa pe 1 octombrie 2000 , laboratorul Pande a produs 109 articole de cercetare științifică bazate pe afacerea Folding @ home. [5] Testele experimentale efectuate ulterior sunt de acord cu rezultatele simulărilor. [6] [7] [8]

Sensul proiectului

Image
O proteină înainte și după pliere. Pornește dintr-o stare instabilă a filamentului și ajunge în conformația sa nativă.

Proteinele sunt o componentă esențială pentru multe funcții biologice și iau parte la aproape toate procesele metabolice din celule . Ele acționează adesea ca enzime , efectuând reacții biochimice, inclusiv semnalizare celulară , transport molecular și reglare celulară . Ele pot servi ca elemente structurale constituind un fel de schelet pentru celule . Alte proteine ​​participă la sistemul imunitar , acționând ca anticorpi . Înainte ca o proteină să poată asuma aceste roluri, lanțul lung de aminoacizi din care este alcătuită trebuie să se plieze într -o structură tridimensională adecvată scopului, un proces care are loc adesea spontan și depinde de interacțiunile din secvența de aminoacizi cu mediul înconjurător. mediu inconjurator. Prin urmare, înțelegerea plierii proteinelor este esențială pentru înțelegerea completă a modului în care funcționează o proteină și este considerată un „Sfântul Graal” al biologiei computaționale. [9] [10]

Deși plierea are loc într-un mediu celular aglomerat, de obicei se desfășoară fără probleme. Cu toate acestea, din cauza proprietăților chimice ale unei proteine ​​sau ale altor factori, poate apărea plierea incorectă - adică proteinele pot urma o cale alternativă de pliere și ajung să se deformeze. Cu excepția cazului în care mecanismele celulare sunt capabile să distrugă sau să replieze aceste proteine, ele se pot agrega ulterior și pot provoca o serie de boli debilitante. [11] Experimentele de laborator care studiază aceste procese sunt de ajutor limitat în înțelegerea mecanicii fenomenului. Drept urmare, oamenii de știință folosesc modele numerice bazate pe fizică care, prin integrarea experimentelor, încearcă să ofere o imagine mai completă a mecanicii plierii și agregării proteinelor. [12] [13]

Datorită complexității proteinelor, spațiul de configurare , adică setul de forme posibile pe care le poate lua o proteină, este enorm de vast. Fără o putere de calcul adecvată, simulările de dinamică moleculară la nivel atomic au fost mult timp limitate în ceea ce privește timpul total analizat: în timp ce majoritatea proteinelor se pliază de obicei de ordinul milisecundelor [12] [14] , înainte de 2010, simulările puteau atinge doar timpi pe de ordinul nanosecundelor și microsecundelor. [6] Supercalculatoarele au fost folosite în mai multe analize , dar astfel de sisteme sunt în mod inerent costisitoare și, de obicei, împărtășite între multe grupuri de cercetare. În plus, deoarece dinamica analizată este dificil de paralelizat , scalabilitatea simulărilor moleculare tradiționale pe aceste arhitecturi este dificilă. [15] [16] O altă dificultate în analiza numerică este faptul că plierea proteinei este un proces stocastic , adică nu foarte stabil în timp, este dificil din punct de vedere computațional să se utilizeze simulări lungi pentru o vedere globală a procesului de pliere. [17] [18]

Image
Folding @ home folosește modele de stare Markov , cum ar fi cel schematizat aici, pentru a modela posibilele forme de pliere și căi pe care le poate urma o proteină în timpul transformării din starea filamentoasă (stânga) în structura sa finală de conglomerat în trei dimensiuni ( La dreapta ).

Plierea proteinelor nu are loc într-un singur pas. [11] În schimb, proteinele își petrec cea mai mare parte a timpului, până la aproape 96% în unele cazuri [19] , „așteaptă” în diferite stări conformaționale intermediare , fiecare cu propria sa energie termodinamică liberă minimă în raport cu energia totală a proteinei. . Printr-un proces cunoscut sub numele de eșantionare adaptivă , aceste conformații sunt folosite de Folding @ home ca puncte de plecare pentru un set de traiectorii de simulat. Pe măsură ce simulările descoperă conformații multiple, traiectoriile sunt repornite de la acestea și un model de stat Markov (MSM) este creat progresiv prin acest proces ciclic. MSM-urile sunt modele discrete de ecuații brute care descriu conformația și energia unei biomolecule ca un set de structuri distincte și tranziții scurte între ele. Abordarea modelului de stare Markov la eșantionarea adaptivă crește semnificativ eficiența simulării, deoarece evită calcularea energiei interne locale minime și favorizează calculul (și cu GPUGrid ) deoarece permite agregarea, într-un mod statistic. sens, de scurte traiectorii simulate independent. [20] Timpul necesar pentru a construi un model Markov este invers proporțional cu numărul de simulări paralele care trebuie efectuate, adică în primul rând cu numărul de procesoare disponibile. Cu alte cuvinte, se obține o paralelizare liniară , ceea ce duce la o reducere de aproximativ patru ordine de mărime a timpului total de calcul în comparație cu o abordare tradițională de calcul serializat. Un MSM complet poate conține zeci de mii de stări exemplu din spațiul de fază al proteinei, adică, după cum sa menționat, toate conformațiile pe care proteina le poate asuma și tranzițiile dintre acele stări. Modelul ilustrează evenimentele de pliere și căile acestora, iar cercetătorii pot folosi apoi gruparea cinetică pentru a vizualiza o reprezentare grosieră a modelului, altfel foarte detaliat. . Ei pot folosi aceste MSM-uri pentru a înțelege cum proteinele nu reușesc să se plieze și să verifice experimental predicțiile obținute prin astfel de simulări. [3] [17] [21]

Între 2000 și 2010, lungimea proteinelor studiate de Folding @ home a crescut de patru ori, în timp ce timpii simulați de pliere a proteinelor au crescut cu șase ordine de mărime. [22] În 2002, Folding @ home a folosit modele de stare Markov pentru un timp total de contabilitate de aproximativ un milion de zile de simulări CPU pe parcursul a câteva luni, [8] iar în 2011, MSM a paralelizat o altă simulare care a necesitat un total de 10 milioane de zile. ore de calcul cu CPU. [23] În ianuarie 2010, Folding @ home a folosit un MSM pentru a simula dinamica plierii lente cu 32 de reziduuri a proteinei NTL9 timp de 1,52 milisecunde, un interval de timp în conformitate cu predicțiile experimentale, dar de o mie de ori mai lung decât era calculat anterior. Modelul a constat din multe traiectorii individuale și a oferit un nivel de detaliu fără precedent în peisajul energetic al proteinei. [3] [6]

Mulțumiri

În 2010, cercetătorul Folding @ home Gregory Bowman a primit premiul Thomas Kuhn Paradigma de la Societatea Americană de Chimie pentru dezvoltarea software-ului open-source MSMBuilder și pentru obținerea unui acord cantitativ între teorie și experimentare. [24] [25]

Pentru munca sa, Pande a primit în 2012 Premiul Michael și Kate Bárány pentru Tineri Investigatori pentru „dezvoltarea metodelor de calcul pentru definirea dimensiunii și modificărilor pentru a produce modele teoretice importante pentru plierea proteinelor și proteinelor. ARN” [26] , precum și Irving din 2006. Premiul Sigal Young Investigator pentru rezultatele sale de simulare care „a determinat o reexaminare a semnificației atât a metodelor de măsurare cu o singură moleculă, cât și a unei molecule întregi, rezultând în eforturile Dr. Pande sunt pionierii contribuțiilor la metodologia de simulare”. [27]

Cercetare biomedicală

Plierea incorectă a proteinelor poate provoca o varietate de boli, cum ar fi boala Alzheimer , cancerul , boala Creutzfeldt-Jakob , fibroza chistică , boala Huntington, drepanocitoarea și diabetul de tip II . [11] [28] [29] Infecția celulară cu virusuri precum HIV și gripa implică, de asemenea, plierea pe membranele celulare . [30] Pe măsură ce proteinele deformate sunt mai bine înțelese, pot fi dezvoltate terapii care cresc capacitatea naturală a celulelor de a regla plierea proteinelor. Astfel de terapii includ utilizarea de molecule concepute pentru a modifica producția unei anumite proteine, pentru a ajuta la distrugerea unei proteine ​​deformate sau pentru a ajuta la procesul de pliere. [31] Combinația dintre modelarea moleculară computațională și analiza experimentală oferă potențialul de a modela în mod fundamental viitorul medicinei moleculare și al planificării terapiei raționale, [13] de exemplu prin accelerarea și reducerea costurilor descoperirii medicamentelor. [32] Scopul primilor cinci ani de Folding @ home a fost de a face progrese în înțelegerea plierii, în timp ce obiectivul actual este de a înțelege plierea incorectă și bolile asociate, în special boala Alzheimer. [33]

Simulările efectuate pe Folding @ home sunt folosite împreună cu experimente de laborator, [17] dar cercetătorii le pot folosi pentru a studia modul în care plierea in vitro diferă de plierea în mediul celular nativ. Acest lucru este avantajos pentru studierea unor aspecte ale plierii corecte și incorecte și relația lor cu boli greu de observat experimental. De exemplu, în 2011, Folding @ home a simulat plierea unei proteine ​​în interiorul unui tunel de ieșire ribozomal pentru a ajuta oamenii de știință să înțeleagă mai bine modul în care izolarea naturală și aglomerația ar putea afecta procesul de pliere. [34] [35] În plus, oamenii de știință folosesc de obicei denaturanți chimici pentru a desface proteinele din starea lor nativă stabilă. În general, nu se știe cum denaturantul afectează plierea proteinelor și este dificil de determinat experimental dacă aceste stări denaturate conțin structuri reziduale care pot influența comportamentul de pliere. În 2010, Folding @ home a folosit GPU-uri pentru a simula stările libere ale proteinei L și a prezis rata de absorbție a acesteia în acord puternic cu rezultatele experimentale. [36]

Laboratorul Pande face parte din Universitatea Stanford, o organizație nonprofit și nu vinde rezultatele generate de Folding @ home. [37] Seturile mari de date ale proiectului sunt disponibile gratuit pentru alți cercetători pentru a le utiliza la cerere, iar unele sunt accesibile de pe site-ul web Folding @ home. [38] [39] Laboratorul Pande a colaborat cu alte sisteme de dinamică moleculară, cum ar fi supercomputerul Blue Gene [40] și împărtășesc părți cheie ale software-ului Folding @ home cu alți cercetători, astfel încât algoritmii de care a beneficiat Folding @ home poate ajuta alte domenii științifice. [38] În 2011, au lansat software-ul open-source Copernicus, care se bazează pe MSM Folding @ home și pe alte tehnici de paralelizare și are ca scop îmbunătățirea eficienței și scalabilității simulărilor moleculare pe grupuri mari de computere sau supercomputere. [41] [42] Rezumatele tuturor descoperirilor științifice Folding @ home sunt scrise pe site-ul web Folding @ home după publicare. [5]

Boala Alzheimer

Image
Boala Alzheimer este legată de agregarea fragmentelor de proteină beta amiloid în creier (dreapta). Cercetătorii au folosit Folding @ home pentru a simula acest proces de agregare pentru a înțelege mai bine cauza bolii.

Boala Alzheimer este o boală neurodegenerativă incurabilă care afectează în primul rând persoanele în vârstă și reprezintă mai mult de jumătate din toate cazurile de demență . Cauza sa exactă rămâne necunoscută, dar boala este identificată ca o boală din cauza plierii incorecte. Alzheimer este asociată cu agregări toxice ale peptidei betamyloid (Aβ) , cauzate de plierea incorectă a unui Aβ și agregarea cu alte peptide Ap. Aceste agregate Ap cresc apoi semnificativ pentru a deveni plăci senile , un marker patologic al bolii Alzheimer. [43] [44] [45] Datorită naturii eterogene a unor astfel de agregate, tehnicile experimentale precum cristalografia cu raze X și RMN au avut dificultăți în a le caracteriza structurile. În plus, simulările atomice ale agregării Ap sunt extrem de dificile datorită dimensiunii și complexității lor. [46] [47]

Prevenirea agregării Ap este o abordare promițătoare pentru dezvoltarea de medicamente terapeutice pentru boala Alzheimer, potrivit Dots. Naeem și Fazili într-un articol de revizuire a literaturii . [48] ​​​​În 2008, Folding @ home a simulat dinamica agregării Aβ cu detalii atomice pe scale de timp de ordinul zecilor de secunde. Studiile anterioare au putut simula doar aproximativ 10 microsecunde - Folding @ home a reușit să simuleze plierea Aβ cu șase ordine de mărime mai mult decât în ​​trecut. Cercetătorii au folosit rezultatele acestui studiu pentru a identifica un ac de păr beta care a fost o sursă majoră de interacțiuni moleculare în cadrul structurii. [49] Studiul a ajutat la pregătirea laboratorului Pande pentru studii viitoare de agregare și cercetări suplimentare pentru a găsi o peptidă mică care ar putea stabiliza procesul de agregare. [46]

În decembrie 2008, Folding @ home a găsit mai mulți candidați care par să inhibe toxicitatea agregatelor Aβ. [50] În 2010, în strânsă colaborare cu Center for Protein Folding Machinery, acești candidați au început să fie testați pe țesut biologic . [29] În 2011, Folding @ home a finalizat simulările mai multor mutații Aβ care par să stabilizeze formarea agregatelor, ceea ce ar putea ajuta la dezvoltarea abordărilor terapeutice cu medicamente pentru boală și de mare ajutor în studiile experimentale cu spectroscopie RMN . oligomeri . [47] [51] În același an, Folding @ home a început simulări ale diferitelor fragmente Ap pentru a determina modul în care diferite enzime naturale afectează structura și plierea Ap. [52] [53]

boala Huntington

Boala Huntington este o boală neurodegenerativă genetică care este asociată cu plierea și agregarea incorectă a proteinelor. Repetările excesive ale aminoacidului glutamină în NTD - ul proteinei Huntingtin provoacă agregare și chiar dacă comportamentul de repetiție nu este pe deplin înțeles, ele provoacă declinul cognitiv asociat bolii. [54] Ca și în cazul altor agregate, există dificultăți în determinarea experimentală a structurii sale. [55] Oamenii de știință folosesc Folding @ home pentru a studia structura proteinei Huntingtin și pentru a prezice cum se formează, ajutând cu abordarea rațională de proiectare a medicamentelor pentru a opri formarea agregatelor. [29] Fragmentul N17 al Huntingtin accelerează această agregare și, deși au fost propuse mai multe mecanisme, rolul său exact în acest proces rămâne în mare parte necunoscut. [56] Folding @ home a simulat aceasta și alte fragmente pentru a clarifica rolul lor în boală. [57] Din 2008, abordările de proiectare a medicamentelor pentru boala Alzheimer au fost aplicate pentru boala Huntington. [29]

Cancer

Mai mult de jumătate din toate tipurile de cancer cunoscute implică mutații ale p53 , o proteină supresoare tumorală găsită în fiecare celulă care reglează ciclul celular și marchează moartea celulei în cazul leziunilor ADN -ului . Mutațiile specifice ale p53 pot perturba aceste funcții, permițând unei celule anormale să continue să crească necontrolat, ducând la dezvoltarea tumorilor . Analiza acestor mutații ajută la explicarea cauzelor tumorilor legate de p53. [58] În 2004, Folding @ home a fost folosit pentru a efectua primul studiu de dinamică moleculară a plierii proteinei dimer p53 într-o simulare atomică în apă. Rezultatele simulării au fost de acord cu observațiile experimentale și au oferit informații despre plierea dimerului care anterior nu au fost obținute. [59] Aceasta a fost prima publicație peer-reviewed despre cancer de către un proiect de calcul distribuit. [60] În anul următor, Folding @ home a alimentat o nouă metodă de identificare a aminoacizilor esențiali pentru stabilitatea unei proteine, care a fost apoi folosită pentru a studia mutațiile p53. Metoda a fost destul de precisă în identificarea mutațiilor care promovează cancerul și a determinat efectele mutațiilor specifice care altfel nu ar fi putut fi măsurate experimental. [61]

Folding @ home este, de asemenea, folosit pentru a studia proteinele însoțitoare [29] și proteinele de șoc termic care joacă roluri esențiale în supraviețuirea celulară, asistând la plierea altor proteine ​​în mediul aglomerat și stresant chimic din interiorul unei celule. Celulele canceroase cu creștere rapidă se bazează pe însoțitori specifici, iar unele însoțitori joacă un rol cheie în rezistența la chimioterapie . Inhibarea acestor însoțitori specifice este văzută ca un mecanism potențial de acțiune pentru medicamentele eficiente de chimioterapie sau pentru a reduce răspândirea cancerului. [62] Folosind Folding @ home și lucrând îndeaproape cu Center for Protein Folding Machinery, laboratorul Pande speră să găsească un medicament care inhibă însoțitorii implicați în celulele canceroase. [63] Cercetătorii folosesc, de asemenea, Folding @ home pentru a studia alte molecule legate de cancer, cum ar fi enzima Src kinaza și unele forme ale homeodomeniului îngrailed - o proteină mare care ar putea fi implicată în multe boli, inclusiv cancerul. [64] [65] În 2011, Folding @ home a început simulările dinamice ale micii noduri de proteine ​​EETI, care poate identifica carcinoamele în imagistica medicală prin legarea de receptorii de suprafață a celulelor tumorale . [66] [67]

Interleukina 2 (IL-2) este o proteină care ajută celulele T ale sistemului imunitar să atace agenții patogeni și tumorile. Din păcate, utilizarea sa ca tratament pentru cancer este limitată din cauza efectelor secundare grave, cum ar fi edem pulmonar . IL-2 se leagă de aceste celule pulmonare în mod diferit decât celulele T, așa că cercetarea IL-2 implică înțelegerea diferențelor dintre aceste mecanisme de legare. În 2012, Folding @ home a contribuit la descoperirea unei forme de IL-2 care este de trei sute de ori mai eficientă în acțiunea sa în sistemul imunitar. În experimente, această formă modificată a depășit semnificativ IL-2 naturală la împiedicarea creșterii tumorii. Industria farmaceutică și -a exprimat interesul față de molecula mutantă, iar National Institutes of Health o testează împotriva unei varietăți de modele de cancer în speranța de a-și accelera dezvoltarea ca terapie. [68] [69]

Osteogenesis imperfecta

Osteogeneza imperfectă , cunoscută sub numele de boala osoasă fragilă, este o boală genetică incurabilă a osului, care poate fi fatală. Cei cu boala nu sunt capabili să creeze țesut osos conjunctiv funcțional. Acest lucru este cel mai frecvent cauzat de o mutație de colagen de tip I, [70] care îndeplinește o varietate de roluri structurale și este cea mai abundentă proteină la mamifere . [71] Mutația provoacă o deformare a structurii triple helix a colagenului, care, dacă nu este distrusă în mod natural, duce la țesut osos anormal și slăbit. [72] În 2005, Folding @ home a testat o nouă tehnică de mecanică cuantică care îmbunătățește metodele anterioare de simulare și care poate fi utilă pentru viitoarele studii computaționale de colagen. [73] Deși cercetătorii au folosit Folding @ home pentru a studia plierea colagenului, interesul este un proiect pilot în ceea ce privește cercetarea bolii Alzheimer și Huntington . [29]

Virus

Folding @ home ajută la cercetarea în vederea prevenirii anumitor viruși , cum ar fi gripa și HIV , să recunoască și să pătrundă în celulele biologice . [29] În 2011, Folding @ home a început simulări ale dinamicii enzimei RNase H , o componentă cheie a virusului HIV, în speranța de a concepe medicamente care să o inactiveze. [74] Folding @ home a fost, de asemenea, folosit pentru a studia fuziunea membranei, un eveniment cheie pentru infecția virală și o gamă largă de funcții biologice. Această fuziune implică modificări conformaționale ale proteinelor de fuziune virală și andocarea proteinelor, [30] dar mecanismele moleculare exacte din spatele fuziunii rămân în mare parte necunoscute. [75] Fuziunile pot consta în peste jumătate de milion de atomi care interacționează timp de sute de microsecunde. Această complexitate limitează simulările tipice pe computer la aproximativ 10.000 de atomi care interacționează timp de zeci de nanosecunde - o diferență de câteva ordine de mărime. [49] Dezvoltarea de modele pentru a prezice mecanismele de fuziune a membranei va ajuta la înțelegerea științifică a modului de blocare a procesului cu medicamente antivirale. [76] În 2006, oamenii de știință au aplicat modelele de stare Markov și Folding @ home pentru a descoperi două căi de fuziune și pentru a obține mai multe informații despre mecanisme. [49]

În urma simulărilor detaliate Folding @ home ale celulelor mici cunoscute sub numele de vezicule , în 2007, laboratorul lui Pande a introdus o nouă tehnică de calcul pentru măsurarea topologiei modificărilor sale structurale în timpul fuziunii. [77] În 2009, cercetătorii au folosit Folding @ home pentru a studia mutațiile hemaglutininei gripale , o proteină care atașează un virus la celula gazdă și ajută la intrarea virusului. Mutațiile hemaglutininei afectează cât de bine se leagă proteina de receptorii de suprafață a celulei gazdei , ceea ce determină cât de infecțioasă este tulpina virusului pentru organismul gazdă. Cunoașterea efectelor mutațiilor hemaglutininei ajută la dezvoltarea medicamentelor antivirale . [78] [79] Începând din 2012, Folding @ home continuă să simuleze plierea și interacțiunile hemaglutininei, integrând studii experimentale de la Universitatea din Virginia . [29] [80]

Design de medicamente

Medicamentele funcționează prin legarea de locații specifice pe moleculele țintă și provocând o anumită modificare dorită, cum ar fi dezactivarea țintei sau inducerea unei modificări conformaționale . În mod ideal, un medicament trebuie să acționeze foarte specific și să se lege doar de ținta sa, fără a interfera cu alte funcții biologice. Cu toate acestea, este dificil să se determine cu exactitate unde și cât de bine se leagă două molecule. Datorită limitărilor puterii de calcul, abordările in silico în prezent trebuie să sacrifice viteza pentru precizie , de exemplu, folosind metode rapide de andocare a proteinelor în loc de calcule costisitoare din punct de vedere al energiei libere . Performanța de calcul a Folding @ home permite cercetătorilor să folosească ambele tehnici și să le evalueze eficiența și fiabilitatea. [33] [81] [82] Proiectarea computerizată a medicamentelor are potențialul de a accelera și reduce costul descoperirii medicamentelor. [32] În 2010, Folding @ home a folosit calcule MSM și energie liberă pentru a prezice starea nativă a villinei cu 1,8 Å RMSD ( deviație standard ) a structurii cristaline determinată experimental prin cristalografie cu raze X. Această precizie are implicații pentru abordări ale predicțiilor viitoare ale structurilor proteinelor , inclusiv proteinele în mod inerent nestructurate. [49] Oamenii de știință au folosit Folding @ home pentru cercetarea rezistenței la medicamente , studiind vancomicina , un antibiotic „de ultimă instanță” și beta-lactamaza , o proteină capabilă să descompună antibioticele precum penicilina . [83] [84]

Activitatea chimică are loc de-a lungul situsului activ al unei proteine. Abordările tradiționale ale proiectării medicamentelor implică legarea ermetică de acest site, blocând activitatea acestuia, presupunând că proteina țintă există într-o singură structură rigidă. Cu toate acestea, această abordare funcționează doar pentru aproximativ 15% din toate proteinele. Proteinele conțin situsuri alosterice care, atunci când sunt legate de molecule mici, pot modifica conformația unei proteine ​​și în cele din urmă pot afecta activitatea proteinei. Aceste site-uri sunt ținte interesante pentru medicamente, dar detectarea lor are un cost de calcul ridicat . În 2012, Folding @ home și MSM au fost folosite pentru a identifica un loc alosteric în trei proteine ​​relevante clinic: beta-lactamaza, interleukina-2 și RNază H. [84] [85]

Aproximativ jumătate din toate antibioticele cunoscute interferează cu funcționarea ribozomului unei bacterii , o mașină biochimică mare și complexă care realizează biosinteza proteinelor prin traducerea ARN -ului mesager în proteine. Antibioticele macrolide blochează tunelul de ieșire al ribozomului, împiedicând sinteza proteinelor bacteriene esențiale. În 2007, laboratorul Pande a primit o bursă pentru studiul și proiectarea de noi antibiotice. [29] În 2008, au folosit Folding @ home pentru a studia interiorul acestui tunel și modul în care anumite molecule îl pot afecta. [86] Structura completă a ribozomului a fost stabilită doar recent, iar Folding @ home a simulat, de asemenea, proteine ​​ribozomale, deoarece multe dintre funcțiile acestora rămân în mare parte necunoscute. [87]

Participare

Image
Participarea la Folding @ home din aprilie 2004 până în octombrie 2012. Numărul total de clienți activi (verde) este împărțit în cei pentru CPU (albastru), GPU (roșu) și pentru Playstation 3 (portocaliu).

Pe lângă raportarea procesoarelor active, Folding @ home își determină puterea de calcul, măsurată în operațiuni în virgulă mobilă pe secundă ( FLOPS ) pe baza timpului real de execuție al calculelor sale. Inițial, acesta a fost raportat ca FLOPS nativ - performanța netă a fiecărui tip de hardware de procesare. [88] În martie 2009 Folding @ home a început să raporteze performanța în FLOPS nativ și x86, [89] acesta din urmă fiind o estimare a câți FLOPS ar trebui să dețină calculul pe o arhitectură standard a procesorului x86 , care este folosită în mod obișnuit ca referință de performanță. Hardware-ul specializat, cum ar fi GPU-urile, poate îndeplini în mod eficient anumite funcții complexe în operațiuni cu virgulă mobilă unică, care altfel ar necesita mai multe operațiuni pe arhitectura x86. Măsura x86 încearcă să netezească aceste diferențe hardware. [88] În ciuda conversiilor conservatoare, FLOPS-urile x86 ale clienților GPU sunt în mod constant superioare FLOPS-urilor native și cuprind marea majoritate a performanței de calcul măsurate pe Folding @ home. [90] [91]

În 2007 , Guinness a recunoscut Folding @ home drept cea mai puternică rețea de calcul distribuită. [92] Începând cu 6 iunie 2013, proiectul are 499.600 de nuclee active și 24.375 de GPU-uri active pentru un total de 14.561 x86 petaFLOPS (7.572 petaFLOPS nativi). [90] În același timp, eforturile combinate ale tuturor proiectelor de calcul distribuite în cadrul BOINC se ridică la 7.380 petaFLOPS. [93] În noiembrie 2012, Folding @ home și-a actualizat metoda de numărare a FLOPS, în special pentru GPU-uri, iar acum raportează numărul de nuclee de procesoare active, precum și procesoare fizice. [94] Folosind abordarea modelului de stat Markov, Folding @ home realizează o scalare puternică în baza sa de utilizatori și obține o creștere liniară a vitezei pentru fiecare procesor suplimentar. [3] [17] Această rețea permite Folding @ home să facă lucrări care anterior nu erau practice din punct de vedere computațional. [40]

În martie 2002, co-fondatorul Google Sergey Brin a lansat Google Compute ca supliment pentru Bara de instrumente Google . [95] Deși limitată ca funcționalitate și domeniu de aplicare, participarea la Folding @ home a crescut de la 10.000 la aproximativ 30.000 de procesoare active. [96] Programul sa încheiat în octombrie 2005 în favoarea clienților oficiali Folding @ home și nu mai este disponibil pentru bara de instrumente. [97] Folding @ home a câștigat și participanți de la Genome @ Home, un proiect de calcul distribuit de laboratorul Pande și un proiect partener al Folding @ home. Genome @ Home s-a concentrat pe proiectarea proteinelor și aplicațiile asociate. După încheierea sa oficială în martie 2004, utilizatorii au fost invitați să doneze puterea de calcul a Folding @ home. [98]

Performanță

Image
Puterea de calcul a Folding @ home și a celor mai rapide supercomputere din aprilie 2004 până în octombrie 2012. Între iunie 2007 și iunie 2011, Folding @ home (albastru și roșu) a depășit cele mai rapide supercomputere din Top500 (verde). Cu toate acestea, a fost eclipsat de computerul K în noiembrie 2011 și Blue Gene / Q în iunie 2012.

Pe 16 septembrie 2007, datorită în mare parte participării lui PS3, proiectul Folding @ home a atins oficial un nivel susținut de performanță peste un petaFLOPS nativ, devenind primul sistem de calcul de orice fel care face acest lucru. [99] [100] Cel mai rapid supercomputer din TOP500 la acea vreme era BlueGene / L , la 0,280 petaFLOPS. [101] În anul următor, la 7 mai 2008, proiectul a atins un nivel de performanță susținut de peste doi petaFLOPS nativi, [102] urmat de etape de trei și, respectiv, patru petaFLOPS nativi la 20 august [103] [104 ] și septembrie. 28, 2008. [105] Pe 18 februarie 2009, Folding @ home a atins cinci petaFLOPS nativi, [106] [107] și a fost primul proiect de calcul care a ajuns la acest nivel. [108] [109] Prin comparație, cel mai rapid supercomputer din noiembrie 2008 a fost IBM Roadrunner la 1.105 petaFLOPS. [110] Începând cu 10 noiembrie 2011, performanța Folding @ home a depășit șase petaFLOPS nativi cu echivalentul a aproape opt x86 petaFLOPS. [100] [111]

Puncte

Similar altor proiecte de calcul distribuite, Folding @ home evaluează cantitativ contribuțiile utilizatorilor la proiect printr-un sistem de creditare. [112] Toate unitățile unui anumit proiect au un credit de bază uniform, care este determinat pe baza evaluării comparative a uneia sau mai multor unități de lucru ale proiectului respectiv pe o mașină de referință oficială înainte de începerea proiectului. [112] Fiecare utilizator primește aceste puncte de bază pentru finalizarea fiecărei unități de lucru, prin utilizarea unei chei de acces puteți primi puncte bonus suplimentare pentru fiabilitatea și rapiditatea în completarea unităților care sunt mai solicitante din punct de vedere computațional sau au o prioritate științifică mai mare. [113] [114] Utilizatorii pot primi, de asemenea, credite pentru munca lor de la clienții de pe mai multe mașini. [37] Acest sistem de puncte încearcă să alinieze creditele obținute cu valoarea rezultatelor științifice. [112]

Utilizatorii își pot înregistra contribuțiile într-o echipă, care combină punctele tuturor membrilor. Un utilizator își poate începe propria echipă sau poate face parte dintr-o echipă existentă. [115] În unele cazuri, o echipă poate avea propriile surse de recrutare, cum ar fi un forum pe internet . [116] Punctele pot stimula concurența amicală între indivizi și grupuri pentru a calcula maximul pentru proiect, ceea ce poate aduce beneficii comunității pliante și poate accelera cercetarea științifică. [112] [117] [118] Statisticile individuale și ale echipei sunt publicate pe site-ul Folding @ home. [112]

Software

Software-ul Folding @ home al utilizatorului final cuprinde trei componente principale: unități de lucru, nuclee și un client.

Unitatea de lucru

O unitate de lucru reprezintă datele de proteine ​​pe care clientul este chemat să le proceseze. Unitățile de lucru sunt o fracțiune din simularea dintre stări într-un model de stare Markov. După ce unitatea a fost descărcată și procesată complet de computerul unui voluntar, aceasta este returnată la serverul Folding @ home, care va acorda apoi punctele de voluntar. Acest ciclu se repetă automat. [117] Toate unitățile de lucru au termene asociate, iar dacă acest termen este depășit, utilizatorul nu poate obține credite și unitatea va fi trimisă automat altui voluntar. Deoarece plierea proteinelor este de natură standard și multe unități de lucru sunt generate de predecesorii lor, acest lucru permite procesului general de simulare să decurgă normal dacă o unitate de lucru nu este returnată după o perioadă rezonabilă de timp. Datorită acestor termene limită, cerința minimă de sistem pentru Folding @ home este un procesor Pentium 3 de 450 MHz cu extensii SIMD de streaming (SSE). [37] Cu toate acestea, unitățile de lucru pentru clienții cu debit mare au o dată de expirare mult mai scurtă decât unitățile de lucru pentru clienții cu un singur procesor, deoarece o mare parte a beneficiului științific depinde de finalizarea rapidă a simulărilor. [119]

Înainte de lansarea publică, unitățile de lucru trec prin mai mulți pași de control al calității pentru a limita problemele înainte de a deveni complet disponibile. Aceste faze de testare includ o stare stagiară, beta și avansată, înainte de o lansare finală completă pe Folding @ home. [120] Unitățile pliabile @ de lucru la domiciliu sunt în mod normal manipulate o singură dată, cu excepția cazului rar în care apar erori în timpul procesării. Dacă acest lucru se întâmplă pentru trei utilizatori diferiți, unitatea este automat retrasă din distribuție. [121] [122] Forumul de asistență Folding @ home poate fi folosit pentru a distinge între problemele hardware și unitățile de lucru proaste. [123]

Core

Programele specializate în dinamică moleculară, numite FahCores și adesea prescurtate în „core”, efectuează calculele pe unitatea de lucru ca proces de fundal. Marea majoritate a nucleelor ​​Folding @ home se bazează pe GROMACS, [117] unul dintre cele mai rapide și mai populare pachete software de dinamică moleculară, care este alcătuit în mare parte din cod de asamblare optimizat manual și optimizare hardware. [124] [125] Deși GROMACS este un software open-source și există un efort de cooperare între laboratorul Pande și dezvoltatorii GROMACS, Folding @ home folosește o licență cu sursă închisă pentru a asigura validitatea datelor. [126] Miezurile mai puțin active includ ProtoMol și SHARPEN. Folding @ home au folosit AMBRA, CPMD, Desmond și Tinker, dar acestea sunt acum pensionate și nu mai sunt în serviciu activ. [127] [128] Unele dintre aceste miezuri efectuează calcule explicite de solvație în care solventul din jur (de obicei apa) este modelat atom cu atom; în timp ce alții efectuează metode implicite de solvatare, în care solventul este tratat ca un continuum matematic. [129] [130] Nucleul este separat de client pentru a actualiza metodele științifice în mod automat, fără a necesita o actualizare a clientului. Core-urile creează periodic puncte de control de calcul, astfel încât, dacă sunt întrerupte, să poată relua lucrul din acest punct și nu de la început. [117]

Client

Participanții Folding@home instalează un program client pe computerul personal sau pe consola de jocuri PS3 . Utilizatorul interacționează cu clientul, care gestionează celelalte componente software din fundal. Prin intermediul clientului, utilizatorul poate întrerupe procesul de pliere, deschide jurnalul de evenimente, poate verifica progresul joburilor sau poate vizualiza statistici personale. [131] Clienții rulează continuu în fundal cu o prioritate foarte scăzută, folosind puterea de calcul neutilizată, astfel încât utilizarea normală a computerului nu este afectată. [37] [115] Utilizarea maximă a CPU poate fi ajustată prin setările clientului. [131] [132] Clientul se conectează la un server Folding @ home și preia o unitate de lucru și poate descărca, de asemenea, nucleul adecvat pentru setările clientului, sistemul de operare și arhitectura hardware subiacentă. După procesare, unitatea de lucru este returnată la serverele Folding @ home. Clienții sunt adaptați pentru sisteme cu un singur procesor și multiprocesor , precum și pentru GPU-uri . În timp ce acești din urmă clienți folosesc mult mai multe resurse, diversitatea și puterea fiecărei arhitecturi hardware oferă Folding @ home capacitatea de a finaliza eficient multe tipuri de simulări în timp util (în săptămâni sau luni în loc de ani), ceea ce are o valoare științifică semnificativă. . Împreună, acești clienți permit cercetătorilor să studieze probleme biomedicale considerate anterior imposibil de abordat computațional. [33] [117] [119]

Dezvoltatorii de software profesioniști sunt responsabili pentru majoritatea codului Folding @ home, atât pentru partea client, cât și pentru server. Echipa de dezvoltare include programatori de la Nvidia, ATI, Sony și Cauldron Development. [133] Clienții pot fi descărcați numai de pe site-ul oficial al Folding @ home sau al partenerilor săi comerciali și vor putea interacționa numai cu fișierele Folding @ home. Aceștia vor putea să încarce și să descarce date de pe serverul Stanford Folding @ home (pe portul 8080, cu 80 ca alternativă), iar comunicarea este verificată folosind semnătura digitală pe 2048 de biți . [37] [134] În timp ce GUI -ul clientului este open-source, [135] clientul însuși este proprietar din motive de integritate științifică și de securitate. [136] [137] [138]

Folding @ home folosește bibliotecile de software Cosm pentru crearea de rețele. [117] [133] Folding @ home a fost lansat la 1 octombrie 2000 și a fost primul proiect de calcul distribuit care vizează sisteme biomoleculare. [139] Primul său client a fost un screensaver , care ar rula în timp ce computerul nu era în alt mod utilizat. [140] [141] În 2004, laboratorul lui Pande a făcut echipă cu David Anderson pentru a testa un client suplimentar pe framework-ul open-source BOINC. Acest client a fost lansat în versiunea beta închisă în aprilie 2005, [142] cu toate acestea, abordarea a devenit nepractică și a fost abandonată în iunie 2006. [143]

GPU

Hardware-ul GPU specializat a fost conceput pentru a accelera redarea aplicațiilor grafice 3D, cum ar fi jocurile video, și este capabil să depășească semnificativ CPU-urile pentru anumite tipuri de calcule. GPU-urile sunt una dintre cele mai puternice și cu cea mai rapidă creștere platforme de calcul, iar mulți oameni de știință și cercetători urmăresc calcularea de uz general pe unități de procesare grafică (GPGPU). Cu toate acestea, hardware-ul GPU este dificil de utilizat pentru sarcini non-grafice și necesită, de obicei, o revizuire semnificativă a algoritmului și o înțelegere avansată a arhitecturii de bază. [144] O astfel de personalizare este o provocare, în special pentru cercetătorii cu resurse limitate de dezvoltare software. Folding @ home folosește biblioteca OpenMM open source , care utilizează un model de proiectare punte cu două niveluri de interfețe de programare a aplicațiilor (API) pentru a interfața software-ul de simulare moleculară cu arhitectura hardware subiacentă. Odată cu adăugarea de optimizări hardware, simulările GPU bazate pe OpenMM nu necesită modificări semnificative, dar ating performanțe aproape egale cu codul GPU optimizat manual și depășesc semnificativ implementările CPU. [129] [145]

Înainte de 2010, fiabilitatea de calcul a hardware-ului GPGPU de consum era în mare parte necunoscută, iar dovezile circumstanțiale legate de lipsa unui detector de erori și a unui corector încorporat în memoria GPU-ului au ridicat probleme de fiabilitate. În primul test pe scară largă privind acuratețea științifică a GPU-urilor, un studiu din 2010 pe peste 20.000 de gazde din rețeaua de acasă Folding @ home a găsit erori de software în subsistemele de memorie a două treimi dintre GPU-urile testate. Aceste erori s-au corelat puternic cu arhitectura plăcii, deși studiul a concluzionat că fiabilitatea GPU Computing era încă fezabilă atâta timp cât s-a acordat o atenție deosebită caracteristicilor hardware, cum ar fi detectarea erorilor din partea software. [146]

Prima generație de client GPU Folding @ home (GPU1) a fost lansat publicului pe 2 octombrie 2006, [143] oferind o creștere a vitezei de 20-30X pentru anumite calcule față de omologii săi CPU bazați pe GROMACS. [147] A fost prima dată când GPU-urile au fost folosite atât pentru calcule distribuite, cât și pentru calcule mari de dinamică moleculară. [148] [149] GPU1 a oferit cercetătorilor cunoștințe și experiență semnificative cu dezvoltarea software-ului GPGPU , dar ca răspuns la inexactitățile științifice cu DirectX , la 10 aprilie 2008 a fost depășit de GPU2, a doua generație a clientului. [147] După introducerea GPU2, GPU1 a fost retras oficial pe 6 iunie. [147] În comparație cu GPU1, GPU2 a fost mai fiabil și mai productiv din punct de vedere științific, rulând pe GPU-uri ATI și NVIDIA CUDA și a suportat algoritmi mai avansați, proteine ​​mai mari și vizualizare prin simulare în timp real. [150] [151] În urma acesteia, a treia generație de client GPU (GPU3) al Folding @ home a fost lansat pe 25 mai 2010. Deși era compatibil cu GPU2, GPU3 era mai stabil, eficient și avea o flexibilitate mai mare în capacitățile sale științifice. [152] și a folosit OpenMM pe un cadru OpenCL . [152] Clienții GPU nu acceptă în mod nativ sistemul de operare OS-X și Linux, deși utilizatorii Linux cu plăci grafice Nvidia îl pot rula prin aplicația software Wine . [153] [154] GPU-urile rămân cea mai puternică platformă Folding @ home în ceea ce privește FLOPS , din noiembrie 2012 clienții GPU contribuie cu 87% din debitul x86 petaFLOPS al întregului proiect. [90]

PlayStation 3

Din martie 2007 până în noiembrie 2012, Folding @ home a profitat de puterea de calcul a PlayStation 3 . La momentul înființării, procesorul său de streaming Cell a oferit o creștere a vitezei de 20 ori față de un computer în anumite calcule, putere de procesare care nu poate fi găsită pe alte sisteme precum Xbox 360 . [33] [96] Viteza mare și eficiența PS3 a introdus alte oportunități pentru optimizări valide conform legii lui Amdahl și au schimbat semnificativ compromisul dintre eficiența computațională și acuratețea generală, permițând utilizarea mai multor modele moleculare. costul de calcul. [155] Acest lucru a permis Folding @ home să efectueze calcule biomedicale care altfel ar fi fost incalculabile. [156]

Clientul PS3 a fost dezvoltat într-un efort de colaborare între Sony și laboratorul Pande și a fost lansat ca client independent pe 23 martie 2007. [33] [157] Lansarea sa a făcut din Folding @ home primul proiect de calcul distribuit. foloseste PS3. [158] Pe 18 septembrie a anului următor, clientul PS3 a devenit un canal Life with PlayStation la lansare. [159] [160] În ceea ce privește tipurile de calcule care pot fi efectuate, la momentul introducerii sale clientul era un compromis între flexibilitatea unui CPU și viteza unui GPU. [117] Cu toate acestea, spre deosebire de CPU și GPU, utilizatorii nu au putut îndeplini alte sarcini pe PS3 în timp ce rulau Folding @ home. [156] Mediul uniform al consolei a făcut suportul mai ușor și a făcut Folding @ home mai ușor de utilizat . [33] PS3 are, de asemenea, capacitatea de a transmite rapid date către GPU-ul său, care a fost folosit pentru vizualizarea în timp real la nivel atomic a dinamicii actuale a proteinelor. [155]

Pe 6 noiembrie 2012, Sony a încetat suportul pentru clientul PS3 Folding @ home și pentru alte servicii disponibile sub Life with PlayStation. Pe parcursul duratei de viață de cinci ani și 7 luni, peste 15 milioane de utilizatori au contribuit cu peste 100 de milioane de ore de calcul la Folding @ home, ajutând foarte mult proiectul de cercetare a bolii. În urma discuțiilor cu laboratorul lui Pande, Sony a decis să rezilieze aplicația. Pande vede clientul PlayStation 3 ca un „punct de cotitură” pentru proiect. [91] [161] [162]

Client de procesare multi-core

Folding @ home poate folosi capacitățile de procesare paralelă ale procesoarelor moderne multi-core. Abilitatea de a utiliza mai multe nuclee CPU permite ca întreaga simulare a plierii proteinelor să fie finalizată mult mai rapid. Lucrând împreună, nucleele CPU completează o singură unitate de lucru proporțional mai rapid decât clientul standard monoprocesor. Această abordare este utilă din punct de vedere științific deoarece permite simularea unor traiectorii mult mai lungi să fie efectuată în aceeași perioadă de timp și reduce dificultățile tradiționale de scalare a unei simulări mari la mai multe procesoare separate. [163] O publicație din 2007 în Journal of Molecular Biology a folosit procesarea multi-core pentru a simula plierea unei părți a villinului de aproximativ 10 ori mai lungă decât era posibilă cu un singur procesor client, conform ratelor de pliere experimentală. [164]

În noiembrie 2006, prima generație de client simetric multiprocessing (SMP) a fost lansată public în versiune beta pentru testare, denumită SMP1. [143] Acești clienți au folosit protocolul de comunicare Message Passing Interface (MPI) pentru procesarea paralelă, deoarece la acel moment nucleele GROMACS nu erau proiectate pentru a fi utilizate cu mai multe fire. [119] Aceasta a fost prima dată când un proiect de calcul distribuit a folosit MPI. [165] Deși clienții au funcționat bine în sistemele de operare bazate pe Unix , cum ar fi Linux și Mac OS X, ei au fost problematici în Windows . [163] [165] La 24 ianuarie 2010, SMP2, a doua generație de clienți SMP și succesorul SMP1, a apărut ca o versiune beta deschisă și a înlocuit complexul MPI cu o implementare mai fiabilă bazată pe fire. [114] [133]

SMP2 acceptă o anumită categorie de unități de lucru numite „bigadv”, concepute pentru a simula proteinele care sunt neobișnuit de mari și consumatoare de calcul și au prioritate științifică ridicată. Aceste unități necesitau inițial un minim de opt nuclee per CPU, [166] care a fost crescut ulterior pe 7 februarie 2012 la șaisprezece nuclee per CPU. [167] În plus față de aceste cerințe hardware suplimentare față de unitățile de lucru standard SMP2, acestea necesită mai multe resurse de sistem, cum ar fi memoria RAM și lățimea de bandă de internet . În schimb, utilizatorii care conduc aceste unități de lucru sunt recompensați cu o creștere de 20% față de sistemul de puncte bonus al SMP2. [168] Categoria bigadv permite Folding @ Home să ruleze simulări deosebit de solicitante pe scale de timp lungi, care anterior necesitau utilizarea clusterelor de supercomputere și nu puteau fi rulate în altă parte pe Folding @ home. [166]

V7

Image
Un exemplu de imagine a clientului V7 în modul novice care rulează pe Windows 7 . Pe lângă o serie de verificări și detalii despre utilizator, V7 prezintă informații despre unitățile de lucru, cum ar fi starea, progresul calculului, ETA, punctele de credit, numerele de identificare și descrierea acestuia.

Clientul V7 este a șaptea și cea mai recentă generație de software pentru client Folding @ home și este o rescrie completă și o unificare a clienților anteriori pentru sistemele de operare Microsoft Windows , macOS și Linux . [169] [170] La fel ca predecesorii săi, V7 poate rula Folding @ home în fundal cu o prioritate foarte scăzută, ceea ce permite altor aplicații să folosească resursele CPU de care au nevoie. A fost conceput pentru a face instalarea, pornirea, operarea și mai ușor de utilizat pentru începători, precum și pentru a oferi cercetătorilor o flexibilitate științifică mai mare decât clienții anteriori. [171] V7 folosește Trac pentru a gestiona urmărirea erorilor, astfel încât utilizatorii să poată vedea procesul de dezvoltare și să ofere feedback. [170] A fost lansat oficial pe 22 martie 2012. [172]

V7 este format din patru elemente integrate. Utilizatorul interacționează în mod normal cu GUI open-source a lui V7 , cunoscut sub numele de FAHControl. [135] [173] Acesta oferă moduri de interfață cu utilizatorul pentru utilizatorii începători, avansați și experimentați și are capacitatea de a monitoriza, configura și controla mulți clienți de pliere la distanță de pe un singur computer. FAHControl dirijează FAHClien t-o aplicație back-end , care, la rândul său, gestionează fiecare FAHSlot (sau „slot”). Fiecare slot acționează ca un înlocuitor pentru clienții monoprocesor Folding @ home v6, SMP și GPU, separat anterior pentru computere, deoarece poate descărca, procesa și încărca unități de lucru în mod independent. Funcția FAHViewer, pe modelul PS3, afișează o redare 3D în timp real, dacă este disponibilă, a proteinei procesate. [169] [170]

Comparație cu alte simulatoare moleculare

Rosetta @ home este un proiect de calcul distribuit cu scopul de a prezice structura proteinelor și este unul dintre cei mai precisi predictori ai structurii terțiare . [174] [175] Stările conformaționale din software-ul Rosetta pot fi utilizate pentru a inițializa un model de stare Markov ca puncte de plecare pentru simulările Folding @ home. [20] Dimpotrivă, algoritmii de predicție a structurii pot fi îmbunătățiți prin modelele termodinamice și cinetice și prin aspectele eșantionate ale simulărilor de pliere a proteinelor. [176] Deoarece Rosetta încearcă doar să prezică starea finală a plierii și nu modul în care proteinele se pliază, Rosetta @ home și Folding @ home sunt complementare și răspund la întrebări moleculare foarte diferite. [20] [177]

Anton este un supercalculator special construit pentru simulări de dinamică moleculară. În octombrie 2011, Anton și Folding @ home au fost cele mai puternice două sisteme de dinamică moleculară. [178] Anton este unic prin capacitatea sa de a produce traiectorii unice moleculare ultra-lungi și costisitoare din punct de vedere computațional, [179] ca în 2010, care au atins milisecunde. [180] [181] Aceste traiectorii lungi pot fi deosebit de utile pentru anumite tipuri de probleme biochimice. [182] [183] ​​​​Cu toate acestea, Anton nu folosește modele de stare Markov pentru analiză. În 2011, laboratorul Pande a construit un MSM din două simulări Anton de 100 ms și a găsit căi alternative de pliere care nu erau vizibile prin analiza Anton tradițională. Ei au ajuns la concluzia că au existat mici diferențe între simulările construite folosind un număr limitat de traiectorii lungi sau una asamblată din multe traiectorii mai scurte. [179] În iunie 2011, Folding @ home a început o nouă eșantionare a unei simulări Anton în încercarea de a determina mai bine modul în care tehnicile sale se compară cu metodele lui Anton. [184] [185] Cu toate acestea, spre deosebire de traiectoriile mai scurte ale Folding @ home, care sunt mai reduse la calculul distribuit și alte tehnici de paralelizare, traiectorii mai lungi nu necesită eșantionare adaptivă pentru a eșantiona suficient spațiul de fază al unei proteine. Din acest motiv, este posibil ca o combinație a metodelor de simulare Anton și Folding @ home să ofere o eșantionare mai profundă a acestui spațiu. [179]

Note

  1. ^ Pande lab, Folding @ home Open Source FAQ , la folding.stanford.edu , Universitatea Stanford , 2 august 2012 (arhivat din original la 21 septembrie 2012) .
  2. ^ Pande lab (2 august 2012). „Despre Folding @ home” Arhivat 16 octombrie 2012 la Internet Archive .. Folding @ home. Universitatea Stanford . Consultat la 21 septembrie 2012. Consultat la 8 iulie 2013.
  3. ^ a b c d Vijay S. Pande, Kyle Beauchamp și Gregory R. Bowman, Everything you wanted to know about Markov State Models but were afraid to ask , în Methods , vol. 52, n. 1, 2010, pp. 99-105, DOI : 10.1016 / j.ymeth.2010.06.002 , PMC  2933958 , PMID  20570730 .
  4. ^ Cronologia proiectului - Folding @ home , la foldingathome.org . Preluat la 21 august 2018 .
  5. ^ a b Pande lab (27 iulie 2012). „Rezultate recente și lucrări de cercetare de la Folding @ home” . Pliabil @ acasă. Universitatea Stanford . URL arhivat la 21 septembrie 2012. Preluat la 8 iulie 2013.
  6. ^ a b c Vincent A. Voelz, Gregory R. Bowman, Kyle Beauchamp și Vijay S. Pande, Molecular Simulation of ab Initio Protein Folding for a Millisecond Folder NTL9 (1-39) , în Journal of the American Chemical Society , vol. . 132, n. 5, 10 februarie 2010, pp. 1526-1528, DOI : 10.1021 / ja9090353 , ISSN  0002-7863  ( WC ACNP ) , PMC   2835335 , PMID 20070076 . 
  7. ^ GR Bowman și VS Pande, Stările pliate de proteine ​​sunt hub-uri cinetice , în Proceedings of the National Academy of Sciences , vol. 107, n. 24, 15 iunie 2010, pp. 10890-10895, DOI : 10.1073 / pnas.1003962107 , ISSN  0027-8424  ( WC ACNP ) , PMC   2890711 , PMID 20534497 . 
  8. ^ a b Christopher D. Snow, Houbi Nguyen, Vijay S. Pande și Martin Gruebele, Comparație absolută a dinamicii de pliere a proteinelor simulate și experimentale , în Nature , voi. 420, n. 6911, -, pp. 102-106, DOI : 10.1038 / nature01160 , ISSN  0028-0836  ( WC ACNP ) , PMID   12422224 .
  9. ^ Fabrizio Marinelli, Fabio Pietrucci, Alessandro Laio și Stefano Piana, A Kinetic Model of Trp-Cage Folding from Multiple Biased Molecular Dynamics Simulations , în PLoS Computational Biology , voi. 5, nr. 8, 7 august 2009, pp. e1000452, DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1000452 , ISSN  1553-7358  ( WC ACNP ) , PMC   2711228 , PMID 19662155 . 
  10. ^ So Much More to Know , în Science , vol. 309, n. 5731, 1 iulie 2005, p. 78b – 102b, DOI : 10.1126 / science.309.5731.78b , ISSN  0036-8075  ( WC ACNP ) , PMID  15994524 .  
  11. ^ a b c Heath Ecroyd și John A. Carver, Unraveling the mysteries of protein folding and misfolding , în Iubmb Life , vol. 60, n. 12, 2008, pp. 769-774, DOI : 10.1002 / iub.117 , PMID  18767168 .
  12. ^ a b Plierea proteinelor: atunci și acum , în Arhivele de biochimie și biofizică , voi. 469, n. 1, 2008, pp. 4-19, DOI : 10.1016 / j.abb . 2007.05.014 , PMC 2173875 , PMID 17585870 .   
  13. ^ a b Leila M Luheshi, Damian Crowther, Christopher Dobson (2008). „Proteinea greșită și boală: de la eprubetă la organism”. Opinia curentă în biologie chimică 12 (1): 25–31. doi: 10.1016 / j.cbpa.2008.02.011
  14. ^ Christopher D. Snow, Eric J. Sorin, Young Min Rhee și Vijay S. Pande, How Well Can Simulation Predict Protein Folding Kinetics and Thermodynamics? , în Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure , voi. 34, 2005, p. 43-69, DOI : 10.1146 / annurev.biophys.34.040204.144447 , PMID  15869383 .
  15. ^ A. Verma, SM Gopal, A. Schug, JS Oh, KV Klenin, KH Lee și W. Wenzel (2008). „Într-o singură zi, masiv paralelă a proteinelor atomice”. Progrese în calculul paralel 15 . pp. 527-534, ISBN 978-1-58603-796-3 . ISSN 0927-5452.
  16. ^ Vijay S. Pande, Ian Baker, Jarrod Chapman, Sidney P. Elmer, Siraj Khaliq, Stefan M. Larson, Young Min Rhee, Michael R. Shirts, Christopher D. Snow, Eric J. Sorin și Bojan Zagrovic, Atomistic protein folding simulări la scară de timp submilisecundă folosind calcularea distribuită la nivel mondial , în Biopolymers , voi. 68, nr. 1, 2003, pp. 91-109, DOI : 10.1002 / bip.10219 , PMID  12579582 .
  17. ^ a b c d Gregory R. Bowman, Vincent A. Voelz și Vijay S. Pande, Taming the complexity of protein folding , în Current Opinion in Structural Biology , voi. 21, n. 1, 2011, pp. 4-11, DOI : 10.1016 / j.sbi.2010.10.006 , PMC  3042729 , PMID  21081274 .
  18. ^ John D. Chodera, William C. Swope, Jed W. Pitera și Ken A. Dill, Long ‐ Time Protein Folding Dynamics from Short ‐ Time Molecular Dynamics Simulations , în Multiscale Modeling & Simulation , voi. 5, nr. 4, 2006, pp. 1214-1226, DOI : 10.1137 / 06065146X .
  19. ^ Robert B. Best, Atomistic molecular simulations of protein folding , în Current Opinion in Structural Biology , voi. 22, n. 1, 2012, pp. 52-61, DOI : 10.1016 / j.sbi.2011.12.001 , PMID  22257762 .
  20. ^ a b c TJ Lane, Gregory Bowman, Robert McGibbon, Christian Schwantes, Vijay Pande și Bruce Borden (10 septembrie 2012). „Folding @ home Simulation FAQ” Arhivat 13 septembrie 2012 la Internet Archive .. Folding @ home. Universitatea Stanford . Arhivat din original pe 21 septembrie 2012. Consultat la 8 iulie 2013.
  21. ^ Gregory R. Bowman, Daniel L. Ensign și Vijay S. Pande, Enhanced Modeling via Network Theory: Adaptive Sampling of Markov State Models , în Journal of Chemical Theory and Computation , vol. 6, nr. 3, 2010, pp. 787-794, DOI : 10.1021 / ct900620b , PMC  3637129 , PMID  23626502 .
  22. ^ Vijay Pande (8 iunie 2012). „FAHcon 2012: Ne gândim cât de departe a ajuns FAH” . Pliabil @ acasă. typepad.com . din original pe 21 septembrie 2012. Recuperat la 8 iulie 2013.
  23. ^ KA Beauchamp, DL Ensign, R. Das și VS Pande, Comparația cantitativă a simulărilor subdomeniului capetelor villin și a experimentelor de transfer de energie triplet-triplet , în Proceedings of the National Academy of Sciences , voi. 108, n. 31, 2011, pp. 12734-12739, DOI : 10.1073 / pnas.1010880108 , PMC  3150881 , PMID  21768345 .
  24. ^ „Greg Bowman a acordat premiul Kuhn Paradigm Shift 2010” . simtk.org. SimTK: MSMBuilder. 29 martie 2010. din original la 20 septembrie 2012. Recuperat la 20 septembrie 2012.
  25. ^ „Depozitul codului sursă MSMBuilder” . MSMBuilder. simtk.org. 2012. Din original la 12 octombrie 2012. Recuperat la 12 mai 2012.
  26. ^ „Societatea de biofizică numește cinci laureați ai premiului 2012” . Biophysics.org . Societatea de Biofizică. 17 august 2011. din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 20 septembrie 2012.
  27. ^ „Folding @ home - Awards” Arhivat pe 12 iulie 2012 la Internet Archive . (FAQ). Pliabil @ acasă. Universitatea Stanford . August 2011. Arhivat din original pe 21 septembrie 2012. Consultat la 8 iulie 2013.
  28. ^ Vittorio Bellotti și Monica Stoppini (2009). „Protein Misfolding Diseases” Arhivat la 22 februarie 2014 la Internet Archive. The Open Biology Journal 2 : 228–234.
  29. ^ a b c d e f g h i Pande lab (30 mai 2012). „Folding @ home Diseases Studied FAQ” Arhivat 25 august 2012 la Internet Archive . (FAQ). Pliabil @ acasă. Universitatea Stanford . Arhivat din original pe 21 septembrie 2012. Consultat la 8 iulie 2013.
  30. ^ a b Collier, Leslie; Balows, Albert; Sussman, Max (1998). Mahy, Brian; Collier, Leslie, eds. Microbiologia lui Topley și Wilson și infecțiile microbiene. 1 , Virologie (ed. a noua). Londra: Arnold. pp. 75–91, ISBN 978-0-340-66316-5 .
  31. ^ Fred E. Cohen și Jeffery W. Kelly, Abordări terapeutice ale bolilor de pliere greșită a proteinelor , în Nature , voi. 426, n. 6968, 2003, pp. 905-909, DOI : 10.1038 / nature02265 , PMID  14685252 .
  32. ^ a b CM Song, SJ Lim și JC Tong, Recent advances in computer-aided drug design , în Briefings in Bioinformatics , vol. 10, nr. 5, 2009, pp. 579-591, DOI : 10.1093 / bib / bbp023 , PMID  19433475 .
  33. ^ a b c d e f Pande lab (2012). „Folding @ home Press FAQ” Arhivat 25 august 2012 la Internet Archive . (FAQ). Pliabil @ acasă. Universitatea Stanford . Arhivat din original pe 21 septembrie 2012. Consultat la 8 iulie 2013.
  34. ^ Christian "schwancr" Schwantes (membru al laboratorului Pande) (15 august 2011). „Proiectele 7808 și 7809 la full fah” . Pliabil @ acasă . Grupul phpBB . din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 16 octombrie 2011.
  35. ^ D. Lucent, V. Vishal și VS Pande, Protein Folding under confinement: A role for solvent , în Proceedings of the National Academy of Sciences , vol. 104, n. 25, 2007, pp. 10430-10434, DOI : 10.1073 / pnas.0608256104 , PMC  1965530 , PMID  17563390 .
  36. ^ Vincent A. Voelz, Vijay R. Singh, William J. Wedemeyer, Lisa J. Lapidus și Vijay S. Pande, Unfolded-State Dynamics and Structure of Protein L Characterized by Simulation and Experiment , în Journal of the American Chemical Society , vol. . 132, n. 13, 2010, pp. 4702-4709, DOI : 10.1021 / ja908369h , PMC  2853762 , PMID  20218718 .
  37. ^ a b c d și Pande lab (18 august 2011). „Întrebări frecvente principale Folding @ home” (Întrebări frecvente). Pliabil @ acasă . Universitatea Stanford . Arhivat din original pe 20 septembrie 2012. Consultat la 8 iulie 2013.
  38. ^ a b Vijay Pande (23 aprilie 2008). „Folding @ home și Simbios” . Pliabil @ acasă . typepad.com . din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 9 noiembrie 2011.
  39. ^ Vijay Pande (25 octombrie 2011). „Re: Modificări sugerate pentru site-ul web F @ h” . Pliabil @ acasă . Grupul phpBB . din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 25 octombrie 2011.
  40. ^ a b Caroline Hadley, Biologii cred mai mare , în Rapoarte EMBO , vol. 5, nr. 3, 2004, pp. 236-238, DOI : 10.1038 / sj.embor.7400108 , PMC  1299019 , PMID  14993921 .
  41. ^ S. Pronk, P. Larsson, I. Pouya, GR Bowman, IS Haque, K. Beauchamp, B. Hess, VS Pande, PM Kasson, E. Lindahl (2011). „Copernic: O nouă paradigmă pentru dinamica moleculară adaptivă paralelă”. 2011 Conferința internațională pentru calcul de înaltă performanță, rețele, stocare și analiză : 1–10, 12–18.
  42. ^ Sander Pronk, Iman Pouya, Per Larsson, Peter Kasson și Erik Lindahl (17 noiembrie 2011). „Descărcare Copernicus” . copernicus-computing.org . Copernic. din original pe 12 octombrie 2012. Recuperat la 2 octombrie 2012.
  43. ^ G. Brent Irvine, Omar M. El-Agnaf, Ganesh M. Shankar și Dominic M. Walsh, Agregarea proteinelor în creier: baza moleculară pentru bolile Alzheimer și Parkinson , în Molecular Medicine , voi. 14, 7-8, 2008, pp. 451-464, DOI : 10.2119 / 2007-00100.Irvine , PMC  2274891 , PMID  18368143 .
  44. ^ Claudio Soto și Lisbell D. Estrada, Protein Misfolding and Neurodegeneration , în Archives of Neurology , vol. 65, n. 2, 2008, pp. 184-9, DOI : 10.1001 / arhneurol.2007.56 , PMID  18268186 .
  45. ^ Robin Roychaudhuri, Mingfeng Yang, Minako M. Hoshi și David B. Teplow, Amyloid β-Protein Assembly and Alzheimer Disease , în Journal of Biological Chemistry , voi. 284, n. 8, 2009, pp. 4749-4753, DOI : 10.1074 / jbc.R800036200 , PMC  3837440 , PMID  18845536 .
  46. ^ a b Nicholas W. Kelley, V. Vishal, Grant A. Krafft și Vijay S. Pande, Simularea oligomerizării la concentrații experimentale și la intervale de timp lungi: O abordare a modelului de stat Markov , în The Journal of Chemical Physics , voi. 129, n. 21, 2008, p. 214707, DOI : 10.1063 / 1.3010881 , PMC  2674793 , PMID  19063575 .
  47. ^ a b Jayakumar Rajadas, Corey W. Liu, Paul Novick, Nicholas W. Kelley, Mohammed Inayathullah, Melburne C. Lemieux și Vijay S. Pande, Rationally Designed Turn Promoting Mutation in the Amyloid-β Peptide Sequence Stabilizes Oligomers in Solution , în PLOS ONE , vol. 6, nr. 7, 2011, pp. e21776, DOI : 10.1371 / journal.pone.0021776 , PMC  3142112 , PMID  21799748 .
  48. ^ Aabgeena Naeem și Naveed Ahmad Fazili, Defective Protein Folding and Aggregation as the Basis of Neurodegenerative Diseases: The Darker Aspect of Proteins , în Cell Biochemistry and Biophysics , voi. 61, n. 2, 2011, pp. 237-250, DOI : 10.1007 / s12013-011-9200-x , PMID  21573992 .
  49. ^ a b c d Gregory R. Bowman, Xuhui Huang și Vijay S. Pande, Modele de rețea pentru cinetica moleculară și aplicațiile lor inițiale la sănătatea umană , în Cell Research , vol. 20, nr. 6, 2010, pp. 622-630, DOI : 10.1038 / cr.2010.57 , PMC  4441225 , PMID  20421891 .
  50. ^ Vijay Pande (18 decembrie 2008). „Au fost prezentate noi rezultate FAH privind un posibil nou medicament pentru Alzheimer” . Pliabil @ acasă . typepad.com . din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 23 septembrie 2011.
  51. ^ Paul A. Novick, Dahabada H. Lopes, Kim M. Branson, Alexandra Esteras-Chopo, Isabella A. Graef, Gal Bitan și Vijay S. Pande, Design of β-Amyloid Aggregation Inhibitors from a Predicted Structural Motif , în Journal of Chimie medicinală , voi. 55, nr. 7, 2012, pp. 3002-3010, DOI : 10.1021 / jm201332p , PMC  3766731 , PMID  22420626 .
  52. ^ yslin (membru al laboratorului Pande) (22 iulie 2011). „Proiect nou p6871 [Classic]” . Pliabil @ acasă . Grupul phpBB . din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 17 martie 2012. (este necesară înregistrarea)
  53. ^ Pande lab. „Descrierea proiectului 6871” . Pliabil @ acasă . Universitatea Stanford . din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 27 septembrie 2011.
  54. ^ Francis O. Walker, Boala Huntington , în The Lancet , vol. 369, n. 9557, 2007, p. 218-228, DOI : 10.1016 / S0140-6736 (07) 60111-1 , PMID  17240289 .
  55. ^ Nicholas W. Kelley, Xuhui Huang, Stephen Tam, Christoph Spiess, Judith Frydman și Vijay S. Pande, The Predicted Structure of the Headpiece of the Huntingtin Protein and its Implications on Huntingtin Aggregation , în Journal of Molecular Biology , voi. 388, n. 5, 2009, pp. 919-927, DOI : 10.1016 / j.jmb.2009.01.032 , PMC  2677131 , PMID  19361448 .
  56. ^ Susan W. Liebman și Stephen C. Meredith, Protein Folding: Sticky N17 speeds huntingtin pile-up , în Nature Chemical Biology , vol. 6, nr. 1, 2010, pp. 7-8, DOI : 10.1038 / nchembio.279 , PMID  20016493 .
  57. ^ Diwakar Shukla (membru al laboratorului Pande) (10 februarie 2012). „Proiectul 8021 lansat în versiune beta” . Pliabil @ acasă . Grupul phpBB . din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 17 martie 2012. (Este necesară înregistrarea)
  58. ^ M. Hollstein, D. Sidransky, B. Vogelstein și C. Harris, mutații P53 în cancerele umane , în Science , voi. 253, n. 5015, 1991, pp. 49-53, DOI : 10.1126 / science.1905840 , PMID  1905840 .
  59. ^ Lillian T. Chong, Christopher D. Snow, Young Min Rhee și Vijay S. Pande, Dimerization of the p53 Oligomerization Domain: Identification of a Folding Nucleus by Molecular Dynamics Simulations , în Journal of Molecular Biology , voi. 345, n. 4, 2005, pp. 869-878, DOI : 10.1016 / j.jmb.2004.10.083 , PMID  15588832 .
  60. ^ mah3, Vijay Pande (24 septembrie 2004). „Proiectul F @ H publică rezultatele cercetărilor legate de cancer” . MaximumPC.com . Future US, Inc. din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 20 septembrie 2012. Din câte știm, acesta este primul program revizuit de colegi dintr-un proiect de calcul distribuit legat de cancer.
  61. ^ Lillian T. Chong, William C. Swope, Jed W. Pitera și Vijay S. Pande, Kinetic Computational Alanine Scanning: Application to p53 Oligomerization , în Journal of Molecular Biology , voi. 357, nr. 3, 2006, pp. 1039-1049, DOI : 10.1016 / j.jmb.2005.12.083 , PMID  16457841 .
  62. ^ Mauro B. Almeida, José Luiz Martins Do Nascimento, Anderson Manoel Herculano și Maria Elena Crespo-López, Molecular chaperones: Toward new therapeutic tools , în Biomedicine & Pharmacotherapy , voi. 65, n. 4, 2011, pp. 239-243, DOI : 10.1016 / j.biopha.2011.04.025 , PMID  21737228 .
  63. ^ Vijay Pande (28 septembrie 2007). „Centrul de nanomedicină” . Pliabil @ acasă . typepad.com . din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 23 septembrie 2011.
  64. ^ Vijay Pande (22 decembrie 2009). „Lansarea de noi WU-uri Protomol (Core B4)” . Pliabil @ acasă . typepad.com . din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 23 septembrie 2011.
  65. ^ Pande lab. „Descrierea proiectului 180” . Pliabil @ acasă . Universitatea Stanford . din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 27 septembrie 2011.
  66. ^ TJ Lane (membru al laboratorului Pande) (8 iunie 2011). „Proiectul 7600 în versiune beta” . Pliabil @ acasă . Grupul phpBB . din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 27 septembrie 2011. (Este necesară înregistrarea)
  67. ^ TJ Lane (membru al laboratorului Pande) (8 iunie 2011). „Descrierea proiectului 7600” . Pliabil @ acasă . Universitatea Stanford . din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 31 martie 2012.
  68. ^ „Oamenii de știință măresc potența, reduc efectele secundare ale proteinei IL-2 utilizate pentru tratarea cancerului” . MedicalXpress.com . Medical Xpress. 18 martie 2012. din original la 20 septembrie 2012. Recuperat la 20 septembrie 2012.
  69. ^ Aron M. Levin, Darren L. Bates, Aaron M. Ring, Carsten Krieg, Jack T. Lin, Leon Su, Ignacio Moraga, Miro E. Raeber, Gregory R. Bowman, Paul Novick, Vijay S. Pande, C. Garrison Fathman, Onur Boyman și K. Christopher Garcia, exploatând un comutator conformațional natural pentru a proiecta o „superkină” interleukina-2, în Nature , voi. 484, n. 7395, 2012, pp. 529-533, DOI : 10.1038 / nature10975 , PMC  3338870 , PMID  22446627 .
  70. ^ Frank Rauch și Francis H. Glorieux, Osteogenesis imperfecta , în The Lancet , vol. 363, n. 9418, 2004, pp. 1377-1385, DOI : 10.1016 / S0140-6736 (04) 16051-0 , PMID  15110498 .
  71. ^ Fratzl, Peter (2008). Colagen: structură și mecanică , ISBN [978-0-387-73905-2. Preluat la 17 martie 2012.
  72. ^ Alfonso Gautieri, Sebastien Uzel, Simone Vesentini, Alberto Redaelli și Markus J. Buehler, Molecular and Mezoscale Mechanisms of Osteogenesis Imperfecta Disease in Collagen Fibrils , în Biophysical Journal , voi. 97, n. 3, 2009, pp. 857-865, DOI : 10.1016 / j.bpj.2009.04.059 , PMC  2718154 , PMID  19651044 .
  73. ^ Sanghyun Park, Randall J. Radmer, Teri E. Klein și Vijay S. Pande, Un nou set de parametri de mecanică moleculară pentru hidroxiprolină și utilizarea sa în simulările de dinamică moleculară a peptidelor asemănătoare colagenului , în Journal of Computational Chemistry , voi. 26, n. 15, 2005, pp. 1612-1616, DOI : 10.1002 / jcc.20301 , PMID  16170799 .
  74. ^ Gregory Bowman (membru al laboratorului Pande). „Proiectul 10125” . Pliabil @ acasă . Grupul phpBB . Recuperat la 2 decembrie 2011. (Este necesară înregistrarea)
  75. ^ Hana Robson Marsden, Itsuro Tomatsu și Alexander Kros, Model systems for membrane fusion , în Chem. Soc. Rev , vol. 40, nr. 3, 2011, pp. 1572-1585, DOI : 10.1039 / c0cs00115e , PMID  21152599 .
  76. ^ Peter Kasson (2012). „Peter M. Kasson” . Laboratorul Kasson . Universitatea din Virginia . din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 20 septembrie 2012.
  77. ^ PM Kasson, A. Zomorodian, S. Park, N. Singhal, LJ Guibas și VS Pande, Goluri persistente: O nouă metrică structurală pentru fuziunea membranei , în Bioinformatică , voi. 23, n. 14, 2007, p. 1753-1759, DOI : 10.1093 / bioinformatica / btm250 , PMID  17488753 .
  78. ^ Peter M. Kasson, Daniel L. Ensign și Vijay S. Pande, Combining Molecular Dynamics with Bayesian Analysis to Predict and Evaluate Ligand-Binding Mutations in Influenza Hemagglutinin , în Journal of the American Chemical Society , voi. 131, n. 32, 2009, pp. 11338-11340, DOI : 10.1021 / ja904557w , PMC  2737089 , PMID  19637916 .
  79. ^ Peter M. Kasson, Vijay S. Pande (2009). „Combinarea informațiilor reciproce cu analiza structurală pentru a detecta reziduurile importante din punct de vedere funcțional din hemaglutinină gripală” . Simpozionul Pacificului despre Biocomputing : 492–503. PMC 2811693 . PMID 19209725 .
  80. ^ Vijay Pande (24 februarie 2012). „Plierea proteinelor și infecția virală” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 4 martie 2012.
  81. ^ Vijay Pande (27 februarie 2012). „Noi metode de proiectare computațională a medicamentelor” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 1 aprilie 2012.
  82. ^ Guha Jayachandran, Michael R. Shirts, Sanghyun Park și Vijay S. Pande, Parallelized-over-parts calcul of absolute binding free energy with andocare and molecular dynamics , în The Journal of Chemical Physics , voi. 125, n. 8, 2006, p. 084901, DOI : 10.1063 / 1.2221680 , PMID  16965051 .
  83. ^ Pande lab. „Descrierea proiectului 10721” . Pliabil @ acasă . Universitatea Stanford . Din original pe 20 septembrie 2012. Consultat la 27 septembrie 2011.
  84. ^ a b Gregory Bowman (23 iulie 2012). „Căutarea unor noi ținte de droguri” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Consultat la 27 septembrie 2011.
  85. ^ GR Bowman și PL Geissler, Fluctuațiile de echilibru ale unei singure proteine ​​pliate dezvăluie o multitudine de site-uri alosterice criptice potențiale , în Proceedings of the National Academy of Sciences , voi. 109, n. 29, 2012, pp. 11681-11686, DOI : 10.1073 / pnas.1209309109 , PMC  3406870 , PMID  22753506 .
  86. ^ PM Petrone, CD Snow, D. Lucent și VS Pande, Side-chain recognition and gating in the ribosome exit tunnel , în Proceedings of the National Academy of Sciences , vol. 105, n. 43, 2008, pp. 16549-16554, DOI : 10.1073 / pnas.0801795105 , PMC  2575457 , PMID  18946046 .
  87. ^ Pande lab. „Descrierea proiectului 5765” . Pliabil @ acasă . Universitatea Stanford . Din original pe 20 septembrie 2012. Consultat la 2 decembrie 2011.
  88. ^ a b Pande lab (4 aprilie 2009). „Folding @ home FLOP FAQ” Arhivat 20 noiembrie 2012 la Internet Archive . (FAQ). Pliabil @ acasă . Universitatea Stanford . Arhivat din original la 21 septembrie 2012. Preluat la 8 iulie 2013.
  89. ^ Vijay Pande (18 martie 2009). „FLOPS” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Consultat la 11 octombrie 2011.
  90. ^ a b c Pande lab (actualizat zilnic). „Statistici după clientul OS” . Pliabil @ acasă . Universitatea Stanford . Din original pe 28 noiembrie 2012. Recuperat la 8 iulie 2013.
  91. ^ a b Pande lab (30 mai 2012). „PS3 FAQ” Arhivat 18 august 2013 la Arhiva Internet . (FAQ). Pliabil @ acasă . Universitatea Stanford . Arhivat din original la 21 septembrie 2012. Preluat la 8 iulie 2013.
  92. ^ „Cea mai puternică rețea de calcul distribuită” . Guinnessworldrecords.com . Guinness World Records . 16 septembrie 2007. Original 20 septembrie 2012. Recuperat la 20 septembrie 2012.
  93. ^ „Prezentare generală a creditului combinat BOINC” . BOINCstats.com . Statistici BOINC. Preluat la 20 septembrie 2012.
  94. ^ Vijay Pande (28 noiembrie 2012). „Pagină nouă de raportare a statisticilor serverului” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 28 noiembrie 2012. Consultat la 28 noiembrie 2011.
  95. ^ Shankland, Stephen (22 martie 2002). „Google preia supercomputing” . Știri CNet. Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 20 septembrie 2012.
  96. ^ a b „Futures in Biotech 27: Folding @ home at 1.3 Petaflops” (Interviu, webcast). Castroller.com . CastRoller. 28 decembrie 2007. Original 20 septembrie 2012. Consultat la 20 septembrie 2012.
  97. ^ Google (2007). „Timpul inactiv al computerului tău este prea prețios pentru a fi pierdut” . Arhivat din original la 11 iunie 2008. Preluat la 31 august 2012.
  98. ^ Vijay Pande, Stefan Larson (4 martie 2002). „Actualizări Genome @ home” . 15 aprilie 2004. Din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 20 septembrie 2012.
  99. ^ Vijay Pande (16 septembrie 2007). „Trecerea barierei petaFLOPS” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 28 august 2011.
  100. ^ a b Michael Gross, Folding research recruits unconventional help , în Current Biology , vol. 22, n. 2, 2012, pp. R35 – R38, DOI : 10.1016 / j.cub.2012.01.008 .
  101. ^ „Lista TOP500 - iunie 2007” . top500.org . Top500. iunie 2007. Consultat la 20 septembrie 2012.
  102. ^ „Folding @ home reach 2 Petaflops” . n4g.com . HAVAmedia. 8 mai 2008. Original 20 septembrie 2012. Consultat la 20 septembrie 2012.
  103. ^ „NVIDIA Atinge Monumental Folding @ home Milestone With Cuda” . nvidia.com . Corporația NVIDIA . 26 august 2008. Consultat la 20 septembrie 2012.
  104. ^ „Bariera 3 PetaFLOP” . longecity.org . Longecitatea. 19 august 2008. Din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 20 septembrie 2012.
  105. ^ „Creșterea dosarelor „active” PS3 împinge Folding @ home peste 4 petaflopi!” . team52735.blogspot.com . Blogspot . 29 septembrie 2008. Original 20 septembrie 2012. Consultat la 20 septembrie 2012.
  106. ^ Vijay Pande (18 februarie 2009). „Folding @ home trece de marcajul 5 petaFLOP” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Consultat la 31 august 2011.
  107. ^ „Trecerea barierei celor 5 petaFLOPS” . longecity.org . Longecitatea. 18 februarie 2009. Din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 20 septembrie 2012.
  108. ^ Dragan Zakic (mai 2009). „Community Grid Computing - Studii în sisteme paralele și distribuite” . Colegiul de Științe al Universității Massey . Universitatea Massey . Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 20 septembrie 2012.
  109. ^ William Ito. „O revizuire a progreselor recente în plierea proteinei ab initio de către proiectul Folding @ home” . Universitatea Stanford . Din original pe 22 septembrie 2012. Preluat la 22 septembrie 2012.
  110. ^ „Lista TOP500 - noiembrie 2008” . top500.org . TOP500 . noiembrie 2008. Consultat la 20 septembrie 2012.
  111. ^ Jesse Victors (10 noiembrie 2011). „ Șase PetaFLOPS nativi ”. Pliabil @ acasă . Grupul phpBB . Arhivat din original pe 20 septembrie 2012. Consultat la 11 noiembrie 2011.
  112. ^ a b c d și Pande lab (20 august 2012). „Folding @ home Points FAQ” Arhivat 17 iulie 2012 la Internet Archive . (FAQ). Pliabil @ acasă . Universitatea Stanford . Arhivat din original la 21 septembrie 2012. Preluat la 8 iulie 2013.
  113. ^ Pande lab (23 iulie 2012). „Folding @ home Passkey FAQ” Arhivat 22 septembrie 2012 la Internet Archive . (FAQ). Pliabil @ acasă . Universitatea Stanford . Arhivat din original la 21 septembrie 2012. Preluat la 8 iulie 2013.
  114. ^ a b Peter Kasson (membru al laboratorului Pande) (24 ianuarie 2010). „lansarea viitoare a nucleelor ​​SMP2” . Pliabil @ acasă . Grupul phpBB . Din original pe 20 septembrie 2012. Consultat la 30 septembrie 2011.
  115. ^ a b Pande lab (2012). „Folding @ home page” . Pliabil @ acasă. Universitatea Stanford . URL pe 21 septembrie 2012. Preluat la 8 iulie 2013.
  116. ^ „Forumul oficial pentru Overclocking Extrem Folding @ home Team” . forums.extremeoverclocking.com . Overclocking extrem. Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 20 septembrie 2012.
  117. ^ a b c d e f g Adam L. Beberg, Daniel L. Ensign, Guha Jayachandran, Siraj Khaliq și Vijay S. Pande, Folding @ home: Lecții de la opt ani de calcul distribuit voluntar , în 2009 Simpozionul internațional IEEE privind paralel și Procesare distribuită , 2009, pp. 1-8, DOI : 10.1109 / IPDPS.2009.5160922 , ISBN  978-1-4244-3751-1 .
  118. ^ Norman Chan (6 aprilie 2009). „Ajută echipa de pliere a lui Maximum PC să câștige următoarea provocare pentru cimpanzei!” . Maximumpc.com . Future US, Inc. din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 20 septembrie 2012.
  119. ^ a b c Pande lab (11 iunie 2012). „Întrebări frecvente SMP Folding @ home” Arhivat 22 septembrie 2012 la Arhiva Internet . (FAQ). Pliabil @ acasă . Universitatea Stanford . Arhivat din original la 21 septembrie 2012. Preluat la 8 iulie 2013.
  120. ^ Vijay Pande (5 aprilie 2011). „Mai multă transparență în testare” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Consultat la 14 octombrie 2011.
  121. ^ Bruce Borden (7 august 2011). „Re: Gromacs nu poate continua mai departe” . Pliabil @ acasă . Grupul phpBB . Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 7 august 2011.
  122. ^ PantherX (1 octombrie 2011). „Re: Project 6803: (Run 4, Clone 66, Gen 255)” . Pliabil @ acasă . Grupul phpBB . Din original pe 20 septembrie 2012. Consultat la 9 octombrie 2011.
  123. ^ PantherX (31 octombrie 2010). „Depanarea WU-urilor proaste” . Pliabil @ acasă . Grupul phpBB . Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 7 august 2011.
  124. ^ Carsten Kutzner, David Van Der Spoel, Martin Fechner, Erik Lindahl, Udo W. Schmitt, Bert L. De Groot și Helmut Grubmüller, Speeding up parallel GROMACS on high-latency networks , în Journal of Computational Chemistry , voi. 28, nr. 12, 2007, pp. 2075-2084, DOI : 10.1002 / jcc.20703 , PMID  17405124 .
  125. ^ Berk Hess, Carsten Kutzner, David Van Der Spoel și Erik Lindahl, GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation , în Journal of Chemical Theory and Computation , voi. 4, nr. 3, 2008, pp. 435-447, DOI : 10.1021 / ct700301q , PMID  26620784 .
  126. ^ Pande lab (19 august 2012). „ Întrebări frecvente despre Gromacs Folding @ home ” (Întrebări frecvente). Pliabil @ acasă . Universitatea Stanford . Arhivat din original la 21 septembrie 2012. Preluat la 8 iulie 2013.
  127. ^ Pande lab (7 august 2012). „Folding @ home Index de întrebări frecvente (FAQ)” Arhivat 15 iulie 2013 la Internet Archive .. Folding @ home . Universitatea Stanford . Arhivat din original la 21 septembrie 2012. Preluat la 8 iulie 2013.
  128. ^ Vijay Pande (25 septembrie 2009). „Actualizare cu noile nuclee și clienți FAH” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 24 februarie 2012.
  129. ^ a b Accelerarea simulării dinamice moleculare pe unități de procesare grafică , în Journal of Computational Chemistry , voi. 30, n. 6, 2009, pp. 864-872, DOI : 10.1002 / jcc.21209 , PMC 2724265 , PMID 19191337 .   
  130. ^ Pande lab (19 august 2012). „Folding @ home Petaflop Initiative”
  131. ^ a b Pande lab (10 februarie 2011). „Ghid de instalare a clientului Windows Uniprocessor” Arhivat pe 20 noiembrie 2012 la Internet Archive . (Ghiduri). Pliabil @ acasă . Universitatea Stanford . Arhivat din original la 21 septembrie 2012. Preluat la 8 iulie 2013.
  132. ^ PantherX (2 septembrie 2010). „Re: Folding @ home poate deteriora orice parte a computerului meu?” . Pliabil @ acasă . Grupul phpBB . Din original pe 20 septembrie 2012. Consultat la 25 februarie 2012.
  133. ^ a b c Vijay Pande (17 iunie 2009). „Cum se fac dezvoltarea codului FAH și administratorul de sistem?” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Consultat la 14 octombrie 2011.
  134. ^ Pande lab (30 mai 2012). „Ghidul de dezinstalare Folding @ home” Arhivat 17 iulie 2012 la Internet Archive . (Ghiduri). Pliabil @ acasă . Universitatea Stanford . Arhivat din original la 21 septembrie 2012. Preluat la 8 iulie 2013.
  135. ^ a b Folding @ dezvoltatori acasă. „Depozitul codului sursă FAHControl” Arhivat la 12 decembrie 2012 la Archive.is .. Universitatea Stanford . Preluat la 15 octombrie 2012.
  136. ^ Pande lab. „Folding @ home Distributed Computing Client” Arhivat 26 iunie 2012 la Internet Archive .. Folding @ home . Universitatea Stanford . Arhivat din original la 21 septembrie 2012. Preluat la 8 iulie 2013.
  137. ^ Vijay Pande (28 iunie 2008). „Folding @ home’s End User License Agreement (EULA)” . Pliabil @ acasă . Din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 15 mai 2012.
  138. ^ unikaser (7 august 2011). „FoldingAtHome” . Documentația Ubuntu . help.ubuntu.com. Din original pe 22 septembrie 2012. Preluat la 22 septembrie 2012.
  139. ^ Phineus RL Markwick și J. Andrew McCammon, Studierea dinamicii funcționale în bio-molecule folosind dinamica moleculară accelerată , în Physical Chemistry Chemical Physics , voi. 13, n. 45, 2011, pp. 20053-65, DOI : 10.1039 / C1CP22100K , PMID  22015376 .
  140. ^ M. Cămăși și VS Pande, COMPUTING: Screen Saver-urile lumii Unite! , în Science , voi. 290, n. 5498, 2000, pp. 1903-1904, DOI : 10.1126 / science.290.5498.1903 , PMID  17742054 .
  141. ^ Pande lab. „Folding @ home Rezumat executiv” . Pliabil @ acasă . Universitatea Stanford . Din original pe 21 septembrie 2012. Consultat la 4 octombrie 2011.
  142. ^ Rattledagger, Vijay Pande (1 aprilie 2005). „Client pliabil @ home pentru BOINC în versiune beta” în curând „” . Boarddigger.com . AnandTech . Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 20 septembrie 2012.
  143. ^ a b c Pande lab (30 mai 2012). „Întrebări frecvente de înaltă performanță” Arhivat 19 august 2012 la Arhiva Internet . (FAQ). Pliabil @ acasă . Universitatea Stanford . Arhivat din original la 21 septembrie 2012. Preluat la 8 iulie 2013.
  144. ^ John D. Owens, David Luebke, Naga Govindaraju, Mark Harris, Jens Krüger, Aaron E. Lefohn și Timothy J. Purcell, A Survey of General-Purpose Computation on Graphics Hardware , în Computer Graphics Forum , vol. 26, 2007, pp. 80-113, DOI : 10.1111 / j.1467-8659.2007.01012.x .
  145. ^ Peter Eastman și Vijay Pande, OpenMM: A Hardware-Independent Framework for Molecular Simulations , în Computing in Science & Engineering , vol. 12, nr. 4, 2010, pp. 34-39, DOI : 10.1109 / MCSE.2010.27 , PMC  4486654 , PMID  26146490 .
  146. ^ Imran S. Haque și Vijay S. Pande, Hard Data on Soft Errors: A Large-Scale Assessment of Real-World Error Rates in GPGPU , în 2010 A 10-a Conferință Internațională IEEE / ACM privind Cluster, Cloud and Grid Computing , 2010, pp. . 691-696, DOI : 10.1109 / CCGRID.2010.84 , ISBN  978-1-4244-6987-1 .
  147. ^ a b c Pande lab (18 martie 2011). „ Întrebări frecvente ATI ” (Întrebări frecvente). Pliabil @ acasă . Universitatea Stanford . Arhivat din original la 21 septembrie 2012. Preluat la 8 iulie 2013.
  148. ^ Vijay Pande (23 mai 2008). „Știri GPU (despre suportul GPU1, GPU2 și NVIDIA)” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 8 septembrie 2011.
  149. ^ Travis Desell, Anthony Waters, Malik Magdon-Ismail, Boleslaw K. Szymanski, Carlos A. Varela, Matthew Newby, Heidi Newberg, Andreas Przystawik și David Anderson (2009). „ Accelerarea proiectului de calcul voluntar MilkyWay @ Home cu GPU-uri” . A 8-a Conferință Internațională de Procesare Paralelă și Matematică Aplicată (PPAM 2009) Partea I. pp. 276–288. doi: 10.1.1.158.7614 . ISBN 978-3-642-14389-2 .
  150. ^ Vijay Pande (15 aprilie 2008). „Actualizările paginii de descărcare/GPU2 sunt disponibile” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Arhivat din original pe 20 septembrie 2012. Consultat la 7 septembrie 2011.
  151. ^ Vijay Pande (11 aprilie 2008). „GPU2 open beta merge bine” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 7 septembrie 2011.
  152. ^ a b Vijay Pande (24 aprilie 2010). „Pregătirea pentru lansarea GPU3: clienții noi și clienții GPU NVIDIA FAH vor avea (în viitor) nevoie de CUDA 2.2 sau o versiune ulterioară” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 8 septembrie 2011.
  153. ^ Joseph Coffland (CEO al Cauldron Development LLC și dezvoltator principal la Folding @ home) (13 octombrie 2011). „Re: FAHClient V7.1.38 lansat (al patrulea Open-Beta)” . Pliabil @ acasă . Grupul phpBB . Din original pe 20 septembrie 2012. Consultat la 15 octombrie 2011.
  154. ^ „Ghid de instalare NVIDIA GPU3 Linux / Wine Headless” . Pliabil @ acasă . Grupul phpBB . 8 noiembrie 2008. Din original la 20 septembrie 2012. Recuperat la 5 septembrie 2011.
  155. ^ a b Edgar Luttmann, Daniel L. Ensign, Vishal Vaidyanathan, Mike Houston, Noam Rimon, Jeppe Øland, Guha Jayachandran, Mark Friedrichs și Vijay S. Pande, Accelerating molecular dynamic simulation on the cell processor and Playstation 3 , în Journal of Computational Chimie , voi. 30, n. 2, 2009, pp. 268-274, DOI : 10.1002 / jcc.21054 , PMID  18615421 .
  156. ^ a b David E. Williams (20 octombrie 2006). „Partea serioasă a PlayStation: lupta împotriva bolii” . CNN. Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 20 septembrie 2012.
  157. ^ Jerry Liao (23 martie 2007). „The Home Cure: PlayStation 3 pentru a ajuta la studiul cauzelor cancerului” . mb.com . Manila Bulletin Publishing Corporation. Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 20 septembrie 2012.
  158. ^ Lou Kesten, Associated Press (26 martie 2007). „Săptămâna de știri despre jocuri video: „God of War II” asaltează PS2; un proiect de cercetare PS3” . Post-Gazette.com ( Pittsburgh Post-Gazette ). Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 20 septembrie 2012.
  159. ^ Elaine Chow (18 septembrie 2008). „Serviciul de știri PS3, viața cu Playstation, acum disponibil pentru descărcare” . Gizmodo.com . Gizmodo . Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 20 septembrie 2012.
  160. ^ Vijay Pande (18 septembrie 2008). „Life with Playstation - o nouă actualizare pentru clientul FAH / PS3” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 24 februarie 2012.
  161. ^ Eric Lempel (21 octombrie 2012). „Actualizare software de sistem PS3 (v4.30)” . Blogul PlayStation . Sony . Din original pe 21 octombrie 2012. Preluat la 21 octombrie 2012.
  162. ^ „Încheierea vieții cu PlayStation” . Viața cu PlayStation . Sony . 6 noiembrie 2012. Din originalul 8 noiembrie 2012. Recuperat la 8 noiembrie 2012.
  163. ^ a b Vijay Pande (15 iunie 2008). „Ce face nucleul SMP?” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 7 septembrie 2011.
  164. ^ Daniel L. Ensign, Peter M. Kasson și Vijay S. Pande, Heterogeneity Even at the Speed ​​​​Limit of Folding: Large-scale Molecular Dynamics Study of a Fast-folding Variant of the Villin Headpiece , în Journal of Molecular Biology , vol. 374, n. 3, 2007, pp. 806-816, DOI : 10.1016 / j.jmb.2007.09.069 , PMC  3689540 , PMID  17950314 .
  165. ^ a b Vijay Pande (8 martie 2008). „Client Windows nou / dezvoltare de bază (clienți SMP și clasici)” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Consultat la 30 septembrie 2011.
  166. ^ a b Peter Kasson (membru al laboratorului Pande) (15 iulie 2009). „nouă versiune: unități de lucru extra-mari” . Pliabil @ acasă . Grupul phpBB . Din original pe 20 septembrie 2012. Consultat la 9 octombrie 2011.
  167. ^ Vijay Pande (7 februarie 2012). „Actualizare pe „bigadv-16”, noua lansare bigadv” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 9 februarie 2012.
  168. ^ Vijay Pande (2 iulie 2011). „Modificarea sistemului de puncte pentru unitățile de lucru bigadv” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 24 februarie 2012.
  169. ^ a b Pande lab (23 martie 2012). „Ghid de instalare Windows (FAH V7)” Arhivat 28 octombrie 2012 la Internet Archive . (Ghiduri). Pliabil @ acasă . Universitatea Stanford . Arhivat din original la 21 septembrie 2012. Preluat la 8 iulie 2013.
  170. ^ a b c Vijay Pande (29 martie 2011). „Versiunea client 7 acum în versiune beta deschisă” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 14 august 2011.
  171. ^ Vijay Pande (31 martie 2011). „A fost lansat Core 16 pentru ATI; notă și despre suportul pentru GPU NVIDIA pentru plăci mai vechi” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 7 septembrie 2011.
  172. ^ Vijay Pande (22 martie 2012). „Renovarea paginii web și lansarea v7” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 22 martie 2012.
  173. ^ aschofield și jcoffland (3 octombrie 2011). „Ticket # 736 (Link către GPL în FAHControl)” . Pliabil @ acasă . Trac. Din original pe 12 octombrie 2012. Recuperat la 12 mai 2012.
  174. ^ Marc F. Lensink, Raúl Méndez și Shoshana J. Wodak, Complexe de proteine ​​de andocare și de scor: ediția a 3-a CAPRI , în Proteine: Structură, funcție și bioinformatică , voi. 69, n. 4, 2007, pp. 704-718, DOI : 10.1002 / prot. 21804 , PMID  17918726 .
  175. ^ Gregory R. Bowman și Vijay S. Pande, Temperarea simulată oferă o perspectivă asupra funcțiilor de scoring Rosetta cu rezoluție scăzută , în Proteine: Structure, Function, and Bioinformatics , voi. 74, n. 3, 2009, pp. 777-788, DOI : 10.1002 / prot. 22210 , PMID  18767152 .
  176. ^ Gregory R. Bowman și Vijay S. Pande, The Roles of Entropy and Kinetics in Structure Prediction , în PLOS ONE , vol. 4, nr. 6, 2009, pp. e5840, DOI : 10.1371 / journal.pone.0005840 , PMC  2688754 , PMID  19513117 .
  177. ^ Gen_X_Accord, Vijay Pande (11 iunie 2006). „Folding @ home vs Rosetta @ home” . Rosetta @ forumuri de acasă. Universitatea din Washington . Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 20 septembrie 2012.
  178. ^ Vijay Pande (13 octombrie 2011). „Comparație între abordările lui FAH și Anton” . Pliabil @ acasă . typepad.com . Din original pe 20 septembrie 2012. Consultat la 25 februarie 2012.
  179. ^ a b c Thomas J. Lane, Gregory R. Bowman, Kyle Beauchamp, Vincent A. Voelz și Vijay S. Pande, Markov State Model Reveals Folding and Functional Dynamics in Ultra-Long MD Trajectories , în Journal of the American Chemical Society , vol. 133, n. 45, 2011, pp. 18413-18419, DOI : 10.1021 / ja207470h , PMC  3227799 , PMID  21988563 .
  180. ^ David E. Shaw, Kevin J. Bowers, Edmond Chow, Michael P. Eastwood, Douglas J. Ierardi, John L. Klepeis, Jeffrey S. Kuskin, Richard H. Larson, Kresten Lindorff-Larsen, Paul Maragakis, Mark A. Moraes, Ron O. Dror, Stefano Piana, Yibing Shan, Brian Towles, John K. Salmon, JP Grossman, Kenneth M. MacKenzie, Joseph A. Bank, Cliff Young, Martin M. Deneroff și Brannon Batson, dinamica moleculară la scară milisecundă simulări pe Anton , în Proceedings of the Conference on High Performance Computing Networking, Storage and Analysis - SC '09 , 2009, p. 1, DOI : 10.1145 / 1654059.1654099 , ISBN  978-1-60558-744-8 .
  181. ^ DE Shaw, P. Maragakis, K. Lindorff-Larsen, S. Piana, RO Dror, MP Eastwood, JA Bank, JM Jumper, JK Salmon, Y. Shan și W. Wriggers, Atomic-Level Characterization of the Structural Dynamics of Proteine , în Science , voi. 330, nr. 6002, 2010, pp. 341-346, DOI : 10.1126 / science.1187409 , PMID  20947758 .
  182. ^ David E. Shaw, Jack C. Chao, Michael P. Eastwood, Joseph Gagliardo, JP Grossman, C. Richard Ho, Douglas J. Lerardi, István Kolossváry, John L. Klepeis, Timothy Layman, Christine McLeavey, Martin M. Deneroff , Mark A. Moraes, Rolf Mueller, Edward C. Priest, Yibing Shan, Jochen Spengler, Michael Theobald, Brian Towles, Stanley C. Wang, Ron O. Dror, Jeffrey S. Kuskin, Richard H. Larson, John K. Salmon , Cliff Young, Brannon Batson și Kevin J. Bowers, Anton, o mașină specială pentru simularea dinamicii moleculare , în Communications of the ACM , vol. 51, nr. 7, 2008, p. 91, DOI : 10.1145 / 1364782.1364802 .
  183. ^ Ron O. Dror, Robert M. Dirks, JP Grossman, Huafeng Xu și David E. Shaw, Biomolecular Simulation: A Computational Microscope for Molecular Biology , în Annual Review of Biophysics , voi. 41, 2012, pp. 429-452, DOI : 10.1146 / annurev-biophys-042910-155245 , PMID  22577825 .
  184. ^ TJ Lane (membru al laboratorului Pande) (6 iunie 2011). „Proiectul 7610 și 7611 în versiune beta” . Pliabil @ acasă . Grupul phpBB . Din original pe 20 septembrie 2012. Preluat la 25 februarie 2012. (Este necesară înregistrarea)
  185. ^ Pande lab. „Descrierea proiectului 7610” . Pliabil @ acasă . Din original pe 20 septembrie 2012. Recuperat la 26 februarie 2012.

Articole înrudite

Alte proiecte

Link- uri externe

Preluat de la " https://it.wikipedia.org/w/index.php?title=Folding@home&oldid=128939948 "