PhyloCode

De International Code of Phylogenetic Nomenclature, afgekort tot PhyloCode door de Engelse naam, is een concept in ontwikkeling voor de formele set van regels voor de fylogenetische nomenclatuur . De huidige versie is specifiek ontworpen om de naamselectie voor clades te reguleren , waardoor het bestuur van soortnamen in de handen van op rang gebaseerde nomenclatuurcodes ( ICN , ICZN , ICNB , ICTV ).

De PhyloCode is geassocieerd met de International Society for Phylogenetic Nomenclature (ISPN). Het begeleidende deel, Phylonyms, vestigt een naam voor 300 taxa onder de voorgestelde regels voor de PhyloCode , en dient als voorbeeld voor degenen die niet bekend zijn met de code. RegNum is een bijbehorende online database voor fylogenetische namen. ]

De PhyloCode stelt voor om de fylogenetische nomenclatuur te reguleren door regels te geven over hoe te beslissen welke associaties van namen en definities als gevestigd moeten worden beschouwd, welke hiervan als homoniemen of synoniemen moeten worden beschouwd en welke van een een reeks synoniemen of homoniemen wordt als geaccepteerd beschouwd (meestal degene die het eerst is geregistreerd; zie hieronder). De PhyloCode staat alleen het benoemen van clades toe , geen parafyletische of polyfyletische groepen, en staat alleen het gebruik van specimens , soorten en apomorfieën als specificeerders toe. ]

Fylogenetische nomenclatuur

In tegenstelling tot op rang gebaseerde nomenclatuurcodes ( ICN , ICZN , ICNB ), vereist de PhyloCode niet het gebruik van taxonomische rangen , hoewel het optioneel het gebruik ervan toestaat. ​ Op rang gebaseerde codes definiëren taxa met behulp van een rang (zoals geslacht , familie , enz.) en, in veel gevallen, een type-exemplaar . De exacte inhoud van een taxon, anders dan het type, wordt niet gespecificeerd door op bereik gebaseerde codes.

Hieronder volgen voorbeelden van fylogenetische definities (hoofdletters geven specificeerders aan): ]

• Node-gebaseerd : "de clade die afkomstig is van de meest recente gemeenschappelijke voorouder van A en B" of "de minst omvattende clade die A en B bevat".
• Branch- based : "de clade bestaande uit A en alle organismen of soorten die een recentere gemeenschappelijke voorouder delen met A dan met Z" of "de meest omvattende clade die A bevat, maar geen Z." Een andere term voor dergelijke definities is root-based .
• Gebaseerd op apomorfie : "de clade die afkomstig is van het eerste organisme of de eerste soort die de apomorfie M bezit die is geërfd door A."

Er zijn ook andere soorten definities mogelijk, waarbij niet alleen rekening wordt gehouden met de fylogenetische relaties en apomorfieën van de organismen, maar ook met het al dan niet bestaan ​​van verwante organismen.

De volgende tabel geeft voorbeelden van fylogenetische definities van clades die ook rangen hebben in de traditionele nomenclatuur. Wanneer alle specificeerders in een op knooppunten gebaseerde definitie bestaande exemplaren of soorten zijn, zoals in de volgende Mammalia -definitie, wordt een eindgroep gedefinieerd . (De traditionele definitie van Mammalia is minder beperkend en omvat enkele fossiele groepen buiten de terminale groep.) ]

Naam	Bereik	Jongen	Mogelijke fylogenetische definitie
Tyrannosaurus	Familie	Tyrannosaurus Osborn 1905	Minder inclusieve clade met Tyrannosaurus rex Osborn 1905, Gorgosaurus libratus Lambe 1914 en Albertosaurus sarcofaag Osborn 1905
zoogdieren	Klas	Nvt	Clade afkomstig van de meest recente gemeenschappelijke voorouder van de mens, Homo sapiens Linnaeus 1758 en vogelbekdieren, Ornithorhynchus anatinus Shaw 1799
Rodentia	Bestellen	Nvt	De meest inclusieve clade met daarin de huismuis, Mus musculus Linnaeus 1758, maar niet het bergkonijn, Sylvilagus floridanus Allen 1890
Neornithes (moderne vogels)	subklasse	Nvt	Clade afkomstig van de meest recente gemeenschappelijke voorouder van bestaande leden van de meer inclusieve clade met daarin de huismus Passer domesticus Linnaeus 1758, maar niet de dinosaurus Stegosaurus armatus Marsh 1887
tetrapod	superklasse	Nvt	Clade die afkomstig is van de vroegste voorouder waarvan Homo sapiens Linnaeus 1758 ledematen met vingers of tenen heeft geërfd

Versies

Het PhyloCode -concept heeft verschillende revisies ondergaan. Alle eerdere versies zijn terug te vinden op de website . Vanaf januari 2020 is de huidige versie 5, voltooid in januari 2014 en gepubliceerd op 21 januari 2019.

Organisatie

Net als bij andere nomenclatuurcodes, zijn de regels van de PhyloCode georganiseerd als artikelen, die op hun beurt zijn georganiseerd als hoofdstukken. Elk artikel kan ook notities, voorbeelden en aanbevelingen bevatten.

Inhoudsopgave

• Voorwoord (inclusief geciteerde literatuur )
• Preambule
• Afdeling I. Principes
• Divisie II. Reglement
  • Hoofdstuk I. Taxa (Artikelen 1-3)
  • Hoofdstuk II. Publicatie (Artikelen 4-5)
  • Hoofdstuk III. Namen (Artikelen 6-8)
  • Hoofdstuk IV. Clade-namen (Artikelen 9-11)
  • Hoofdstuk V. Selectie van gevestigde namen (art. 12 t/m 15)
  • Hoofdstuk VI. Bepalingen voor hybriden (Art. 16)
  • Hoofdstuk VII. Spelling (Artikelen 17-18)
  • Hoofdstuk VIII. Auteurschap van namen (Art. 19)
  • Hoofdstuk IX. Vermelding van auteurs en registratienummers (Art. 20)
  • Hoofdstuk X. Namen van de soorten (Art. 21)
  • Hoofdstuk XI. Bestuur (Art. 22)
• Woordenlijst
• Borden
• bijlagen
  • Bijlage A. Registratieprocedures en gegevensvereisten
  • Bijlage B. Ethische code

Registratiedatabase

Eenmaal geïmplementeerd, zal PhyloCode worden gekoppeld aan een registerdatabase, RegNum genaamd, waarin alle clade-namen en -definities worden opgeslagen die als acceptabel worden beschouwd. Dit zal naar verwachting een openbaar-gebruikstool opleveren voor het associëren van clade-namen met definities, die vervolgens via fylogenetische boomdatabases (zoals TreeBASE) kunnen worden geassocieerd met subtaxa- sets of -specimens.

Zoals momenteel gepland, zal het belangrijkste gebruik van RegNum echter de beslissing zijn welke van de verschillende synoniemen of homoniemen als geaccepteerd zal worden beschouwd: degene met het laagste registratienummer, behalve in bewaargevallen.

Geschiedenis

(Verkort uit het PhyloCode- voorwoord ) ]

De PhyloCode is ontstaan ​​uit een workshop aan de Harvard University in augustus 1998, waar beslissingen werden genomen over de reikwijdte en inhoud ervan. Veel van de deelnemers aan de workshop, samen met een aantal anderen die later bij het project kwamen, fungeerden als adviesgroep. In april 2000 werd een conceptversie op het web geplaatst en werd om commentaar gevraagd van de wetenschappelijke gemeenschap.

In juli 2002 vond een tweede workshop plaats aan de Yale University , waar enkele wijzigingen in de PhyloCode- regels en -aanbevelingen werden aangebracht . Van tijd tot tijd zijn er ook andere herzieningen doorgevoerd.

De eerste internationale bijeenkomst over fylogenetische nomenclatuur, die plaatsvond van 6 juli 2004 tot 9 juli 2004 in Parijs , Frankrijk , werd bijgewoond door ongeveer 70 evolutionaire en systematische biologen uit 11 landen. Dit was de eerste meerdaagse open conferentie die zich volledig op de fylogenetische nomenclatuur concentreerde en vormde de locatie voor de inhuldiging van een nieuwe vereniging, de International Society for Phylogenetic Nomenclature (ISPN). ISPN-leden kiezen het Comité voor fylogenetische nomenclatuur (CPN), dat de rol op zich heeft genomen van de adviesgroep die toezicht hield op de vroege stadia van de ontwikkeling van de PhyloCode.

De tweede internationale bijeenkomst over fylogenetische nomenclatuur vond plaats van 28 juni 2006 tot 2 juli 2006 aan de Yale University ( New Haven , Connecticut , VS). ]

De derde internationale bijeenkomst over fylogenetische nomenclatuur vond plaats van 21 juli 2008 tot 22 juli 2008 aan de Dalhousie University ( Halifax , Nova Scotia , Canada). ]

Invloeden

De theoretische basis voor de PhyloCode werd ontwikkeld in een reeks artikelen van Queiroz en Gauthier, die werd verwacht door eerdere suggesties dat de naam van een taxon zou kunnen worden gedefinieerd door te verwijzen naar een onderdeel van een fylogenetische boom . ]

Waar mogelijk gebruikten de PhyloCode -schrijvers het BioCode- concept als een model, dat probeerde de op bereik gebaseerde benadering te verenigen in een enkele code. Zo zijn de organisatie van de PhyloCode , een deel van zijn terminologie en de formulering van bepaalde regels afgeleid van de BioCode . Andere regels zijn afgeleid van een of meer van de op rang gebaseerde codes, met name de botanische en zoölogische codes. Veel PhyloCode -regels hebben echter geen tegenhanger in een code die is gebaseerd op taxonomische rangen vanwege fundamentele verschillen in de onderliggende definities van de alternatieve systemen.

Toekomst

De PhyloCode is controversieel en heeft geleid tot veel kritiek van sommige taxonomen. Hoewel het tientallen jaren geleden werd gelanceerd, is het aantal voorstanders van de wijdverbreide acceptatie van de PhyloCode nog steeds klein. Hoewel Phylonym in het voorjaar van 2020 werd uitgebracht, is het onduidelijk hoe de code zal worden geïmplementeerd en hoe breed deze zal worden gevolgd. Sommige aanhangers zijn van mening dat het, althans in eerste instantie, alleen moet worden geïmplementeerd als een reeks regels die de bijbehorende registerdatabase, RegNum , vergezellen, en dat acceptatie door de wetenschappelijke gemeenschap kan komen van de popularisering van RegNum als een hulpprogramma om clade-namen te vinden en definities.

Een lijst met gepubliceerde kritieken op de PhyloCode is te vinden op de ISPN-website , evenals een lijst met weerleggingen.

Literatuur

• Anderson, JS (2002). "Gebruik van bekende namen in de fylogenetische nomenclatuur: een antwoord op Laurin". Syst. Biol.51 (5): 822-827 . PMID  12396594 . doi : 10.1080/10635150290102447 . 
• Baum, DA; W.S. Alverson; R. Nyffeler (1998). "Een durian met een andere naam: taxonomie en nomenclatuur van de kern Malvales". Harvard Papers in Botany 3 : 315-330. ISSN  1043-4534 . 
• Benton, MJ (2000). "Stengels, knopen, kroonplaten en rangloze lijsten: is Linnaeus dood?" . Biologische beoordelingen 75 (4): 633-648. ISSN  0006-3231 . PMID  11117201 . doi : 10.1111/j.1469-185X.2000.tb00055.x . Gearchiveerd van het origineel op 5 juni 2011. 
• Cantino, Philip D. (2000). "Fylogenetische nomenclatuur: het aanpakken van een aantal zorgen". Taxon (International Association for Plant Taxonomy (IAPT)) 49 (1): 85-93. doi : 10.2307/1223935 . 
• Cantino, Philip D. (2004). "Het classificeren van soorten versus het benoemen van clades". Taxon (Internationale Vereniging voor Plantentaxonomie (IAPT)) 53 (3): 795-798. doi : 10.2307/4135453 . 
• Timmerman, JM (2003). "Kritiek van pure dwaasheid". De botanische recensie 69 (1): 79-92. ISSN  0006-8101 . doi : 10.1663/0006-8101(2003)069[0079:COPF]2.0.CO;2 . 
• de Queiroz, K. (1992). "Fylogenetische definities en taxonomische filosofie". Biol. Philos. 7 (3):295-313. doi : 10.1007/BF00129972 . 
• de Queiroz, K. (2006). "De PhyloCode en het onderscheid tussen taxonomie en nomenclatuur". Syst. Biol.55 (1): 160-162 . PMID  16507533 . doi : 10.1080/10635150500431221 . 
• de Queiroz, K.; PD Cantino (2001). "Fylogenetische nomenclatuur en de PhyloCode". Stier. Zool. nomencl. 58 : 254-271. ISSN  0007-5167 . 
• de Queiroz, K.; J. Gauthier (1990). Fylogenie als centraal principe in taxonomie: fylogenetische definities van taxonnamen. Syst. Zool. (Vereniging van Systematische Biologen) 39 (4): 307-322. doi : 10.2307/2992353 . 
• de Queiroz, K.; J. Gauthier. (1992). "Fylogenetische taxonomie". Ann. ds. Ecol. Syst. 23 : 449-480. ISSN  0066-4162 . doi : 10.1146/annurev.es.23.110192.002313 . 
• de Queiroz, K.; J. Gauthier (1994). "Naar een fylogenetisch systeem van biologische nomenclatuur". Trends Ecol. evolueren. 9 (1):27-31. PMID  21236760 . doi : 10.1016/0169-5347(94)90231-3 . 
• Dominguez, E.; QD Wheeler (1997). Taxonomische stabiliteit is onwetendheid. Cladistiek 13 (4): 367-372. ISSN  -0748-3007 . doi : 10.1006/clad.1997.0050 . 
• Donoghue, MJ; JA Gauthier (2004). "Het implementeren van de PhyloCode". Trends Ecol. evolueren. 19 (6):281-282. PMID  16701272 . doi : 10.1016/j.tree.2004.04.004 . 
• Gauthier, J.; K. de Queiroz (2001). «Gevederde dinosaurussen, vliegende dinosaurussen, kroondinosaurussen en de naam " Aves "». In J.A. Gauthier; LF Gall, red. Nieuwe perspectieven op de oorsprong en vroege evolutie van vogels: werkzaamheden van het internationale symposium ter ere van John H. Ostrom . New Haven, Connecticut, VS: Peabody Museum of Natural History, Yale University. blz. 7-41 pagina's 
• Laurin, M. (2005). "Zeg oui au PhyloCode!" (PDF-volledige tekst) . Stier. Soc. Pater Syst. 34 : 25-31. ISSN  1240-3253 . Gearchiveerd van het origineel op 8 augustus 2007. 
• Laurin, M.; Philip D. Cantino (2004). "First International Phylogenetic Nomenclature Meeting: een verslag". Zool. Scr. 33 (5):475-479. doi : 10.1111/j.0300-3256.2004.00176.x . 
• Laurin, M.; K. de Queiroz; Philip D. Cantino (2006). "Betekenis en stabiliteit van taxonnamen". Zool. Scr. 35 (1): 113-114. doi : 10.1111/j.1463-6409.2006.00219.x . 
• Nordal, ik.; B.Stedje (2005). "Brieven aan de redacteur: parafyletische taxa moeten worden geaccepteerd" (PDF fulltext) . Taxon 54 (1): 5-6. ISSN  0040-0262 . doi : 10.2307/25065296 . Gearchiveerd van het origineel op 28 februari 2006.  inclusief voorstel, maar zonder de 150 ondersteunende ondertekenaars
• Rieppel, O. (2006). "De PhyloCode: een kritische bespreking van de theoretische basis". Cladistiek 22 (2): 186-197. doi : 10.1111/j.1096-0031.2006.00097.x . 
• Sereen, PC (1999). "Definities in fylogenetische taxonomie: kritiek en rationale". Syst. Biol.48 (2): 329-351 . PMID  12066711 . doi : 10.1080/106351599260328 . 
• Sereen, PC (2005). "De logische basis van de fylogenetische taxonomie". Syst. Biol.54 (4): 595-619 . PMID  16109704 . doi : 10.1080/106351591007453 . 

Externe links

• De PhyloCode (huidige versie)
• Internationale Vereniging voor Fylogenetische Nomenclatuur
• Discussieforum International Society for Phylogenetic Nomenclature
• Literatuur over fylogenetische nomenclatuur
• Christine Soares, What's in a Name? , Scientific American , (november 2004).
• PhyloCode-discussie
• Wat als we besluiten om elk levend wezen op aarde een nieuwe naam te geven? , Ontdekkingsmagazine , (28.04.2005)