Webtag - Webtag
Webtag è uno strumento bioinformatico in linea che fornisce sequenze oligonucleotidiche (solitamente chiamate tag o ancore) che sono assenti da un genoma specificato . Questi tag possono essere aggiunti a primer specifici del gene per esperimenti di reazione a catena della polimerasi della trascrittasi inversa ( RT-PCR ), aggirando la contaminazione del DNA genomico .
sfondo
RT-PCR è una tecnica utilizzata per il rilevamento di trascritti di mRNA con copie anche molto basse . La sensibilità della tecnica lo rende anche suscettibile alla contaminazione del DNA. Poiché la PCR non è in grado di distinguere tra target di cDNA e contaminazione da DNA genomico, sono possibili falsi positivi e / o risultati quantitativi errati.
Al fine di superare la contaminazione del DNA genomico negli studi trascrizionali, viene utilizzata la reazione a catena della polimerasi specifica del modello inverso, una modifica della RT-PCR. La possibilità di utilizzare tag le cui sequenze non si trovano nel genoma migliora ulteriormente gli esperimenti di reazione a catena della polimerasi specifica inversa. L'uso di ancore, o tag, nella regione 5 'di un primer specifico del gene o di una coda poli-T consente l'amplificazione specifica dell'RNA e costituisce una strategia praticabile. Tecniche come RS-PCR e (EXACT) RT-PCR si basano sull'integrazione di tali tag (sequenze uniche non presenti nel DNA genomico) all'estremità 5 'del primo filamento di cDNA, consentendo l'amplificazione specifica dell'RNA senza perdita di sensibilità .
Webtag
Questo servizio basato sul Web si basa sullo strumento Tagenerator, ma è molto veloce perché tutti i tag sono pre-generati e memorizzati in un database. È anche un miglioramento significativo poiché Webtag tiene conto delle interazioni del tag con i primer da utilizzare nell'esperimento. Averlo come servizio basato sul web significa anche che il biologo molecolare non deve scaricare e installare software con tutte le dipendenze sul proprio computer.
Webtag genera tag che combinano l'assenza del genoma con buone proprietà di innesco per esperimenti basati su RT-PCR. L'uso di tali tag non determinerà deliberatamente l'amplificazione PCR del DNA genomico, consentendo l'amplificazione esclusiva del cDNA, aggirando quindi gli effetti della contaminazione del DNA genomico in un campione di RNA.
