Webtag - Webtag
Webtag ist ein On-line Bioinformatics Bereitstellen Werkzeug Oligonukleotids Sequenzen ( in der Regel - Tags oder Anker genannt) , die von einem bestimmten fehlen Genom . Diese Tags können angehängt werden Gene spezifische Primer für die reverse Transkriptase - Polymerase - Kettenreaktion ( RT-PCR ) -Experimente, Umgehen genomische DNA Kontamination.
Hintergrund
Die RT-PCR ist eine Technik, die zum Nachweis von mRNA- Transkripten mit sehr geringer Kopie verwendet wird . Die Empfindlichkeit der Technik macht sie auch anfällig für DNA-Kontamination. Da die PCR nicht zwischen cDNA- Zielen und genomischer DNA-Kontamination unterscheiden kann, sind falsch positive und / oder fehlerhafte quantitative Ergebnisse möglich.
Um die genomische DNA-Kontamination in Transkriptionsstudien, der reversen templatspezifischen Polymerasekettenreaktion, zu überwinden, wird eine Modifikation der RT-PCR verwendet. Die Möglichkeit, Tags zu verwenden, deren Sequenzen nicht im Genom gefunden werden, verbessert die Experimente zur reversen spezifischen Polymerasekettenreaktion weiter. Die Verwendung von Ankern oder Tags in der 5'-Region eines genspezifischen Primers oder Poly-T-Schwanzes ermöglicht eine RNA-spezifische Amplifikation und stellt eine praktikable Strategie dar. Techniken wie RS-PCR und (EXACT) RT-PCR basieren auf der Integration solcher Tags (eindeutige Sequenzen, die in genomischer DNA nicht vorhanden sind) in das 5'-Ende der Erststrang-cDNA, was eine RNA-spezifische Amplifikation ohne Empfindlichkeitsverlust ermöglicht .
Webtag
Dieser webbasierte Dienst baut auf dem Tagenerator-Tool auf, ist jedoch sehr schnell, da alle Tags vorgeneriert und in einer Datenbank gespeichert sind. Dies ist auch eine signifikante Verbesserung, da Webtag die Wechselwirkungen des Tags mit den im Experiment zu verwendenden Primern berücksichtigt. Als webbasierter Dienst bedeutet dies auch, dass der Molekularbiologe keine Software mit allen Abhängigkeiten von seinem eigenen Computer herunterladen und installieren muss.
Webtag generiert Tags, die das Fehlen des Genoms mit guten Priming-Eigenschaften für RT-PCR-basierte Experimente kombinieren. Die Verwendung solcher Tags führt absichtlich nicht zu einer PCR-Amplifikation von genomischer DNA, was die ausschließliche Amplifikation von cDNA ermöglicht und somit die Auswirkungen einer genomischen DNA-Kontamination in einer RNA-Probe umgeht.
