Clade

Types de clades.

Un clade (du grec κλάδος [ clados ], « branche ») est le nom donné en cladistique à chacune des branches obtenues après avoir effectué une seule coupe dans l' arbre phylogénétique . Il commence par un ancêtre commun et se compose de tous ses descendants , qui forment une seule branche sur l' arbre de vie . L'ancêtre commun peut être un individu, une population , une espèce , peu importe qu'il soit éteint ou existant, et ainsi de suite jusqu'à atteindre un royaume . Il est également nommé " groupe monophylétique ". ]

Cladogramme montrant un exemple de diversification d'une espèce ancestrale en 3 espèces présentes aujourd'hui. Chaque nœud de l'arbre (comme celui entouré en rouge) représente la divergence d'une lignée ancestrale en deux lignées qui évoluent indépendamment, c'est-à-dire qui subissent leur propre ensemble de changements évolutifs. En barres rouges sont représentées les apomorphies : les nouveaux états du personnage. C'est aussi toute la ramification obtenue en faisant une seule coupe dans le cladogramme, la coupe peut être juste en dessous d'un nœud, dans une apomorphie, ou juste au-dessus du nœud à la base d'une branche. L'ancêtre commun est une population qui n'est pas nécessairement composée d'un seul individu. Il existe d'autres arbres phylogénétiques qui ne sont pas des cladogrammes au sens strict, c'est-à-dire qui utilisent d'autres méthodes au lieu des apomorphies pour estimer leur topologie, bien que des apomorphies puissent être ajoutées ultérieurement.

La divergence est concomitante à l' évolution , de sorte que, étant donné deux espèces quelconques , elles dérivent d'un ancêtre commun plus ou moins éloigné dans le temps. Puisque cette considération est appliquée, l'idéal de la classification biologique est de regrouper les espèces selon leur degré de parenté. Ils sont placés plus près de ceux de l'ancêtre commun le plus proche.

L'étude de la parenté des espèces dans le temps (lignées), l'analyse phylogénétique , est aujourd'hui réalisée à l'aide de méthodes très performantes , telles que la comparaison directe d'ADN, d'ARN, de séquences protéiques et d'autres sources de preuves génétiques : ultrastructure , paléontologie, biochimie. Les arbres phylogénétiques résument ce que l'on sait de l'histoire de l'évolution. Mais ce n'est pas la seule définition du clade.

Historique

Un clade est l'ensemble d'organismes dans les populations actuelles (en orange) qui sont supposés résulter de l'existence de tous les organismes qui forment une séquence à partir d'un ancêtre et de tous ses descendants (en orange et blanc).

En 1957 , Julian Huxley , le biologiste anglais a inventé le mot. Dupuis a dit « Lorsqu'il forgea le terme clade à partir du terme cladogénèse directement emprunté à Rensch, Huxley entendait désigner des unités monophylétiques délimitables ou, plus précisément, des unités monophylétiques de toute grandeur » et deux termes font référence à des affinités phylétiques. La cladistique est une relation «d'ancêtre commun le plus récent» et une relation patristique par ancêtre commun sans autre spécification. Ils assimilent donc une relation cladistique à une relation hennigienne.

Le terme cladiste a été introduit en 1965 ​ et a deux significations différentes. Pour Mayr, le cladogramme des cladistes est le diagramme phylétique de l'école hennigienne. Pour Camin et Sokal, le terme cladogramme est utilisé « pour distinguer un dendrogramme cladistique d'un dendrogramme phénétique que l'on pourrait appeler un phénogramme ». Par conséquent, il existe deux types de cladogrammes : ceux basés sur des attributs et ceux basés sur des objets (c'est-à-dire des constructions phénétiques). ]

Étymologie

Le dendrogramme sur la figure est agglomératif, il existe aussi des dendrogrammes diviseurs, les flèches pointant dans le sens opposé.

Dans certains livres, on peut le trouver défini comme "une séquence d'ancêtre et de tous ses descendants". Les clades ne sont que des constructions faites sur des populations vivantes, et le reste de la séquence des ancêtres et des descendants n'est pas représenté dans les données. De la même manière, appelle le clade hennigien le dendrogramme (un arbre où chaque nœud représente le regroupement de tous les nœuds terminaux qui lui sont connectés, les relations entre nœuds constituent ce qu'on appelle la topologie de l'arbre, et il est représentation picturale d'un processus de regroupement hiérarchique, qu'il soit agglomérant — comme celui de la figure — ou diviseur, avec les flèches en sens inverse) ​ formé par la méthode des apomorphies, et rappelons : soulignent assez fortement qu'un cladogramme hennigien n'est pas un arbre phylogénétique, les cladogrammes n'ont pas d'ancêtres, seulement des espèces vivantes », et utilise la définition d'un clade comme produit d'un groupe monophylétique, où il conjecture un ancêtre commun : « La distinction entre un branche terminale de l'arbre (un clade), par exemple les règnes animal ou fongique, et un segment basal ancestral de l'arbre, tel que les protozoaires et les bactéries (chacun un degré distinctif d'organisation, non un clade), est important surtout lorsqu'il s'agit de discuter de l'extinction et de l'origine des groupes."

Les cladogrammes hennigiens et ceux obtenus par d'autres méthodes (phénogrammes numériques et sans apomorphies) prennent la topologie du regroupement hiérarchique réalisé avec une méthode (donc leur topologie coïncide avec celle d'un dendrogramme), mais lors de la conversion du regroupement hiérarchique (dessiné sous forme de dendrogramme ) en une hypothèse d'évolution, la topologie devient une hypothèse de phylogénie, et ses nœuds sont interprétés différemment. Hennig lui-même pourrait interpréter les nœuds et les branches comme des ancêtres, puisque la topologie coïncide avec celle du dendrogramme dont est issue l'hypothèse de la phylogénie.

Comparaison entre clades et taxons

Différence entre les clades (à gauche) et les taxons (à droite) , A, B et C sont des groupes d'organismes délimités par leurs apomorphies (à gauche) ou par leur circonscription (à droite). Notez que les clades n'ont pas nécessairement de circonscription ou de rang, bien qu'ils puissent être associés à l'un ou à l'autre ; dans la définition suivie par les Codes, les taxons ne sont pas associés à des ancêtres hypothétiques, bien que cela puisse être fait de manière informelle. L'hypothèse qui décide de l'imbrication des taxons dans l'arbre de droite n'est pas forcément monophylétique non plus, en effet, l'arbre dont ils dérivent n'est pas forcément interprété comme une représentation de l'histoire phylogénétique du groupe, bien qu'il ait pu être obtenu par les mêmes méthodes. .

La définition du taxon suivie par les Codes internationaux de nomenclature, qui réglemente les noms scientifiques appliqués aux plantes, aux animaux et aux bactéries, le définit comme "un groupe d' organismes avec circonscription, position et rang".

La circonscription est la délimitation du groupe, le critère utilisé pour séparer chaque organisme du taxon des autres taxons, selon les Codes, elle doit consister en une description des caractères des organismes du taxon d'une manière utile dans l'identification de nouveaux organismes : il devrait pouvoir être utilisé pour décider si de nouveaux organismes, après avoir fait une description, appartiennent ou non à ce taxon. En d'autres termes, il doit consister en une description idéalement "diagnostique". La position taxonomique est les taxons dans lesquels le taxon est aggloméré, c'est-à-dire les taxons supérieurs auxquels il appartient également, et le rang est la soi-disant "catégorie taxonomique", dont pour les codes il y en a 7 que pour des raisons historiques sont obligatoires : royaume, phylum ou division, classe, ordre, famille, genre, espèce ( Le Roi est un Type de beaucoup de Classe qui Ordonne des Genres de bonnes Espèces pour sa Famille ). Le taxon selon les codes ne possède pas d' ancêtres hypothétiques , seulement les organismes en son sein à partir desquels les données de la circonscription ont été tirées, mais ils pourraient être associés de manière informelle à un.

Un taxon ne doit pas nécessairement correspondre à un clade, car il existe des chercheurs en taxonomie qui ont des raisons de proposer qu'il existe des groupes paraphylétiques qui sont des groupes plus "naturels" que les groupes monophylétiques qui les englobent, générant ainsi des classifications plus utiles et prédictives ( ex. Cavalier-Smith 2010). ]

Comparaison d'arbres présentant un groupe monophylétique, paraphylétique et polyphylétique. Tiré de Cavalier-Smith (2010 ).

Voir aussi

• Cladistique
• monophylétique
• paraphylétique
• polyphylétique
• holophylétique
• taxonomie
• Diplôme (cladistique)