CASP
CASP ( Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction dt.: Krytyczny przegląd technik przewidywania struktury białek ) to dwuletni wspólny eksperyment formowania z 1994 r. (Często nazywany konkursem), prowadzony przez Uniwersytet Kalifornijski w Davis i wspierany przez National National Instytuty Zdrowia i Narodowa Biblioteka Medyczna Stanów Zjednoczonych .
CASP oferuje grupom badawczym możliwość przetestowania jakości ich metod przewidywania struktur białek na podstawie struktury pierwotnej oraz uzyskania przeglądu aktualnego stanu w tym obszarze badawczym.
W tym celu struktury białek, które nie zostały jeszcze opublikowane, są wykorzystywane jako specyfikacje do obliczeń, a wyniki obliczeń są następnie porównywane z wynikami eksperymentów laboratoryjnych. Jeśli zostaną znalezione podobieństwa do znanych białek (na przykład przy użyciu metod dopasowania sekwencji , takich jak BLAST lub FASTA ), można podjąć próbę przewidzenia struktury trzeciorzędowej za pomocą porównawczego modelowania białek . W przeciwnym razie w tym celu należy zastosować metody takie jak przewidywanie struktury de novo .
Wyniki CASP są kategoryzowane i publikowane.
Niektóre z uczestniczących grup korzystają z rozproszonych narzędzi obliczeniowych w celu ciągłego doskonalenia i testowania swoich metod (np. Rosetta @ home , POEM @ home ).
W 2018 i 2020 roku AlphaFold wygrał konkurs z wykorzystaniem uczenia głębokiego .
linki internetowe
Indywidualne dowody
- ↑ Zespół AlphaFold: AlphaFold: rozwiązanie dla 50-letniego wielkiego wyzwania w biologii. 30 listopada 2020, obejrzano 19 grudnia 2020 .
