CASP
CASP ( Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction dt.: Revisión crítica de técnicas para la predicción de la estructura de proteínas ) es un experimento conjunto de formación bienal de 1994 (a menudo denominado competencia), organizado por la Universidad de California, Davis y respaldado por el National Institutos de Salud y Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
CASP ofrece a los grupos de investigación la oportunidad de probar la calidad de sus métodos para predecir estructuras proteicas basadas en la estructura primaria y obtener una visión general del estado actual en esta área de investigación.
Con este fin, las estructuras de proteínas que aún no se han publicado se utilizan como especificaciones para los cálculos y los resultados de los cálculos se comparan con los resultados de laboratorio experimental. Si se encuentran similitudes con proteínas conocidas (por ejemplo, utilizando métodos de alineación de secuencias como BLAST o FASTA ), se puede intentar predecir la estructura terciaria utilizando modelos de proteínas comparativos . De lo contrario, se deben utilizar métodos como la predicción de estructura de novo para este propósito .
Los resultados de CASP se dividen en diferentes categorías y se publican.
Algunos de los grupos participantes utilizan herramientas informáticas distribuidas para mejorar y probar continuamente sus métodos (por ejemplo, Rosetta @ home , POEM @ home ).
En 2018 y 2020, AlphaFold ganó la competencia utilizando aprendizaje profundo .
enlaces web
Evidencia individual
- ↑ El equipo de AlphaFold: AlphaFold: una solución a un gran desafío de 50 años en biología. 30 de noviembre de 2020, consultado el 19 de diciembre de 2020 .
