Lange Endwiederholung
LTR oder Long Terminal Repeat ( Abk . LTR ) ist eine charakteristische Nukleotidsequenz, die an jedem Ende eines retroviralen Elements gefunden wird , das in das Wirtsgenom integriert wurde. Sie ist in den Integrationsprozess eingebunden.
Transkript
Die LTR-Sequenzen werden teilweise in eine intermediäre RNA transkribiert, um anschließend durch reverse Transkription zu komplementärer DNA (cDNA) und schließlich zu doppelsträngiger DNA (dsDNA für "double stranded") mit vollständigen LTRs zu gelangen. LTRs vermitteln die retrovirale DNA-Integration über eine LTR-spezifische Integrase , die in einer anderen Region des Wirtschromosoms vorhanden ist. Die ersten LTR-Sequenzen wurden 1977 und 1980 von APCzernilofsky und J.Shine entdeckt.
Retroviren , wie das Human Immunodeficiency Virus (HIV), verwenden diese Art von Mechanismus.
Datierung retroviraler Inserts durch Verwendung von LTRs
Da die 5'- und 3'-LTRs bei der Insertion identisch sind, kann der Unterschied zwischen den gepaarten LTRs verwendet werden, um das Alter früherer retroviraler Insertionen abzuschätzen. Diese Datierungsmethode wird von Paläovirologen verwendet , obwohl sie „verwirrende“ Faktoren wie Genumwandlung und homologe Rekombination nicht berücksichtigt.
HIV-1
Der HIV-1- LTR ist etwa 640 bp (Basenpaare) lang und wie andere retrovirale LTRs in die Regionen U3, R und U5 segmentiert. U3 und U5 wurden nach ihren Transkriptionsfaktor-Bindungsstellen und ihrem Einfluss auf die LTR-Aktivität oder virale Expression weiter unterteilt. Der mehrstufige Prozess der reversen Transkription ermöglicht die Platzierung von zwei identischen LTRs, die jeweils aus einer U3-, einer R- und einer U5-Region bestehen, an jedem Ende der proviralen DNA .
Die Enden der LTRs sind anschließend an der Integration des Provirus in das Wirtsgenom beteiligt . Sobald es integriert ist, fungiert das 5'-LTR als Promotor für das gesamte retrovirale Genom, während das 3'-LTR eine Polyadenylierung von entstehender RNA bereitstellt und in HIV-1, HIV-2 und SIV für das akzessorische Protein Neph kodiert .
Alle für die Genexpression erforderlichen Signale werden in den LTRs gefunden: Enhancer, Promotor (kann sowohl transkriptionelle Enhancer als auch regulatorische Elemente aufweisen), Transkriptionsinitiation (wie Capping), Transkriptionsterminator und Polyadenylierungssignal.
Bei HIV-1 wurde die 5'UTR-Region gemäß funktionellen und strukturellen Unterschieden in verschiedenen Unterregionen charakterisiert.
