InterMine - InterMine
| Indhold | |
|---|---|
| Beskrivelse | Open source datavarehussystem til integration og analyse af biologiske data. |
| organismer | varieret |
| Adgang | |
| Internet side | http://www.intermine.org/ |
| Download URL | https://github.com/intermine/intermine |
| Webtjeneste URL | http://iodocs.apps.intermine.org/ |
| Diverse | |
| Licens | LGPL 2.1 |
| Data release frekvens |
Kvartalsvis |
| Version | 1.6.6 |
Enheder, der kan bogmærkes |
Ja |
InterMine er et open source datavarehussystem, licenseret under LGPL 2.1 . InterMine bruges til at oprette databaser med biologiske data, der er adgang til med sofistikerede webforespørgselsværktøjer. InterMine kan bruges til at oprette databaser fra et enkelt datasæt eller kan integrere flere datakilder. Der ydes support til flere fælles biologiske formater, og der er en ramme for tilføjelse af andre data. InterMine inkluderer en brugervenlig webgrænseflade, der fungerer 'out of the box' og let kan tilpasses.
InterMine gør det nemt at integrere flere datakilder i et enkelt datavarehus. Det har en kernedatamodel baseret på sekvensontologien og understøtter flere biologiske dataformater, så sysadmins kan konfigurere, hvilke organismer eller datafiler der kræves. Det er nemt at udvide datamodellen og integrere andre data med en webservices API, klienter på syv forskellige sprog og et XML- format for at hjælpe med at importere tilpassede data.
Som et aktivt open source-projekt opretholder InterMine en udviklermailingliste og grundig udvikler- og brugerdokumentation .
Indhold
Understøttede dataformater
- Chado
- GFF3
- FASTA
- GO & genforeningsfiler
- UniProt XML
- PSI XML (proteininteraktioner, proteinstrukturinitiativ )
- InParanoid- ortologer
- Ensembl
Kunder
Web-klienter giver brugerne mulighed for at få adgang til data programmeringsmæssigt med en minimal indsats, og er til rådighed for perl , python , rubin , javascript , Java , og R . Data kan også spørges via en indbygget Android-app .
Webapplikation
InterMine-webapplikationen tillader oprettelse af brugerdefinerede bioinformatikforespørgsler, inkluderer skabelonforespørgsler (webformularer til at køre 'dåse' forespørgsler). Brugere kan uploade og operere på lister med data. Det er muligt at konfigurere / oprette widgets til at analysere lister med grafer og berigelsesstatistikker.
En administrator kan publicere nye skabelonforespørgsler, ændre rapportsider og oprette offentlige lister til enhver tid uden programmering. Mange aspekter af webappen kan konfigureres og mærkes.
Aktuelle projekter (ikke udtømmende liste)
En opdateret liste over projekter kan ses på InterMine-registreringsdatabasen
- Generisk modelorganismedatabase
- modENCODE
- FlyMine
- HumanMine
- RatMine
- YeastMine
- TargetMine
- MitoMiner
- MouseMine
- ZebrafishMine
- WormMine
- INDIGO
- ThaleMine
- TargetMine
- PhytoMine
- MedicMine
- BovineMine
- HymenopteraMine
- SoyMine
- BeanMine
- ChickpeaMine
- LegumeMine
- PeanutMine
- Shaare
- Wheat3Bmine
- PlanMine
- GrapeMine
- RepetDB
- XenMine
- CHOMine
