Черепахи были классифицированы разными авторами по-разному. Хотя раньше они считались анапсидами , теперь они считаются более производными. Недавний анализ молекулярных данных убедительно показал, что они принадлежат к кладе Archosauromorpha (также известной как Archelosauria). Ниже приведены многие из возможных классификаций Testudines и Testudinata:
