PROSITE - PROSITE
 | |
|---|---|
| Conţinut | |
| Descriere | PROSITE, o bază de date cu domenii proteice pentru caracterizarea funcțională și adnotare. |
| a lua legatura | |
| Centru de cercetare | Institutul Elvețian de Bioinformatică |
| Laborator | Departamentul de Biologie Structurală și Bioinformatică |
| Citarea primară | PMID 19858104 |
| Data de lansare | 1988 |
| Acces | |
| Site-ul web | prosite |
PROSITE este o bază de date cu proteine . Acesta constă din intrări care descriu familiile de proteine , domeniile și siturile funcționale , precum și modelele și profilurile de aminoacizi din acestea. Acestea sunt organizate manual de o echipă a Institutului Elvețian de Bioinformatică și sunt strâns integrate în adnotarea proteinei Swiss-Prot . PROSITE a fost creat în 1988 de Amos Bairoch , care a condus grupul mai mult de 20 de ani. Din iulie 2018, directorul PROSITE și Swiss-Prot este Alan Bridge.
Utilizările PROSITE includ identificarea funcțiilor posibile ale proteinelor nou descoperite și analiza proteinelor cunoscute pentru activitate nedeterminată anterior. Proprietățile genelor bine studiate pot fi propagate către organisme înrudite biologic, iar pentru gene diferite sau slab cunoscute funcțiile biochimice pot fi prezise din similitudini. PROSITE oferă instrumente pentru analiza secvenței proteinelor și detectarea motivelor (vezi motivul secvenței , modelele PROSITE ). Face parte din serverele de analiză proteomică ExPASy .
Baza de date ProRule se bazează pe descrierile domeniului PROSITE. Oferă informații suplimentare despre aminoacizi critici din punct de vedere funcțional sau structural. Regulile conțin informații despre reziduuri semnificative din punct de vedere biologic, cum ar fi site-urile active, site - urile de legare a substratului sau co-factorului , site-urile de modificare post-traducere sau legăturile disulfură , pentru a ajuta la determinarea funcției. Acestea pot genera automat adnotări bazate pe motive PROSITE.
Statistici
Începând cu 29 iunie 2016, versiunea 20.128 conține 1.762 intrări de documentație, 1.309 modele, 1.161 profiluri și 1.175 ProRules.
Vezi si
- Uniprot - baza de date universală de proteine , o resursă centrală a informațiilor despre proteine - PROSITE îi adaugă date.
- InterPro - o bază de date centralizată, grupând date din baze de date cu familii de proteine, domenii și site-uri funcționale - o parte din date provin de la PROSITE.
- Predicția localizării subcelulare a proteinelor - un alt exemplu de utilizare a PROSITE.
Referințe
linkuri externe
- Site oficial
- ProRule - bază de date cu reguli bazate pe predictori PROSITE
