ARMH3 - ARMH3

ARMH3
Identyfikatory
Skróty ARMH3 , chromosom 10 otwarta ramka odczytu 76, C10orf76, panceropodobna domena helikalna zawierająca 3, panceropodobna domena helikalna zawierająca 3
Identyfikatory zewnętrzne MGI : 1918867 HomoloGene : 15843 Karty genowe : ARMH3
Ortologi
Gatunki Człowiek Mysz
Entrez

79591

71617
Zespół

ENSG00000120029

ENSMUSG00000039901
UniProt

Q5T2E6

Q6PD19
RefSeq (mRNA)

NM_024541

NM_198296
RefSeq (białko)

NP_078817

NP_938038
Lokalizacja (UCSC) Chr 10: 101,85 – 102,06 Mb Chr 19: 45,82 – 46 Mb
Wyszukiwanie w PubMed
Wikidane
Wyświetl/edytuj człowieka Wyświetl/edytuj mysz

ARMH3 lub Armadillo Like Helical Domain Containing 3 , znane również jako UPF0668 i c10orf76 , jest białkiem , które u ludzi jest kodowane przez gen ARMH3 . Jego funkcja nie jest obecnie znana, ale dowody eksperymentalne sugerują, że może brać udział w regulacji transkrypcji . Białko zawiera konserwowany motyw bogaty w prolinę , co sugeruje, że może uczestniczyć w oddziaływaniach białko-białko za pośrednictwem domeny wiążącej SH3 , chociaż żadne takie interakcje nie zostały eksperymentalnie zweryfikowane. Wydaje się, że dobrze zachowany gen pojawił się w grzybach około 1,2 miliarda lat temu. Locus jest ewentualnie łączone i przewiduje się, otrzymując pięć wariantów białek , z których trzy zawierają domenę białka o nieznanej funkcji , DUF1741.

Funkcjonować

Stwierdzono, że zawiera potencjalną domenę wiążącą SH3 , o której wiadomo, że uczestniczy w oddziaływaniach wiążących białko-białko ; jednakże żadne interakcje białkowe nie zostały eksperymentalnie zweryfikowane z c10orf76. Badanie ekspresji genów z 2007 roku wykazało, że ekspresja c10orf76 różni się odwrotnie niż ekspresja kilku innych genów, w tym NFYB , CCR5 i NSBP1 , co sugeruje, że białko może działać jako regulator transkrypcji .

Homologia

ARMH3 jest dobrze zachowany we wszystkich eumetazoach . Kilka słabo podobnych ortologów (około 35% identyczności sekwencji ) zidentyfikowano w Parazoa (tj. A. queenslandica ) oraz w grzybach , konkretnie Ascomycetes (tj. A. oryzae ).

Poniższa tabela ilustruje podobieństwo sekwencji między ludzkim białkiem c10orf76 a różnymi ortologami. Podobne sekwencje zidentyfikowano za pomocą narzędzi BLAST i BLAT .

Gatunki Nazwa zwyczajowa organizmu Przystąpienie do NCBI Tożsamość sekwencji Podobieństwo sekwencji Długość (AA) Nazwa zwyczajowa genu
Homo sapiens Człowiek NP_078817.2 100% 100% 689 Białko UPF0668 C10orf76
Mus musculus Mysz domowa NP_938038,2 99% 99% 689 Homolog białka UPF0668 C10orf76
Danio rerio Danio pręgowany NP_956913.2 85% 93% 689 Homolog białka UPF0668 C10orf76
Apis florea Pszczoła miodna XP_003695991.1 51% 70% 641 PRZEWIDYWANE: homolog białka UPF0668 C10orf76
Amphimedon queenslandica Gąbka XP_003383350.1 46% 67% 667 PRZEWIDYWANE: białko UPF0668 podobne do C10orf76
Acyrthosiphon pisum Mszyca grochowa XP_001952575,2 40% 61% 684 PRZEWIDYWANE: UPF0668 białko C10orf76 homolog izoforma 1
Aspergillus oryzae Grzyb XP_001820240 23% 42% 653 hipotetyczne białko AOR_1_2042154

Gen

Charakterystyka

U ludzi gen ARMH3, znany również pod pseudonimem FLJ13114, obejmuje 210 577 par zasad na odwrotnej nici długiego ramienia chromosomu 10. Jego 26 alternatywnie splicingowanych egzonów koduje 5 potencjalnych wariantów transkryptu , z których największy ma 4101 par zasad w długość.

A map of human chromosome 10 with c10orf76 marked with the red line.

Ludzkie locus ARMH3 jest oflankowane po lewej i prawej stronie odpowiednio przez HPS6 i KCNIP2 . HPS6 jest białkiem, które może odgrywać rolę w biogenezie organelli, a KCNIP2 jest białkiem oddziałującym z kanałem potasowym bramkowanym napięciem. Ten sam wzór obserwuje się w locus ortologicznym u myszy, a także u większości innych kręgowców.

Wyrażenie

Profil genowy NCBI (GenBank) dla c10orf76 oznacza początek pierwszego transkrybowanego eksonu jako początek genu. Pierwotny promotor przewidziany przez narzędzie El Dorado z Genomatix zaczyna się od 519 par zasad powyżej tego miejsca startu transkrypcji. Przewiduje się, że promotor ten ma długość 658 par zasad, a zatem zawiera pierwszy transkrybowany ekson na jego 3 primowym końcu.

Uważa się, że locus c10orf76 jest alternatywnie składany na co najmniej pięć unikalnych izoform , chociaż nie jest jasne, jak ten splicing jest regulowany. Drugi potencjalny promotor, również przewidywany przez El Dorado, prawdopodobnie kieruje ekspresją jednego z krótszych udokumentowanych wariantów (umieszczony przed eksonem 23).

Białko

Charakterystyka

Największy wariant białka ma długość 689 aminokwasów . Ma masę cząsteczkową około 78,7 kDa i jest izoelektryczny przy pH 6,13. Może być wydzielany nieklasyczną ścieżką . NCBI identyfikuje domenę białkową o nieznanej funkcji pomiędzy aminokwasami Asp 435 i Leu 671, znaną jako DUF1741 ( Domena o Nieznanej Funkcji 1741). Nie wiadomo, czy ta domena istnieje w innych białkach.

Wyrażenie

Potencjalny region pnia pętli na 3 primowym końcu pierwszego eksonu (a tym samym na końcu promotora) został przewidziany przez program Dotlet z ExPASy. Mogłoby to służyć do regulowania translacji białek . Ponadto segment Alu w 3 pierwotnym nieulegającym translacji regionie dojrzałego mRNA może służyć jako potencjalny mechanizm regulacji translacji.

Stwierdzono, że białko ulega zróżnicowanej ekspresji w niektórych stanach medycznych oraz w odpowiedzi na pewne sygnały komórkowe. Na przykład zmniejszoną ekspresję c10orf76 obserwuje się u pacjentów z przewlekłą białaczką limfocytową z komórek B. Zmniejszoną ekspresję obserwuje się również w komórkach traktowanych czynnikiem wzrostu śródbłonka naczyniowego .

Uważa się, że białko jest zlokalizowane w cytoplazmie, chociaż jest to niepewne. Przewiduje się również, że jest to 3-przejściowe białko transbłonowe. Zidentyfikowano również sygnał sortowania mitochondriów na początku jednej z izoform białka przy użyciu MitoProt II (zlokalizowany w Met 416 największego wariantu białka).

Struktura

Image
Przewidywanie strukturalne białka c10orf76 z oprogramowania do składania białek PHYRE2 . Ta struktura jest podobna do ludzkiej Symplekin , białka , które uważa się za rekrutację czynników regulacyjnych do maszynerii poliadenylacji .

Struktura białka c10orf76 nie została zbadana eksperymentalnie. Struktury drugorzędowej przewiduje się całkowicie śrubowy w naturze, z regionów interwencji zaburzenia białka. Potencjalna domena wiążąca SH3 znajduje się w przewidywanym regionie zaburzenia, co dodatkowo wspiera funkcję wiązania białko-białko dla c10orf76. Przewidywano , że helikalny region pomiędzy aminokwasami 610-655 jest motywem spirali .

PHYRE2 przewidywanie struktury białka sugerują, że pierwsze 200 reszt c10orf76 może dzielić duże podobieństwo strukturalne z Symplekin , jądrowego lokalizowane białka jest uważany za składnik rusztowanie kompleksu poliadenylacji .

Przewidywane interakcje białkowe

Stwierdzono, że ekspresja mRNA c10orf76 jest odwrotnie skorelowana z ekspresją różnych innych mRNA, w tym NFYB , CCR5 i NSBP1 . Chociaż to badanie i przewidywana domena wiążąca SH3 sugerują, że c10orf76 uczestniczy w oddziaływaniach wiążących białko-białko, żadne z nich nie zostało zweryfikowane eksperymentalnie. Krótkie wyszukiwanie przy użyciu IntAct, MINT i STRING również przyniosło zero przewidywanych interakcji białko-białko.

Przewidywane modyfikacje potranslacyjne

Istnieje możliwość, że białko jest wydzielane nieklasycznym szlakiem, co może leżeć u podstaw funkcjonalności niektórych modyfikacji potranslacyjnych. W sekwencji białkowej istnieje dziesięć konserwatywnych potencjalnych miejsc fosforylacji. Ponadto istnieje dziewięć reszt, co do których NetOGlyc z pewnością (>90%) przewiduje, że ulegną glikozylacji związanej z O , wszystkie znajdują się w regionie o niskiej złożoności między Leu 325 i Ser 359.


Regiony potencjalnego zainteresowania badawczego

Białko kodowane przez największy wariant mRNA c10orf76 koduje bogaty w prolinę motyw zawierający dwie domeny PxxP, gdzie „P” oznacza resztę proliny, a „x” oznacza dowolny inny aminokwas (zaznaczony poniżej na niebiesko). Wykazano, że domeny te uczestniczą w oddziaływaniach wiążących białko-białko, w szczególności poprzez domenę wiążącą białko SH3 . Potencjalna domena wiążąca SH3 istnieje w regionie o niskiej złożoności z niezwykle dużą liczbą aminokwasów z grupami bocznymi zawierającymi tlen (zaznaczonymi poniżej na zielono). Analiza NetOGlyc regionu sugeruje, że te reszty prawdopodobnie ulegną glikozylacji związanej z O, a zatem mogą służyć do regulacji wiązania z potencjalną domeną wiążącą SH3.

325 L V T T P V S P A P T T P V T P L G T T P P S S 359

Element Alu został zidentyfikowany w 3'-UTR najdłuższego wariantu transkryptu mRNA Nie jest jasne, czy ta sekwencja służy jakimkolwiek funkcjom lub celom regulacyjnym, ale istnieją dowody na regulację translacji białek za pośrednictwem Alu, więc nie można tego wykluczyć w c10orf76.

Przewidywano, że N-koniec wariantu krótkiego transkryptu (egzony 17-26) będzie miał sygnał sortowania mitochondriów z 96% pewnością przy użyciu narzędzia MitoProt II. Nie jest jasne, czy jest to wariant unikalnie transkrybowany, czy też wynika z rozszczepienia pełnowymiarowego białka. Nie przewiduje się alternatywnych promotorów powyżej pierwszego eksonu tego wariantu.

Organizmy modelowe

Organizmy modelowe zostały wykorzystane w badaniu funkcji C10orf76. Warunkową linię myszy knockout nazwaną 9130011E15Rik tm1a(EUCOMM)Wtsi wytworzono w Wellcome Trust Sanger Institute . Samce i samice poddano standaryzowanemu przesiewowi fenotypowemu w celu określenia skutków delecji. Wykonano dodatkowe ekrany: - Dogłębne fenotypowanie immunologiczne - Dogłębne fenotypowanie kości i chrząstki

Bibliografia

Linki zewnętrzne