Membranome database - Membranome database

Membranomdatabase gir strukturell og funksjonell informasjon om mer enn 6000 single-pass (bitopiske) transmembrane proteiner fra Homo sapiens , Arabidopsis thaliana , Dictyostelium discoideum , Saccharomyces cerevisiae , Escherichia coli og Methanocaldococcus jannaschii . Bitopiske membranproteiner består av en enkelt transmembran alfa-helix som forbinder vannløselige domener av proteinet som ligger på motsatte sider av en biologisk membran. Disse proteinene er ofte involvert i signaltransduksjon og kommunikasjon mellom celler i flercellede organismer .

Databasen gir informasjon om de enkelte proteinene, inkludert beregningsgenererte tredimensjonale modeller av deres transmembrane alfa-helikser som er romlig arrangert i membranen, topologi , intracellulære lokaliseringer , aminosyresekvenser , domenearkitektur , funksjonell merknad og tilgjengelige eksperimentelle strukturer fra Protein Data Bank . Det gir også en klassifisering av bitopic proteiner til 15 funksjonelle klasser, mer enn 700 strukturelle familiene og 1400 familier, sammen med 3D-strukturer av bitopic proteinkomplekser som også er klassifisert i forskjellige familier. Den andre Membranome-versjonen gir 3D-modeller av mer enn 2000 parallelle homodimerer dannet av TM α-helices av bitoproteiner fra forskjellige organismer som ble generert ved hjelp av TMDOCK-programmet. Modellene til homodimerer ble verifisert gjennom sammenligning med tilgjengelige eksperimentelle data for nesten 600 proteiner. Databasen inkluderer nedlastbare koordinatfiler av transmembrane helices og deres homodimerer med beregnede membrangrenser.

Database nettstedet gir tilgang til relaterte webservere, FMAP og TMDOCK som er utviklet for modellering av individuelle alfa-helices og deres dimere komplekser i membraner. Databasen og webservere ble brukt i eksperimentelle og bioinformatiske studier av bitopiske membranproteiner

Referanser