Sorozatolvasási archívum - Sequence Read Archive

Sorozatolvasási archívum
Database.png
Tartalom
Leírás FASTQ Sorrend
BAM adatok
Organizmusok összes
Kapcsolatba lépni
Kutatóközpont Nemzeti Biotechnológiai Információs Központ
Európai Bioinformatikai Intézet
Japán DNS Data Bank
Hozzáférés
Weboldal www .ncbi .nlm .nih .eu / sra /
www .ebi .ac .hu / ena /
trace .ddbj .nig .ac .de / dra / index _e .html

A szekvenciaolvasási archívum ( SRA , korábban Short Read Archive ) egy bioinformatikai adatbázis , amely nyilvános tárhelyet biztosít a DNS-szekvenálási adatokhoz, különösen a nagy teljesítményű szekvenálás által generált "rövid leolvasásokhoz" , amelyek általában 1000 bázispárnál kisebbek. hosszában. Az archívum az International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) része, és az NCBI, az Európai Bioinformatikai Intézet (EBI) és a Japán DNS Data Bank (DDBJ) együttműködésében fut.

Az archívumot a Nemzeti Biotechnológiai Információs Központ (NCBI) hozta létre 2007-ben annak érdekében, hogy tárolja az RNA-Seq és a ChIP-Seq tanulmányok, valamint a nagyszabású vizsgálatok, köztük a Human Microbiome Project és az 1000 Genomes által készített adatokat. Projekt . Eredetileg rövid olvasási archívumnak nevezték, a név megváltozott, arra számítva, hogy a jövőbeni szekvenálási technológiák képesek lesznek hosszabb szekvenciaolvasásokat készíteni.

Image
Az SRA 2008 óta gyorsan nőtt. 2011 -től a legtöbb SRA szekvenciaadatot az Illumina Genome Analyzer készítette.

A szekvenciaolvasási archívumban elhelyezett adatok mennyisége gyorsan nőtt. 2010 szeptemberében az SRA 65% -a humán genomi szekvencia volt, további 16% -a humán metagenom szekvencia leolvasásokhoz kapcsolódott. Ezen adatok nagy része az 1000 genom projekt révén került letétbe. 2011 júniusában az SRA -ban található adatok 100 terabázisnyi DNS -t értek el.

Az SRA -hoz benyújtott fájlok előnyben részesített adatformátuma a BAM formátum , amely képes igazított és nem igazított olvasmányok tárolására is. Belsőleg az SRA az NCBI SRA Toolkit -re támaszkodik, amelyet mindhárom INSDC tag adatbázisban használnak, hogy rugalmas adattömörítést , API -hozzáférést és más formátumokba, például FASTQ -ba való konvertálást biztosítson .

Az NCBI 2011 februárjában jelentette be tervét, hogy bezárja az NCBI SRA -t a finanszírozás csökkentése miatt. Az EBI és a DDBJ azonban bejelentette, hogy továbbra is támogatni fogja az SRA -t. 2011 októberében az NCBI bejelentette az SRA finanszírozásának folytatását.

A legtöbb finanszírozási ügynökség és nyílt hozzáférésű folyóirat felhatalmazza az adatok SRA -ban történő letétbe helyezését . A Nature Publishing Group folyóiratai megkövetelik, hogy a DNS- és RNS -szekvenálási adatokat az SRA -n keresztül hozzáférhetővé tegyék.

Lásd még

Hivatkozások

Külső linkek