MeVisLab - MeVisLab
 | |
| Kehittäjä (t) | MeVis Medical Solutions AG , Fraunhofer MEVIS |
|---|---|
| Ensimmäinen julkaisu | 1993 |
| Vakaa julkaisu | 3.4.1 / 18. marraskuuta 2020
|
| Käyttöjärjestelmä | Monialustainen |
| Tyyppi | |
| Lisenssi | Omistettu |
| Verkkosivusto | www |
MeVisLab on cross-platform sovellus puitteet ja lääketieteellisen kuvankäsittelyn ja tieteelliseen visualisointiin . Se sisältää edistyneitä algoritmeja kuvien rekisteröintiin , segmentointiin ja kvantitatiiviseen morfologiseen ja toiminnalliseen kuva -analyysiin. Saatavana on IDE graafista ohjelmointia ja nopeaa käyttöliittymän prototyyppiä varten.
MeVisLab on kirjoitettu C ++ kielellä ja käyttää Qt -kehystä graafisiin käyttöliittymiin. Se on saatavana eri alustoille Windows-, Linux- ja Mac OS X -käyttöjärjestelmissä. Ohjelmistokehitys tehdään yhteistyössä MeVis Medical Solutions AG: n ja Fraunhofer MEVIS: n kanssa.
MeVislab SDK: sta on saatavilla ilmainen ohjelmistoversio (katso Lisenssit ). Avoimen lähdekoodin moduulit toimitetaan MeVisLabin julkisina lähteinä SDK: ssa ja saatavana MeVisLab Community and Community Sources -projektista .
Historia
MeVisLabin kehitys alkoi vuonna 1993 CeVis -instituutin ohjelmistolla ILAB1, joka on kirjoitettu C ++: lla. Se mahdollisti interaktiivisesti yhdistää silikonigrafiikan (SGI) Image Vision Libraryn (IL) algoritmit kuvankäsittelyverkkojen muodostamiseksi. Vuonna 1995 vastikään perustettu MeVis Research GmbH (josta tuli Fraunhofer MEVIS vuonna 2009) otti haltuunsa ILAB: n kehittämisen ja julkaisi ILAB2: n ja ILAB3: n. OpenInventor ja Tcl -skriptit oli integroitu, mutta molemmat ohjelmat toimivat edelleen vain SGI: llä.
Vuonna 2000 ILAB4 julkaistiin ja ydin kirjoitettiin uudelleen Objective-C for Windows -ohjelmaan. Pystyäkseen siirtymään pois SGI-alustasta, Image Vision Library korvattiin alustasta riippumattomalla, itse kehitetyllä MeVis Image Processing Library (ML) -kirjastolla. Vuonna 2002 koodi mukautettiin toimimaan sovelluskehyksen Qt kanssa.
Vuonna 2004 ohjelmisto julkaistiin nimellä MeVisLab. Se sisälsi parannetun IDE: n ja oli saatavana Windowsille ja Linuxille. Katso Julkaisuhistoria lisätietoja.
MeVis Medical Solutions AG osti MeVisLabin vuonna 2007 . Siitä lähtien MeVisLabia on jatkettu MeVis Medical Solutionsin ja Fraunhofer MEVISin yhteistyöprojektina.
ominaisuudet
MeVisLabin ominaisuuksia ovat:
- Kuvankäsittely kanssa MEVIS Image Processing Library (ML) : ML on pyyntö-ajettu, sivu-pohjainen, modulaarinen, laajennettavissa C ++ kuvankäsittely kirjasto tukee jopa kuuden kuvan mitat (x, y, z, väri, aika, käyttäjä mitat ). Se tarjoaa ensisijaisesti ohjatun sivun välimuistin ja suuren suorituskyvyn suurille tietojoukoille.
- 2D -kuvien katselu : Nopeita, modulaarisia, laajennettavia 2D -katseluohjelmia , joissa on yhdistetty 2D / 3D -renderointi, tuetaan laattojen renderointia (äänenvoimakkuuden renderointi/ MIP ), peittokuvia, pisteen/ ROI: n valintaa, monitasoisia uudistuksia (MPR) sekä interaktiivista muokkausta esineitä (pisteitä, vektoreita, kiekkoja, palloja jne.)
- Äänenvoimakkuuden renderointi : Saatavilla on korkealaatuinen OpenGL / Open Inventoriin perustuva äänenvoimakkuuden renderoija (Giga Voxel Renderer, GVR) . Se tukee suuria kuvamääriä (esim. 512x512x2000 CT- asemaa , 12-bittinen), ajoittain vaihtelevaa dataa (esim. Dynaamiset MRI- asemat ), hakutaulukoita , interaktiivista kiinnostavaa aluetta , osaalueen valintaa, modulaarista, monikäyttöistä GLSL- varjostinkehystä .
- DICOM ja muut tiedostomuodot : DICOMia tuodaan tuontivaiheella, joka tunnistaa automaattisesti 2D DICOM -kehykset, jotka kuuluvat samaan 3D/4D -kuvalevyyn. Tietoja voidaan selata konfiguroitavalla DICOM -selaimella. DICOM -tallennus PACS -laitteeseen on mahdollista. Muita tuettuja tiedostomuotoja ovat TIFF (2D/3D, RGBA), Analyze, RAW, PNG, JPG, BMP ja paljon muuta.
- Työkalukehykset : Saatavilla on modulaarisia luokka- ja moduulikirjastoja markkereille, käyrille, histogrammeille , siivekäsreunoille (WEM) ja ääriviivaosaamisobjekteille (CSO).
- Qt -integraatio : Qt: tä käytetään sovelluskehyksenä. Qt -sovellusliittymä on integroitu PythonQtin kautta , ja sen avulla voit käyttää Qt -tyylitaulukoita , Qt -widgettejä , QT -ydinluokkia jne. Komentosarjoilla MeVisLab -ohjelmasta.
- Komentosarjatuki : Pythonia voidaan käyttää komentosarjoilla ohjattuun pääsyyn suurelle osalle MeVisLab -toimintoa. Skriptin sitominen Qt: hen toteutetaan PythonQt: n kautta . Kuvien käsittelyyn Pythonin kautta on saatavana NumPy . Objektisuuntautunut Python-ohjelmointi MeVisLabissa on mahdollista.
- Integroitu avoimen lähdekoodin kuvankäsittely- ja visualisointikirjasto : Kolme avoimen lähdekoodin kirjastoa on integroitu: Open Inventor , joka perustuu alkuperäiseen SGI -lähdekoodiin, joka julkaistiin avoimena lähdekoodina vuonna 2000; Insight Toolkit (ITK) , saatavana MeVisLab -moduuleina; Visualization Toolkit (VTK) : saatavana MeVisLab -moduuleina.
- Kattava moduulikirjasto : MeVisLab -moduulikirjasto koostuu yhteensä 2600 moduulista, joista 800 on vakio- ja 1800 ITK/VTK -moduulia.
MeVisLab -periaatteet
MeVisLab on modulaarinen kehyskehys. Moduulien perusteella voidaan luoda verkkoja ja rakentaa sovelluksia.
Kuvankäsittelyverkkojen luomisen tukemiseksi MeVisLab tarjoaa IDE: n, joka mahdollistaa tietovirtojen mallinnuksen visuaalisen ohjelmoinnin avulla . Tärkeitä IDE -ominaisuuksia ovat moni -asiakirjarajapinta (MDI) , moduuli- ja yhteystarkastajat, joilla on telakointikyky, tarkennettu haku, komentosarjojen ja virheenkorjauksen konsolit, elokuvien ja kuvakaappausten luominen ja galleriat, moduulitestaus ja virheiden käsittelytuki.
Visuaalisen verkon editorissa moduuleja voidaan lisätä ja yhdistää datavirran ja parametrien synkronoinnin määrittämiseksi. Tuloksena olevia verkkoja voidaan muokata dynaamisesti komentosarjoilla ajon aikana. Makromoduuleja voidaan luoda koteloimaan moduulien aliverkkoja, komentosarjoja ja korkean tason algoritmeja.
Verkkojen päälle voidaan lisätä lääketieteellinen sovellustaso, jossa on katsojat ja käyttöliittymäpaneelit. Paneelit on kirjoitettu MeLisLab Definition Language (MDL) -kielellä, ne voidaan kirjoittaa Pythonilla tai JavaScriptillä ja muotoilla MeVisLabin sisäisten mekanismien tai Qt-ominaisuuksien avulla.
Kehittäminen omien moduulien kirjoitettu C ++ tai Python tukee velhoja .
Kuvagalleria
MeVisLab -foorumi
MeVisLab tarjoaa erittäin hyvin tuetun julkisen foorumin, jossa ydinkehittäjät ja kaiken kokemuksen käyttäjät jakavat tietoja. Ilmainen rekisteröinti on tarpeen.
Soveltamisalat, tutkimushankkeet
MeVisLabia on käytetty monissa lääketieteellisissä ja kliinisissä sovelluksissa, mukaan lukien maksan, keuhkojen, pään ja kaulan ja muiden kehon alueiden leikkaussuunnittelu, dynaamisen, kontrastia tehostavan rintojen ja eturauhasen magneettikuvauksen analyysi, neurologisten ja sydän- ja verisuonikuvien kvantitatiivinen analyysi, ortopedinen kvantifiointi ja visualisointi, kasvainleesioiden tilavuus ja hoidon seuranta, mammografioiden parempi visualisointi, 3D -rintojen ultraääni- ja tomosynteesikuvatiedot ja monet muut sovellukset. MeVisLabia käytetään myös koulutus- ja opetusvälineenä kuvankäsittelyyn (sekä yleiseen että lääketieteelliseen) ja visualisointitekniikoihin.
MeVisLabia on ja on käytetty monissa tutkimushankkeissa, mukaan lukien:
- VICORA VICORA Virtuelles Institut für Computerunterstützung in der klinischen Radiologie (2004–2006)
- DOT-MOBI
- HAMAM
MeVisLabiin perustuva MedicalExplorationToolkit kehitettiin parantamaan sovellusten kehittämistä. Se on saatavana MeVisLab 1.5.2: n AddOn -paketina. ja 1.6 Windowsissa.
MeVisLabia voidaan käyttää myös biolääketieteellisten kuvien pintamallien luomiseen ja niiden viemiseen Universal 3D -muodossa PDF -tiedostoihin upottamista varten .
Lisensointi
MeVisLab SDK voidaan ladata ilmaiseksi ja ilman ennakkoilmoittautumista. Ohjelmistoa voidaan käyttää kolmella eri lisenssimallilla:
- MeVisLab SDK rekisteröimätön: Tätä lisenssimallia sovelletaan, jos MeVisLab SDK: ta käytetään ilman ylimääräistä lisenssitiedostoa. Tämän lisenssin nojalla rajoitettu ominaisuus on käytettävissä. Käyttöehdot ovat samat kuin Ei-kaupallisen MeVisLab SDK: n (katso alla).
- Ei-kaupallinen MeVisLab SDK -lisenssi: Vain yksityiseen käyttöön tai ei-kaupallisiin laitoksiin, kuten yliopistoihin, muihin akateemisiin laitoksiin tai voittoa tavoittelemattomiin järjestöihin. Täysi ominaisuus, vaatii erillisen lisenssitiedoston kustannuksineen.
- Kaupallinen MeVisLab SDK -lisenssi: käytettäväksi kaupallisissa yrityksissä, laitoksissa tai tutkimuslaboratorioissa. Täysi ominaisuus, vaatii erillisen lisenssitiedoston kustannuksineen.
Mikään yllä olevista lisenssimalleista ei salli MeVisLab SDK: n tai sen osien uudelleenjakelua tai MeVisLabin tai sen osien käyttöä osana kaupallista palvelua tai tuotetta.
Fraunhofer MEVIS -julkaisumoduulit ovat Fraunhofer MEVIS: n henkistä omaisuutta ja ehdottomasti ei-kaupallisiin tarkoituksiin.
Aiheeseen liittyviä avoimen lähdekoodin projekteja
MeVisLabin julkiset lähteet
Valitut MeVisLab -moduulit ovat avoimen lähdekoodin BSD -lisenssin alaisia. Nämä lähteet ovat osa MeVisLab SDK -asennusohjelmaa.
MeVisLab -yhteisön ja yhteisön lähteet
MeVisLab-yhteisöprojektissa useat laitokset osallistuvat MeVisLabin avoimen lähdekoodin moduuleihin. Osallistujia vuodesta 2010 lähtien ovat:
- Rotterdamin Erasmus -yliopisto, Alankomaat
- Medical Imaging Research Center, Katholieke Universiteit Leuven, BE
- Kuvankäsittelyn osasto (LKEB), Leidenin yliopiston lääketieteellinen keskus, NL
- Tietokonenäkölaboratorio, ETH Zürich, CH
- Simulaation ja grafiikan instituutti, Magdeburgin yliopisto, DE
- Center for Medical Image Science and Visualization (CMIV), Linköpingin yliopisto, SE
- MeVis Medical Solutions AG
- Fraunhofer MEVIS
Lähdekoodi on julkaistu BSD- tai LGPL -lisenssillä ja sitä hallinnoidaan SourceForgen keskitetyssä arkistossa. Jatkuvia rakenteita tarjotaan eri alustoille.
PythonQt
PythonQt on Python -komentosidos Qt -kehykseen . Se on alun perin kirjoitettu tekemään MeVisLabista skripattava ja julkaistu sitten avoimena lähdekoodina vuonna 2007 LGPL : n alla . Qt Quarterly -lehdessä julkaistiin PythonQt -esittely, joka sisältää myös vertailun Pyqtiin .
PythonQt -lähteet ja -dokumentaatio ovat saatavilla SourceForgesta.
Samanlaisia ohjelmistoprojekteja
- Slicer (3DSlicer) , avoimen lähdekoodin, monialustainen projekti kuva-analyysiin ja tieteelliseen visualisointiin; kehittänyt alun perin Brighamin ja naisten sairaalan kirurginen suunnittelulaboratorio ja MIT -tekoälylaboratorio
- SCIRun on avoimen lähdekoodin, multi-platform tieteellinen ongelmanratkaisu ympäristö (PSE) mallintamiseen, simulointiin ja visualisointiin tieteellisiä ongelmia, kehittää keskuksen Integroidun Biomedical Computing klo Tieteellinen laskenta ja Imaging-instituutti on Utahin yliopistossa
- MITK , Medical Imaging Interaction Toolkit, on avoimen lähdekoodin projekti interaktiivisen lääketieteellisen kuvankäsittelyohjelmiston kehittämiseksi, joka on kehitetty Deutsche Krebsforschungszentrumissa, Heidelbergissä.
- Voreen , avoimen lähdekoodin, monialustainen tilavuushahmontaja, jota ylläpitää Visualization and Computer Graphics Research Group (VisCG) Münsterin yliopistossa
- DeVIDE , avoimen lähdekoodin, monialustainen ohjelmisto visualisointi- ja kuvankäsittelyalgoritmien prototyyppien nopeaan testaamiseen ja käyttöönottoon, jonka on kehittänyt TU Delftin Visualization-ryhmä.
- Amira , kaupallinen monialustainen ohjelmisto biolääketieteellisten tietojen visualisointiin, analysointiin ja käsittelyyn
- Studierfenster (StudierFenster) , ilmainen, ei-kaupallinen avoimen tieteen asiakas-/palvelinpohjainen lääketieteellisen kuvantamisen (MIP) online-kehys
Katso myös
Viitteet
Lue lisää
- MeVisLab -julkaisut
- Lääketieteellinen kuva -analyysi: visuaalinen lähestymistapa
- Objektisuuntautunut sovelluskehitys MeVisLabin ja Pythonin avulla
