Protein yerelleştirme tahmini

Protein alt hücresel lokalizasyonu tahmini hedef belirlenmesi için biyokimyasal ve biyoenformatik yöntemlerini içeren bölme a protein .

özellikleri

Gelen ökaryotlar, proteinler vardır genellikle kriteri kendi bazında sinyal sekansları da sonra üretim olarak sitozol ve hedefine temin. Hedef konum, hücre çekirdeği , endoplazmik retikulum , mitokondri , muhtemelen kloroplastlar , peroksizomlar gibi hücresel bir bölme olabilir veya hücrenin dışında olabilir ( ekzositoz ve sekresyon durumunda ).

Gelen prokaryotlar , proteinler vardır taşınan veya salgılanan içine periplazmadan , diğer şeyler arasında .

Bir proteinin lokalizasyonu deneysel olarak floresans mikroskobu veya protein sekanslama (sinyal sekanslarına dayalı olarak) ile belirlenebilir; ayrıca biyoinformatik olarak silico'da tahmin edilebilir .

Yöntemler

Karakteristik belirleyiciler, ilgili türe bağlıdır . Aşağıda, protein lokalizasyonunu tahmin etmek için bazı yöntemler bulunmaktadır:

Uygulamalar

Proteinlerin lokalizasyonunun tahmini, salgılanan rekombinant proteinlerin üretilmesinde biyokimya ve biyoteknolojide kullanılır . In farmakoloji , salgılanan proteinler ve zar proteinlerdir genellikle hedeflerin bir de ilaç tasarımı . Yanlış lokalizasyona sahip proteinler, diğerleri arasında kanser ve Alzheimer hastalığında bulunabilir .

Edebiyat

  • Bork P, Dandekar T, Diaz-Lazcoz Y, Eisenhaber F, Huynen M, Yuan Y: Tahmin işlevi: genlerden genomlara ve geri . İn: ., J. Mol Biol. . 283, No. 4, Kasım 1998, s. 707-25. doi : 10.1006 / jmbi.1998.2144 . PMID 9790834 .
  • Nakai K: Protein sınıflandırma sinyalleri ve hücre altı lokalizasyonunun tahmini . In: Gelişmiş Protein Chem .. . 54, 2000, s. 277-344. doi : 10.1016 / s0065-3233 (00) 54009-1 . PMID 10829231 .
  • Emanuelsson O: Amino asit sekans bilgisinden protein alt hücre lokalizasyonunun tahmin edilmesi . İçinde: mektup. Biyoinformatik . 3, No. 4, Aralık 2002, s. 361-76. doi : 10.1093 / bib / 3.4.361 . PMID 12511065 .
  • Schneider G, Fechner U: Protein hedefleme sinyallerinin tahmininde gelişmeler . İçinde: Proteomik . 4, No. 6, Haziran 2004, s. 1571-1580. doi : 10.1002 / pmic.200300786 . PMID 15174127 .
  • Gardy JL, Brinkman FS: Bakteriyel protein hücre altı lokalizasyonunu tahmin etme yöntemleri . İçinde: Nat. Rev. Microbiol. . 4, No. 10, Ekim 2006, sayfa 741-51. doi : 10.1038 / nrmicro1494 . PMID 16964270 .
  • Chou KC, Shen HB: Protein alt hücresel konum tahmininde son gelişmeler . İçinde: Anal. Biochem. . 370, No. 1, Kasım 2007, sayfa 1-16. doi : 10.1016 / yıl 2007.07.006 . PMID 17698024 .

İnternet linkleri

Bireysel kanıt

  1. ↑ Rey S, Gardy JL, Brinkman FS: Bakterilerde protein alt hücresel lokalizasyonunun genom çapında tanımlanması için yüksek verimli hesaplama ve laboratuvar yaklaşımlarının hassasiyetinin değerlendirilmesi . İçinde: BMC Genomics . 6, 2005, s. 162. doi : 10.1186 / 1471-2164-6-162 . PMID 16288665 . PMC 1314894 (ücretsiz tam metin).
  2. ↑ a b Chou KC, Shen HB: Cell-PLoc: Çeşitli organizmalardaki proteinlerin hücre altı lokalizasyonunu tahmin etmek için bir Web sunucuları paketi (güncellenmiş versiyon: Cell-PLoc 2.0: Çeşitli proteinlerin hücre altı lokalizasyonunu tahmin etmek için geliştirilmiş bir web sunucuları paketi) organizmalar, Natural Science, 2010, 2, 1090-1103) . In: Nat Protoc . 3, No. 2, 2008, s. 153-62. doi : 10.1038 / nprot.2007.494 . PMID 18274516 .
  3. ↑ Chou, KC; Wu, ZC; Xiao, X. iLoc-Euk: Singleplex ve Multiplex Ökaryotik Proteinlerin Alt Hücresel Lokalizasyonunu Öngörmek İçin Çok Etiketli Bir Sınıflandırıcı, PLoS ONE, 2011, 6, e18258.
  4. ↑ Shen HB, Chou KC: İnsan proteini alt hücre lokalizasyonunu tahmin etme gücünü artırmak için yukarıdan aşağıya bir yaklaşım: Hum-mPLoc 2.0 . İçinde: Anal. Biochem. . 394, No. 2, Kasım 2009, s.269-74. doi : 10.1016 / yıl, 2009.07.046 . PMID 19651102 .
  5. ↑ Chou KC, Shen HB: Plant-mPLoc: bitki proteininin hücre altı lokalizasyonunu tahmin etme gücünü artırmak için yukarıdan aşağıya bir strateji . İçinde: PLoS ONE . 5, No.6, 2010, s. E11335. doi : 10.1371 / journal.pone.0011335 . PMID 20596258 . PMC 2893129 (ücretsiz tam metin).
  6. ↑ Gardy JL, Brinkman FS: Bakteriyel protein hücre içi lokalizasyonunu tahmin etme yöntemleri . İçinde: Nat. Rev. Microbiol. . 4, No. 10, Ekim 2006, s. 741-51. doi : 10.1038 / nrmicro1494 . PMID 16964270 .
  7. ↑ Nakai, K. Protein sıralama sinyalleri ve hücre altı lokalizasyonunun tahmini. Adv Protein Chem., 2000, 54, 277-344.
  8. ↑ Chou, KC; Shen, HB Review: "Protein alt hücresel konum tahmininde son gelişmeler" Anal. Biochem 2007, 370, 1-16.
  9. ↑ Pierleoni A, Martelli PL, Fariselli P, Casadio R: BaCelLo: dengeli bir hücre altı yerelleştirme öngörücüsü . İçinde: Biyoinformatik . 22, No. 14, Temmuz 2006, s. E408–16. doi : 10.1093 / biyoinformatik / btl222 . PMID 16873501 .
  10. ↑ Yu CS, Lin CJ, Hwang JK: n-peptid bileşimlerine dayalı destek vektör makineleri ile Gram-negatif bakteriler için proteinlerin hücre altı lokalizasyonunun tahmin edilmesi . İçinde: Protein Sci. . 13, No. 5, Mayıs 2004, s. 1402-6. doi : 10.1110 / ps.03479604 . PMID 15096640 . PMC 2286765 (ücretsiz tam metin).
  11. ↑ Yu CS, Chen YC, Lu CH, Hwang JK: Protein alt hücresel lokalizasyonunun tahmini . İçinde: Proteinler . 64, No. 3, Ağustos 2006, s. 643-51. doi : 10.1002 / prot.21018 . PMID 16752418 .
  12. ↑ Nagarajan Paramasivam, Dirk Linke: ClubSub-P, Archaea ve Gram negatif bakteriler için küme tabanlı hücre içi yerelleştirme (SCL) tahminlerinin bir veritabanıdır . İçinde: Mikrobiyolojide Sınırlar . 2, 2011. doi : 10.3389 / fmicb.2011.00218 . PMID 22073040 .
  13. ↑ Chou KC, Shen HB: Ökaryotik proteinlerin hücre içi lokalizasyonunu hem tekli hem de çoklu bölgelerle tahmin etmek için yeni bir yöntem: Euk-mPLoc 2.0 . İçinde: PLoS ONE . 5, No. 4, 2010, s. E9931. doi : 10.1371 / journal.pone.0009931 . PMID 20368981 . PMC 2848569 (ücretsiz tam metin).
  14. ↑ Goudenège D, Avner S, Lucchetti-Miganeh C, Barloy-Hubler F: CoBaltDB: Tam bakteriyel ve arkel orfeomlar alt hücresel yerelleştirme veritabanı ve ilgili kaynaklar . İçinde: BMC Microbiol. . 10, 2010, s. 88. doi : 10.1186 / 1471-2180-10-88 . PMID 20331850 . PMC 2850352 (ücretsiz tam metin).
  15. ↑ Garg A, Bhasin M, Raghava GP: İnsan proteinlerinin amino asit bileşimleri, sıraları ve benzerlik araştırması kullanarak hücre içi lokalizasyonu için vektör makinesi tabanlı yöntemi destekleyin . İn: ., J. Biol Chem. . 280, No. 15, Nisan 2005, s. 14427-32. doi : 10.1074 / jbc.M411789200 . PMID 15647269 .
  16. ↑ Lin HN, Chen CT, Sung TY, Ho SY ve Hsu WL.: Bilgiye dayalı bir yaklaşım kullanarak ökaryotların protein alt hücresel yerelleştirme tahmini . İçinde: BMC Biyoinformatik. . 10, Aralık 2009, s. S8. doi : 10.1186 / 1471-2105-10-S15-S8 . PMID 19958518 .
  17. ^ Nair R, Rost B: Hücresel sıralamayı taklit etmek, hücre altı lokalizasyonunun tahminini geliştirir . İn: ., J. Mol Biol. . 348, No. 1, Nisan 2005, s. 85-100. doi : 10.1016 / j.jmb.2005.02.025 . PMID 15808855 .
  18. ^ Goldberg T, Hamp T, Rost B: LocTree2, yaşamın tüm alanları için yerelleştirmeyi öngörür . İçinde: Biyoinformatik . 28, 2012, s. I458-i465. doi : 10.1093 / biyoinformatik / bts390 . PMID 22962467 .
  19. ↑ Goldberg T, Hecht M, Hamp T, Karl T, Yachdav G, Nielsen H, Rost B ve diğerleri. : LocTree3 yerelleştirme tahmini . In: Nükleik Asitler Araştırması . 2014. doi : 10.1093 / nar / gku396 . PMID 24848019 .
  20. ↑ Höglund A, Dönnes P, Blum T, Adolph HW, Kohlbacher O: MultiLoc: N-terminal hedefleme sekansları, sekans motifleri ve amino asit kompozisyonu kullanılarak protein alt hücresel lokalizasyonunun tahmini . İçinde: Biyoinformatik . 22, No. 10, Mayıs 2006, s. 1158-1165. doi : 10.1093 / biyoinformatik / btl002 . PMID 16428265 .
  21. ↑ Nakai K, Kanehisa M: Gram negatif bakterilerde protein lokalizasyon alanlarını tahmin etmek için uzman sistem . İçinde: Proteinler . 11, No. 2, 1991, s. 95-110. doi : 10.1002 / prot.340110203 . PMID 1946347 .
  22. ↑ Gardy JL, Spencer C, Wang K, Ester M, Tusnády GE, Simon I, Hua S, deFays K, Lambert C, Nakai K, Brinkman FS: PSORT-B: Gram-negatif bakteriler için protein alt hücresel lokalizasyon tahminini geliştirme . In: Nucleic Acids Res . 31, No. 13, Temmuz 2003, sayfa 3613-7. doi : 10.1093 / nar / gkg602 . PMID 12824378 . PMC 169008 (ücretsiz tam metin).
  23. ↑ Gardy JL, Laird MR, Chen F, Rey S, Walsh CJ, Ester M, Brinkman FS: PSORTb v.2.0: bakteriyel protein hücre içi lokalizasyonunun genişletilmiş tahmini ve karşılaştırmalı proteom analizinden elde edilen bilgiler . İçinde: Biyoinformatik . 21, No. 5, Mart 2005, sayfa 617-23. doi : 10.1093 / biyoinformatik / bti057 . PMID 15501914 .
  24. ↑ Magnus M, Pawlowski M, Bujnicki JM: MetaLocGramN: Gram-negatif bakteriler için protein alt hücresel lokalizasyonunun bir meta-öngörücüsü . İçinde: BBA - Proteinler ve Proteomikler . 1824, Sayı 12, Aralık 2012, s. 1425-1433. doi : 10.1016 / j.bbapap.2012.05.018 . PMID 22705560 .
  25. ^ Nair R, Carter P, Rost B: NLSdb: nükleer yerelleştirme sinyallerinin veritabanı . In: Nucleic Acids Res . 31, No. 1, Ocak 2003, s. 397-9. doi : 10.1093 / nar / gkg001 . PMID 12520032 . PMC 165448 (ücretsiz tam metin).
  26. ↑ Lu Z, Szafron D, Greiner R, Lu P, Wishart DS, Poulin B, Anvik J, Macdonell C, Eisner R: Makine tarafından öğrenilen sınıflandırıcı kullanarak proteinlerin alt hücresel lokalizasyonunu tahmin etme . İçinde: Biyoinformatik . 20, No. 4, Mart 2004, s. 547-56. PMID 14990451 .
  27. ^ Mooney C, Wang YH, Pollastri G .: SCLpred: N-to-1 sinir ağları tarafından protein alt hücresel yerelleştirme tahmini. . İçinde: Biyoinformatik . 27, Sayı 20, Ekim 2011, sayfa 2812-9. doi : 10.1093 / biyoinformatik / btr494 . PMID 21873639 .
  28. ↑ Bendtsen JD, Jensen LJ, Blom N, Von Heijne G, Brunak S: Klasik olmayan ve lidersiz protein sekresyonunun özellik tabanlı tahmini . İçinde: Protein Eng. Nın-nin. Sel. . 4, Nisan 2004, sayfa 349-56. doi : 10.1093 / protein / gzh037 . PMID 15115854 .
  29. ↑ Shatkay H, Höglund A, Brady S, Blum T, Dönnes P, Kohlbacher O: SherLoc: metin ve protein sekans verilerini entegre ederek protein alt hücresel lokalizasyonunun yüksek doğruluklu tahmini . İçinde: Biyoinformatik . 23, No. 11, Haziran 2007, s. 1410-7. doi : 10.1093 / biyoinformatik / btm115 . PMID 17392328 .
  30. ↑ Emanuelsson O, Nielsen H, Brunak S, von Heijne G: N-terminal amino asit sekanslarına göre proteinlerin hücre altı lokalizasyonunu tahmin etme . İn: ., J. Mol Biol. . 300, No. 4, Temmuz 2000, s. 1005-1016. doi : 10.1006 / jmbi.2000.3903 . PMID 10891285 .
  31. ↑ Horton P, Park KJ, Obayashi T, Fujita N, Harada H, Adams-Collier CJ, Nakai K: WoLF PSORT: protein lokalizasyonu öngörücü . In: Nucleic Acids Res . 35, No. Web Sunucusu sorunu, Temmuz 2007, s. W585-7. doi : 10.1093 / nar / gkm259 . PMID 17517783 . PMC 1933216 (ücretsiz tam metin).
  32. ↑ Saravanan V, Lakshmi PTV: APSLAP: apoptoz proteininin hücre altı lokalizasyonunu tahmin etmek için uyarlamalı bir güçlendirme tekniği . İçinde: Açta Biotheor . 61, No.4, Aralık 2013, sayfa 481-497. doi : 10.1007 / s10441-013-9197-1 . PMID 23982307 .